James II. se začal obávat stále nezávislejšího chování novoanglických kolonií; jeho i další britské představitele rozrušilo zejména otevřené porušování zákonů o plavbě. Přetrvávající vojenská hrozba ze strany Francouzů a jejich indiánských spojenců v Severní Americe byla dalším důvodem ke zpřísnění kontroly nad koloniemi. V roce 1686 byla celá Nová Anglie administrativně sloučena do dominia Nová Anglie; o dva roky později byl připojen New York a oba New Jerseys. Vytvoření tohoto útvaru bylo v Británii považováno za promyšlený krok, nikoli za trestné opatření. Sjednocení severních kolonií pro účely obrany a správní kontroly bylo v Americe vnímáno jinak. Kolonisté se již dříve zapojili do novoanglické konfederace. prvním prezidentem dominia byl krátce Joseph Dudley, kterého však nahradil sir Edmund Andros. Andros byl zkušený voják a oddaný státní úředník, nicméně mu chyběl zdravý rozum a osobní schopnosti, aby byl ve své nové funkci úspěšný. Vytrvale se řídil svými příkazy: rušil místní shromáždění, ukládal daně kolonistům bez souhlasu jejich zástupců a důrazně se snažil skoncovat s pašeráctvím přísným prosazováním zákonů o plavbě. massachusetts nebyl jedinou kolonií, v níž Dominion vyvolal rozruch. V roce 1687 byl Andros tak rozzloben neschopností Connecticutu spolupracovat s novým režimem, že se s ozbrojenými strážci pokusil fyzicky zmocnit statutu kolonie. Podle legendy connecticutští kolonisté dokument ukryli do štěrbiny starého dubu.* 
Dominion zaznamenal jen malý úspěch, a to především kvůli neústupnosti kolonií. Obchodníci z Nové Anglie si z pašeráctví dlouho udělali způsob života a rozhořčeně se bránili změnám, které by mohly ovlivnit zdroje jejich příjmů. Androsovy snahy o sjednocení koloniálních vojenských reakcí byly mrtvé, protože se mu nepodařilo zajistit mnoho finančních prostředků a zbraní. Dominion náhle zanikl v roce 1689, kdy do kolonií dorazila zpráva o sesazení Jakuba ii. z trůnu v rámci slavné revoluce. neúspěch dominia nová anglie dočasně změnil postoj mnoha britských představitelů k americkým koloniím. Koncem 17. a počátkem 18. století převládlo období „spásného zanedbávání“. Někteří představitelé moci se domnívali, že je rozumnější snažit se podporovat obchodní vztahy s koloniemi než se vměšovat do jejich vládních záležitostí. Toto blahodárné přehlížení významně přispělo k rozvoji samosprávy v Americe. kolonisté se otázkou jednotného postupu znovu zabývali na prvním kontinentálním kongresu (1774) – tato integrace však byla americkým rozhodnutím, nikoli rozhodnutím vnuceným mateřskou zemí.
*“Charter Oak“ stál na Wyllysově panství v Hartfordu až do roku 1856, kdy byl skácen vichřicí.