V rámci hnutí Nové myšlenky vzniklo mnoho církví a skupin. Emma Curtis Hopkinsová je nazývána „učitelkou učitelů“ vzhledem k počtu lidí, které učila a kteří pak založili skupiny v rámci hnutí Nové myšlenky. Annie Rix Militzová po učení od Hopkinsové pokračovala v zakládání Domu pravdy. Další žákyně, Malinda E. Cramerová, se stala spoluzakladatelkou Božské vědy spolu s paní Binghamovou, která později učila Nonu L. Brooksovou, jež spolu s Cramerovou založila Božskou vědu. Charles a Myrtle Fillmorovi, kteří spolu chodili do Hopkinsovy školy, později založili školu křesťanství Unity. U Hopkinse se učili také autoři, včetně Dr. H. Emilie Cadyové, autorky učebnice Unity Lessons in Truth, Elly Wheelerové Wilcoxové, básnířky New Thought, a Elizabeth Towneové. Podstatně později Ernest Holmes, který založil Religious Science a založil United Centers for Spiritual Living.
Církev Jednoty je dnes největší církví Nové myšlenky a má tisíce členů po celém světě. Založili ji manželé Fillmorovi v roce 1891. Božskou vědu založily koncem 19. století také Melinda Cramerová a Nona Brooksová. Sjednocená centra pro duchovní život založil Ernest Holmes v roce 1927. Podobná organizace, Společnost pro židovskou vědu, byla původně koncipována rabínem Alfredem G. Mosesem na počátku 20. století, hnutí bylo institucionalizováno v roce 1922 rabínem Morrisem Lichtensteinem. Hnutí Nové myšlenky je rozšířeno po celém světě. Největší denominaci mimo USA, Seicho-no-Ie, založil v roce 1930 Masaharu Taniguči v Japonsku. Dnes má misie po celém světě, včetně USA. menší církve, včetně Domu pravdy založeného v roce 1899 v kalifornské Alamedě, úspěšně pokračují, stejně jako Agape International Spiritual Center, megacírkev vedená Rev. Dr. Michaelem Beckwithem v oblasti Los Angeles.
Existuje řada zastřešujících organizací Nové myšlenky, včetně Mezinárodní aliance Nové myšlenky, která v určité podobě existovala již v roce 1899. V roce 1992 vznikla organizace Affiliated New Thought Network, jejímž cílem bylo zajistit zastřešující organizaci Nové myšlenky. Od roku 1974 sdružuje křesťanské kongregace Nové myšlenky po celém světě Universal Foundation for Better Living. V New Yorku vytvořili vedoucí představitelé Nové myšlenky zastřešující organizaci s názvem Liga za větší život. Ta fungovala od roku 1916 do 50. let 20. století.
Existovalo mnoho škol Nové myšlenky. Nejznámější je patrně křesťanská škola Unity v Missouri, založená na počátku 20. století. Emersonův teologický institut působí od roku 1992. Na přelomu 19. a 20. století vedl Horatio Dresser organizaci s názvem School of Applied Metaphysics.
Psychiana byla zásilková denominace provozovaná Frankem B. Robinsonem, která vyučovala a šířila informace o Nové myšlence prostřednictvím americké poštovní služby.