Klasifikace V nejširším pojetí zahrnuje skupina lykofytů vyhynulé zosterofyty, stejně jako existující (žijící) lykofyty a jejich nejbližší vyhynulé příbuzné. Názvy a hodnosti používané pro tuto skupinu se značně liší. Některé zdroje používají názvy „Lycopodiophyta“ nebo kratší „Lycophyta“, které zahrnují jak zosterofyty, tak i žijící lykofyty a jejich nejbližší vyhynulé příbuzné, zatímco jiné tyto názvy zosterofyty vylučují. Název „Lycopodiophytina“ byl také používán v inkluzivním smyslu. Anglické názvy, jako „lycophyte“, „lycopodiophyte“ nebo „lycopod“, jsou podobně nejednoznačné a mohou se vztahovat na široce vymezenou skupinu nebo pouze na existující lykofyty a jejich nejbližší vymřelé příbuzné. Konsenzuální klasifikace vytvořená v roce 2016 klasifikací Pteridophyte Phylogeny Group (PPG I) řadí všechny existující (žijící) lykofyty do třídy Lycopodiopsida. Existuje přibližně 1 290 až 1 340 takových druhů. Více informací o klasifikaci žijících lýkožroutů naleznete na stránce .
Fylogeneze Velkou kladistickou studii suchozemských rostlin publikovali v roce 1997 Kenrick a Crane. V roce 2004 Crane a kol. publikovali několik zjednodušených kladogramů, založených na řadě obrázků v Kenrick a Crane (1997). Jejich kladogram pro lykofyty je uveden níže (s některými větvemi sbalenými do „bazálních skupin“, aby se zmenšila velikost diagramu). V tomto pohledu tvoří „zosterofyly“ parafyletickou skupinu, od forem jako Hicklingia, které měly holé stonky, až po formy jako Sawdonia a Nothia, jejichž stonky jsou pokryty nevaskularizovanými trny nebo enacemi. Rod Renalia ilustruje problémy při klasifikaci raných suchozemských rostlin. Má znaky jak nelykofytních ryniofytů – spíše terminální než laterální sporangia -, tak zosterofytů – ledvinovitá sporangia otevírající se podél distálního okraje. Poněkud odlišný pohled prezentují ve své analýze z roku 2013 Hao a Xue. Jejich preferovaný kladogram ukazuje zosterofyly a přidružené rody bazálně k lycopodiopsidům i eufylofytům, takže neexistuje klad odpovídající široce vymezené skupině lykofytů, kterou používají jiní autoři.
Některé vymřelé řády lykofytů spadají do stejné skupiny jako existující řády. Různé zdroje používají různý počet a názvy vymřelých řádů. Následující fylogram ukazuje pravděpodobný vztah mezi některými navrhovanými řády Lycopodiopsida.
.