Klonorchiasis je parazitární onemocnění s velkým zdravotním významem v mnoha zemích jihovýchodní Asie a je způsobeno čínskou motolicí jaterní Clonorchis sinensis. Genetická struktura a demografická historie jejích populací však není v celém geografickém areálu druhu dostatečně prozkoumána a dostupné údaje jsou založeny především na částečném sekvenování genů. V této studii jsme zkoumali genetickou diverzitu kompletní sekvence 1560 bp genu pro podjednotku 1 cytochrom c oxidázy (cox1) u geograficky izolovaných populací C. sinensis v Rusku a Vietnamu, podle našich znalostí poprvé. Výsledky prokázaly nízkou nukleotidovou a vysokou haplotypovou diferenciaci v rámci obou srovnávaných regionů i mezi nimi a jasný geografický vektor rozložení vzorců genetické diverzity mezi studovanými populacemi. Tyto výsledky naznačují hlubokou lokální adaptaci parazita na prostředí včetně mezihostitelů a existenci toku genů napříč areálem druhu. Kromě toho jsme předpověděli aminokyselinovou substituci ve funkčním místě proteinu COX1 mezi vietnamskými populacemi, u nichž byla zaznamenána obtížná léčba praziquantelem. Haplotypové sítě se skládaly z několika regionálně specifických fylogenetických linií, k jejichž vzniku mohlo dojít během nejrozsáhlejšího předposledního zalednění v pleistocénní epoše. Vzorce genetické diverzity a demografie odpovídají populačnímu růstu játrovky v pozdním pleistocénu po posledním glaciálním maximu, což naznačuje, že v nedávné minulosti v historii druhu nedošlo k úzkému hrdlu populace. Získané údaje mají důležitý význam pro pochopení fylogeografie C. sinensis, jeho interakcí mezi hostitelem a parazitem, schopnosti tohoto parazita vyvíjet rezistenci k lékům a epidemiologie klonorchiózy v podmínkách globálních klimatických změn.