Po ztrátě Mekky se rodiče Šarífa Alího usadili v Iráku, kde sestra jeho matky Badíja byla královnou chotí. Narodil se v Iráku a jeho prvním bratrancem z matčiny strany byl Fajsal II. irácký, poslední král Iráku, jeho dědečkem z matčiny strany byl Alí bin Husajn, poslední král Hádžezu, a jeho dědeček z otcovy strany je strýcem Fajsala I. iráckého i Alího bin Husajna. ‚Abd al-Iláh je jeho strýcem.
Když 14. července 1958 převzal plukovník Abdul Karim Kásim státním převratem vládu nad Iráckým královstvím, královská rodina dostala příkaz opustit palác v Bagdádu: Král Fajsal II., korunní princ Abd al-Iláh, princezna Hijám, manželka Abdula Iláha, princezna Nafissa, matka Abdula Iláha, princezna Abdíja, králova teta z matčiny strany, a několik služebníků. Když všichni dorazili na nádvoří, bylo jim řečeno, aby se otočili směrem ke zdi paláce, a všichni byli zastřeleni kapitánem Abdusem Sattarem As Sab‘, účastníkem převratu vedeného plukovníkem Abd al-Karimem Qasimem. Núrí as-Sajd, předseda vlády Iráckého království, byl 15. července 1958 zabit stoupenci plukovníka Abd al-Karíma Kasíma.
Matka Alího bin al-Husajna princezna Badia, dcera krále Alího a teta krále Fajsala II, její manžel Šaríf al-Husajn bin Alí a jejich tři děti strávili měsíc na velvyslanectví Saúdské Arábie v Bagdádu. Vůdci převratu trvali na tom, aby opustili Irák a odcestovali do Egypta na běžné pasy. Nějakou dobu žili v Libanonu a nakonec v Londýně, kde si Alí bin Hussajn vybudoval úspěšnou kariéru v investičním bankovnictví.