GENOMOVÉ OZNÁMENÍ
Staphylococcus hominis patří mezi koaguláza-negativní stafylokoky (CoNS). Mezi CoNS je S. hominis běžným druhem vyskytujícím se v klinických vzorcích, obvykle izolovaným z podpaží a holé kůže paží, nohou a trupu člověka (3, 7). Stejně jako ostatní CoNS S. hominis obvykle nezpůsobuje onemocnění člověka, ale je stále více uznáván jako potenciálně oportunní a nozokomiální patogen a může příležitostně způsobit infekci u pacientů s abnormálně oslabeným imunitním systémem (12). Bylo hlášeno, že způsobuje některé potenciálně život ohrožující infekce, například infekční endokarditidu (6). Byl také hlášen případ endoftalmitidy S. hominis spojené s kapsulárním hypopyonem (4). Rostoucí význam S. hominis pro lidské zdraví nás přiměl ke stanovení genomové sekvence S. hominis ZBW5, multirezistentního kmene izolovaného z normálního vzorku lidské kůže v naší nemocnici.
Celogenomové shotgun sekvenování bylo provedeno pomocí vysoce výkonného systému Illumina Hiseq 2000 (Illumina, Inc.) a poskytlo 3279 Mb vysoce kvalitní surové sekvence, což odpovídá více než 1400násobnému pokrytí genomu. Celkem 47 kontigů (500 až 375 603 bází) bylo sestaveno de novo pomocí Velvet (14) s hodnotou N50 211 593 bp. Sestavená sekvence genomu byla analyzována pomocí BLAST k určení identity sekvence. Anotace byla provedena pomocí Glimmeru verze 3.02 (2), tRNA geny byly identifikovány pomocí tRNAscan-SE (9), rRNA geny byly předpovězeny pomocí RNAmmeru (8) a Tandem Repeats Finderu 4.04 (1) k nalezení 78 tandemových repetic ve všech kontigenech. Kromě toho byly kontigy vyhledány v databázích KEGG (5), COG (13) a NCBI NR protein pro anotaci.
Chromozom ZBW5 měl délku 2 335 704 bází s obsahem G+C 31,4 %. Genom obsahuje 2 304 předpovězených otevřených čtecích rámců (ORF) kódujících proteiny, které tvoří 86 % genomu, s průměrnou délkou 872 bp. Genom kóduje 39 genů tRNA, jeden lokus rRNA a čtyři kopie operonů 16S-23S-5S. Přibližně 71,5 % všech kódujících sekvencí (CDS) (celkem 1 894) bylo přiřazeno ke shlukům ortologických skupin (COG) a 1 282 CDS lze pomocí KAAS (10) anotovat do ortologického systému 1109 KEGG.
S. hominis ZBW5 nesl některé předpovězené geny kódující proteiny podílející se na rezistenci vůči antibiotikům (např. meticilinu, erytromycinu a tetracyklinu) a multidrogovým pumpám, které jsou pravděpodobně schopny modulovat virulenční potenciál, což je v souladu s jinými CoNS (11). Byla nalezena široká škála genů souvisejících s předpokládanými faktory virulence, adhezí a invazí, což odpovídá identitě S. hominis jako oportunního patogenu. Nyní probíhá další a hlubší průzkum sekvence genomu S. hominis, který poskytne základ pro objasnění molekulárních principů kolonizace hostitele a vhled do genetického pozadí patogeneze tohoto organismu.
Přístupová čísla sekvencí nukleotidů: Tento projekt Whole Genome Shotgun byl uložen v DDBJ/EMBL/GenBank pod přístupovým číslem. AKGC00000000. Verze popsaná v tomto článku je první verzí, AKGC01000000.
.