Guyoty vykazují známky toho, že se kdysi nacházely nad hladinou, s postupným klesáním ve fázích od hory lemované útesy, korálového atolu a nakonec ponořené hory s plochým vrcholem. Podmořské hory vznikají vytlačováním lávy, která je postupně vytlačována vzhůru ze zdrojů v zemském plášti, obvykle z horkých míst, do vývěrů na mořském dně. Vulkanismus vždy po určité době ustane a převládnou jiné procesy. Když podmořská sopka vyroste natolik vysoko, že se přiblíží k hladině oceánu nebo ji prorazí, působením vln a/nebo růstem korálových útesů se obvykle vytvoří plochá vrcholová stavba. Všechny oceánské kůry a guyoty však vznikají z horkého magmatu a/nebo hornin, které se časem ochlazují. Jak litosféra, na které se budoucí guyot pohybuje, pomalu chladne, stává se hustší a klesá níže do zemského pláště prostřednictvím procesu izostáze. Kromě toho se erozní účinky vln a mořských proudů vyskytují převážně v blízkosti povrchu: vrcholy guyot leží zpravidla pod touto zónou s vyšší erozí.
Jedná se o stejný proces, který způsobuje vznik vyšší topografie mořského dna na oceánských hřbetech, jako je například Středoatlantický hřbet v Atlantském oceánu, a hlubšího oceánu na propastných pláních a oceánských příkopech, jako je Mariánský příkop. Ostrov nebo mělčina, která se nakonec stane guyotem, tak pomalu klesá po miliony let. Ve vhodných klimatických oblastech může růst korálů někdy držet krok s klesáním, což vede ke vzniku korálového atolu, ale nakonec se korály ponoří příliš hluboko, aby mohly růst, a ostrov se stane guyotem. Čím delší doba uplyne, tím jsou guyoty hlubší.
Gauny poskytují údaje o pohybech tektonických desek, na kterých se pohybují, a o reologii podkladové litosféry. Trend řetězce podmořských hor sleduje směr pohybu litosférické desky nad víceméně stálým zdrojem tepla v podkladové astenosféře, části zemského pláště pod litosférou. Odhaduje se, že v Tichomořské pánvi se nachází až 50 000 podmořských hor. Havajsko-císařský řetězec podmořských hor je vynikajícím příkladem celého vulkanického řetězce, který prochází tímto procesem, od aktivního vulkanismu, přes růst korálových útesů, tvorbu atolů, až po pokles ostrovů a jejich přeměnu v guyoty.