Byl členem zásobovací posádky RMS Titanic během jeho první a poslední plavby v dubnu 1912. Byl na palubě lodi během její rozvozové cesty z Belfastu do Southamptonu. Znovu se zapsal na palubu v Southamptonu 4. dubna 1912. Ve funkci vrchního pekaře dostával Joughin měsíční plat 12 liber (což odpovídá dnešním 1500 librám, upraveným o inflaci) a měl pod sebou třináct pekařů.
Když loď 14. dubna večer ve 23:40 narazila na ledovec, Joughin byl mimo službu a ležel na svém lůžku. Podle jeho výpovědi pocítil náraz a okamžitě vstal. Z horních palub se nesla zpráva, že důstojníci připravují záchranné čluny ke spuštění na vodu, a Joughin poslal svých třináct mužů na palubu se zásobami do záchranných člunů: čtyři bochníky chleba pro každého, asi čtyřicet liber chleba pro každého. Joughin se chvíli zdržel, ale pak je následoval a kolem 00:30 dorazil na palubu člunu.
Připojil se k vrchnímu důstojníkovi Henrymu Wildovi u záchranného člunu č. 10.
Připojil se k vrchnímu důstojníkovi Henrymu Wildovi. Joughin spolu se stevardy a dalšími námořníky pomohl dámám a dětem projít do záchranného člunu, ačkoli po chvíli ženy na palubě od člunu utekly s tím, že na palubě Titaniku je jim bezpečněji. Vrchní pekař pak přešel na palubu A a násilím vyvedl ženy a děti a hodil je do záchranného člunu.
Ačkoli byl přidělen jako kapitán záchranného člunu 10, nenastoupil do něj; obsluhovali ho již dva námořníci a stevard. Po odjezdu záchranného člunu 10 sestoupil do podpalubí a ve své kajutě si „dal kapku likéru“ (tumbler zpola plný likéru, jak dále upřesnil). Poté, co se setkal se „starým doktorem“ (pravděpodobně doktorem Williamem O’Loughlinem, dost možná naposledy, co ho někdo viděl), vyšel opět nahoru. Když dorazil na lodní palubu, všechny čluny už byly spuštěny, a tak sešel dolů na promenádu na palubě A a hodil přes palubu asi padesát lehátek, aby je mohl použít jako plovací zařízení.
Joughin se pak šel napít vody do palubní spižírny na palubě A, a když tam byl, uslyšel hlasitou ránu, „jako by se část lodi prohnula“. Vyšel ze spižírny a připojil se k davu běžícímu na záď k zadní palubě. Když přecházel přes studniční palubu, loď náhle dala list na levobok a podle něj všechny ve studni hodila do chumlu, kromě něj. Joughin vylezl na pravobok zadní paluby a chytil se bezpečnostního zábradlí, takže byl na vnější straně lodi, když klesala hlavou dolů. Když se loď konečně potopila, Joughin se po ní svezl dolů jako výtahem a nedostal hlavu pod vodu (podle jeho slov měl hlavu „možná namočenou, ale nic víc“). Byl tedy posledním přeživším, který opustil RMS Titanic.
Podle jeho vlastní výpovědi pádloval a šlapal vodu asi dvě hodiny. Přiznal také, že téměř necítil chlad, nejspíš díky alkoholu, který požil. (Velké množství alkoholu obecně snižuje riziko podchlazení.) Když se rozednilo, spatřil převrácenou kolébku B, na jejímž boku stál druhý důstojník Charles Lightoller a asi pětadvacet mužů. Joughin k ní pomalu plaval, ale nebylo tam pro něj místo. Jeden muž, kuchař Isaac Maynard, ho však poznal a držel ho za ruku, zatímco vrchní Baker se držel boku člunu, s nohama a chodidly stále ve vodě. Pak se objevil další záchranný člun a Joughin k němu doplaval a byl vzat dovnitř, kde zůstal, dokud nenastoupil na loď RMS Carpathia, která jim přišla na pomoc. Z moře se zachránil jen s oteklýma nohama.