Jan Baptista van Helmont se narodil ve šlechtické rodině v Bruselu v lednu 1579. Do roku 1594 studoval klasická studia na univerzitě v Louvain, ale titul nepřijal, protože akademické pocty považoval za pouhou marnivost. Studoval také aspekty magie a mystické filozofie v kurzech vedených jezuitskými učiteli na jejich nedávno založené lovaňské škole a poté se zaměřil na studium takových mystických duchovních spisovatelů, jako byl Thomas à Kempis. Nespokojen se všemi těmito studiemi se obrátil k medicíně. V novém podniku ho inspirovala náboženská horlivost a touha být prospěšný společnosti.
Po získání licence k výkonu povolání byl Van Helmont pozván, aby na univerzitě v Louvain přednášel o chirurgii. Onemocněl však svrabem a zjistil, že ortodoxní léčba pomocí drsných purgativ je vysilující a neúčinná. Nakonec se vyléčil paracelsiánskými minerálními prostředky, ale mezitím Van Helmont, rozčarovaný tehdejší lékařskou vědou, opustil lékařskou kariéru a deset let cestoval po Evropě. V roce 1609 se oženil s bohatou šlechtičnou Margaret van Ranstovou, usadil se na panství ve Vilvorde u Bruselu a věnoval se chemické filozofii.
Po vydání svého pojednání o magnetickém léčení ran, které bylo namířeno proti jezuitovi, se Van Helmont dostal do pozornosti inkvizice. Bylo proti němu vzneseno obvinění a tato aféra vrhla stín na zbytek jeho života, který skončil 30. prosince 1644; osvobozen byl až dva roky po své smrti. Tato okolnost možná způsobila, že se za svého života zdráhal mnoho publikovat. Jeho syn Franciscus Mercurius vydal jeho práce posmrtně v roce 1648 pod názvem Ortus medicinae (Počátky medicíny).
Van Helmont žil právě v té době 17. století, kdy se formovala moderní vědecká metoda založená na pozorování a experimentu, ale věda ještě nebyla ztotožňována ani jednoznačně, ani výlučně s tímto přístupem. Pro Van Helmonta bylo poznání božským darem od Boha: neexistoval jediný způsob, jak porozumět stvoření; člověk musel využít všech prostředků, které mu Bůh dal, včetně studia Písma, modlitby, meditace, mystického osvícení a přímého pozorování přírody. Stejně jako většina paracelsiánů nedůvěřoval Van Helmont dialektickému způsobu uvažování, který používali scholastičtí filozofové středověku, a přírodní filozofii Řeků. Cestou k poznání byla zkušenost, mystická i empirická, nikoli verbální uvažování.