Moderní vesnice Montour Falls se rozkládá na místě bývalé indiánské vesnice Queanettquaga, neformálně známé jako Catherine’s Town podle významné indiánské obyvatelky a vůdkyně Seneky, královny Catharine Montour. Otec královny Catharine Montour (Peter Quebec) byl náčelníkem kmene Mohawků a její matka (Margaret Montour Hunter) byla dcerou náčelníka kmene Oneida. Ta se provdala za indiánského náčelníka Seneků Thomase Htitsona. Kmen Seneků královny Catharine Montourové byl členem irokézské konfederace. Během americké války za nezávislost byly sankcionovány represe proti kmenům irokézské konfederace, které se spojily s Velkou Británií. Nechvalně proslulá nedaleká bitva u Newtownu ve státě New York (srpen 1779) a pochod, který zpustošil Queanettquagu (a čtyřicet dalších indiánských vesnic v oblasti Finger Lakes), je známý jako Sullivanova-Clintonova expedice. Kromě vypálení srubového paláce královny Catharine Montour byly vykáceny sady, zničeny domy, vyvražděn dobytek a osolena orná půda. Obyvatelé Catharine’s Town se rozprchli do oblastí až po Niagaru a Kanadu. Královnu Catharine Montour (nar. 1710, zemřela 20. února 1804) připomíná hrobová mohyla, která se nachází na její stejnojmenné stezce Catharine Trail v hranicích obce Montour Falls.
V roce 1788 začali oblast osidlovat Evropané. V roce 1805 byla oblast známá jako Mill’s Landing podle místního obyvatele George Millse. (Po Georgi Millsovi je pojmenována i nedaleká vesnice Millport, a to až do dnešní doby). Rok 1802 je nejstarším datem, které se běžně používá pro označení počátku obce Montour Falls – je to rok, kdy byl George Mills jmenován poštmistrem. Odhaduje se, že komunitu v roce 1802 tvořilo dvacet obyvatel – a žádné obchody.
Přes Mills Landing byl v roce 1827 vybudován a v roce 1833 dokončen kanál Chemung, který spojoval řeku Chemung a její povodí s jezerem Seneca. Mills Landing, později Havana, se vzhledem ke své poloze v čele plavby na přítoku do jezera Seneca stane obchodně významným místem. Na severním konci jezera se k Erijskému kanálu připojil další kanál, který vedl jak k Velkým jezerům, tak k řece Hudson a přístavu New York City, aby se zvýšil obchod a komerce v regionu. Obec zůstala nezačleněná až do 13. května 1836, kdy oficiálně přijala nový název a stala se Havanou ve státě New York. V roce 1854 byla obec Havana jmenována prvním okresním městem nově vzniklého okresu Schuyler County. Do roku 1861 se sídlo okresu přesune do Watkins Glen.
Současný název Montour Falls byl pro obec přijat 20. března 1895. Město Montour je také pojmenováno podle matriarchy indiánského kmene Seneků z 18. století, Catharine Montour.
V letech 1850 až 1888 tvořilo havanskou komunitu výrobců kameniny šest firem: Savage, Parsons & Co., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman a A. O. Whittemore.
Charles Cook, podnikatel, politik (komisař pro průplav a senátor státu), filantrop a vizionář, se zasloužil o založení okresu Schuyler (1854) a Havany ve státě New York jako jeho prvního sídla; Cookova akademie (původně Lidová škola) se začala stavět v roce 1858. Ve stejném objektu dnes sídlí Newyorská státní akademie hasičských věd. Cook působil také jako prezident banky Chemung Canal Trust Bank – nejstarší nepřetržitě fungující banky v regionu z roku 1835. Dne 20. listopadu 1886 se na Cookově akademii konal smuteční obřad, kterého se zúčastnil guvernér David Hill a více než 1 000 občanů, Cookových spolupracovníků a obdivovatelů. Při bohoslužbě byla věnována busta Charlese Cooka. Charles Cook se nikdy neoženil.
V roce 1872 založili dva inženýři, rodáci z Havany ve státě New York, společnost pro manipulaci s materiálem, kterou nazvali Shepard Niles. V roce 1902 postavili svůj první těžký jeřáb a prodávali ho po celém světě. Společnost je na trhu dodnes. Z jejich webových stránek: „Pracovní jeřáby a kladkostroje, které vydrží prakticky věčně – to je to, co průmysl očekává od společnosti Shepard Niles. Naše ručně vyráběné jeřáby a kladkostroje třídy D a E pro těžká vozidla na zakázku pomohly Americe stát se vedoucí průmyslovou zemí světa a poháněly naši zemi během dvou světových válek.“ Společnost sice pokračuje v činnosti, ale od její akvizice v roce 1989 již její hlavní aktivity nesídlí v Montour Falls.
V roce 1934 je Národní banka Montour Falls uvedena v seznamu Federální rezervní banky druhého okresu. National Bank of Montour Falls (rovněž v roce 1934) je emisní bankou na bankovce Federálního rezervního systému v hodnotě 10,00 USD (deset dolarů).
Montour Falls je známá přírodní atrakcí v podobě 165 metrů vysokého vodopádu, který se nachází na západní straně obce. U paty vodopádu je cedule s nápisem „She-qua-ga“, což je transliterace jeho seneckého názvu. Na mostě nad vodopádem se název píše jako „Che-qua-ga“. Mnoho historických názvů bylo zaznamenáno pod nejrůznějšími hláskami, zejména proto, že se je různé národy snažily transliterovat z jednoho jazyka do druhého. Tato atrakce je známá také pod názvem „Montour Falls“.
Stánek Brick Tavern, historická čtvrť Montour Falls a gymnázium Montour Falls Union jsou zapsány v Národním registru historických míst.