Původ mrkvového koláče je sporný. V roce 1591 byl publikován anglický recept na „pudink v kořeni mrkve“, který je v podstatě plněnou mrkví s masem, ale obsahuje mnoho prvků společných s moderním dezertem: ztužovač, smetanu, vejce, rozinky, sladidlo (datle a cukr), koření (hřebíček a muškátový květ), oškrábanou mrkev a strouhanku (místo mouky). Mnozí historici se domnívají, že mrkvový koláč vznikl z mrkvových nákypů, které Evropané jedli ve středověku, kdy byly cukr a sladidla drahé a mnoho lidí používalo mrkev jako náhražku cukru. Varianty mrkvového nákypu se vyvíjely a zahrnovaly pečení s krustou (jako dýňový koláč), vaření v páře s omáčkou nebo tvarování na pánvi (jako švestkový nákyp) s polevou.
V druhém díle knihy L’art du cuisinier (1814) Antoine Beauvilliers, bývalý šéfkuchař Ludvíka XVI., uvedl recept na „Gâteau de Carottes“, který byl natolik populární, že byl doslovně kopírován v konkurenčních kuchařkách. V roce 1824 vydal Beauvilliers v Londýně anglickou verzi své kuchařské knihy, která obsahovala recept na „Mrkvové koláče“ v doslovném překladu jeho předchozího receptu.
Další recept z 19. století pochází z hospodyňské školy v Kaiseraugstu (kanton Aargau, Švýcarsko). Podle Švýcarského kulinářského dědictví je to jeden z nejoblíbenějších dortů ve Švýcarsku, zejména k narozeninám dětí.
Obliba mrkvového dortu ožila ve Spojeném království kvůli přídělovému systému během druhé světové války.
Mrkvový dort se stal oblíbeným i ve Velké Británii.