Po většinu 20. století byla Panama ústavní demokracií. Převrat v roce 1968 však vynesl k moci armádu. V 80. letech 20. století převzal kontrolu nad vládou panamský generál Manuel Noriega. Poté, co se diplomatickým a ekonomickým tlakem nepodařilo Noriegu odstranit, použil americký prezident George Bush v roce 1991 americké jednotky k odstranění diktátora od moci a obnovení demokracie v rámci vojenské operace známé jako „Just Cause“.
Panama je nyní ústavní zastupitelskou demokracií. Vláda je rozdělena na 3 složky: výkonnou, zákonodárnou a soudní. V čele výkonné moci stojí volený prezident, který je zároveň hlavou státu a předsedou vlády. Prezident je volen na 5 let a jmenuje národní vládu. Dále jsou voleni 2 viceprezidenti, kteří mají rovněž pětileté funkční období. Zákonodárnou moc tvoří jednokomorový zákonodárný sbor. Má 71 členů, kteří jsou voleni na 5 let. Soudní moc tvoří národní nejvyšší soud, 5 vyšších soudů a 3 odvolací soudy. Soudní systém je zatížen korupcí a neefektivitou.
Největší politickou stranou v Panamě je Strana demokratické revoluce (PRD). PRD je konzervativní v ekonomických otázkách a oslovuje především mladé a chudé obyvatele země ve městech. Arnulfistická strana (PA) je stranou současného prezidenta země a její základna je mezi panamským venkovským obyvatelstvem. Lidový blok je koalicí bývalých křesťanských demokratů a propodnikatelských skupin, stejně jako Národní liberální republikánské hnutí a Demokratická změna. Tyto strany oslovují střední a vyšší vrstvy a mají tendenci mít silné vazby na podnikatelské kruhy.
V roce 1997 činil rozpočet vlády 2,4 miliardy USD a její příjmy 2,4 miliardy USD. Vládní výdaje tvoří asi 30 % HDP země. V roce 1999 přesáhl oficiální zahraniční dluh Panamy 7 miliard USD. V současné době existuje více než 50 různých forem daní, ale připravují se reformy, které by tento počet snížily na 10. Cílem těchto reforem je zjednodušit daňový zákoník, aby se zvýšila jeho účinnost a aby byl daňový systém příznivější pro podnikání snížením některých forem korporátních daní. Maximální sazba daně z příjmu fyzických osob činí 33 % a maximální sazba daně z příjmu právnických osob je 30 %. Vládní systém výběru daní je velmi neefektivní a míra výběru některých forem daní klesá pod 50 procent.
Vzhledem k tomu, že v minulosti docházelo k zasahování armády do státní správy, přijal národ v roce 1994 dodatek k ústavě, který armádu zrušil. Bezpečnost je nyní v rukou národní policie, pobřežní stráže a národní letecké služby. V roce 1997 vydala vláda na bezpečnost 1,9 % HDP země, tedy asi 132 milionů USD. Pro vládu pracuje v nějakém postavení asi 150 000 lidí.
V 90. letech 20. století se vláda zabývala řadou programů na liberalizaci ekonomiky. Přijala reformy v oblasti bankovnictví, regulace práce a daní. V roce 1996 vláda přijala první zákony proti monopolům. Tato legislativa vytvořila 4 zvláštní obchodní soudy, které projednávaly případy týkající se patentů, ochranných známek a antimonopolních případů. Vytvořila také úřad na ochranu spotřebitelů známý jako Komise pro volnou hospodářskou soutěž a ochranu spotřebitele. Nové zákony ukládají pokuty společnostem, které se dopouštějí praktik poškozujících spotřebitele, včetně prodeje prošlých výrobků a určování cen. V panamském obchodním právu však přetrvává řada problémů. Neexistuje například zákon o úpadku, který by umožňoval společnostem restrukturalizovat se, místo aby zkrachovaly.
Řada dříve státem vlastněných podniků byla privatizována. Patří mezi ně přístavy Cristobal a Balboa, národní telekomunikační společnost INTEL, zařízení na výrobu energie a cementářská společnost. Kromě toho vláda zprivatizovala 17 národních kasin a společností provozujících hrací automaty. Plány na privatizaci elektrárenských a vodárenských společností byly novou vládou v roce 1999 zastaveny. Protože země používá americký dolar, nemůže kontrolovat svou měnovou politiku .