Prezidentské a parlamentní volby v roce 1999 byly mezinárodními pozorovateli považovány za svobodné a spravedlivé a.. Účast žen a domorodých voličů byla vyšší než v nedávné minulosti, ačkoli přetrvávaly obavy ohledně dostupnosti volebních místností ve venkovských oblastech.
Vítězství Alfonsa Portilla v kombinaci s většinou Guatemalské republikánské fronty (FRG) v Kongresu naznačovalo možnosti rychlé legislativní činnosti. Podle guatemalské ústavy z roku 1985 je však pro přijetí mnoha druhů právních předpisů zapotřebí dvou třetin hlasů. Přijetí takové legislativy tedy není možné pouze hlasy FRG.
Politická rovnováha byla narušena v roce 2000, kdy se objevila obvinění, že FRG nezákonně změnila legislativu. Po vyšetřování zbavil Nejvyšší soud zúčastněné osoby, včetně předsedy Kongresu a šéfa FRG Ríose Montta, zákonodárné imunity, aby mohly čelit obvinění v této kauze. Přibližně ve stejné době došlo k vnitřnímu rozkolu v opozici PAN a jejímu rozpadu na frakce; totéž se stalo i v ANN. V důsledku toho reformy nezbytné pro zavedení míru čekají na legislativní opatření.
Nových případů porušování lidských práv nadále ubývalo, ačkoli násilné obtěžování pracovníků v oblasti lidských práv představovalo vážnou výzvu pro vládní autoritu. Další vážnou výzvu představuje běžná kriminalita, kterou zhoršuje dědictví násilí a mstivé spravedlnosti. Velkým problémem zůstává beztrestnost, a to především proto, že demokratické instituce, včetně institucí odpovědných za výkon spravedlnosti, vyvinuly pouze omezenou schopnost vyrovnat se s tímto dědictvím. Vláda prohlásila, že bude potřebovat až do roku 2002, aby splnila cíl zvýšit daňové zatížení (na úrovni přibližně 10 % HDP, což je v současné době nejméně v regionu) na 12 % HDP.
Během prezidentských voleb zorganizovala FRG akci, která bude později známá jako Černý čtvrtek (Jueves negro). SRN zorganizovala své partyzány z venkova a přivedla je do města. SRN jim poskytla dopravu, jídlo, přístřeší na noc a metrové dlouhé hole. S těmito holemi účastníci běhali ulicemi a ničili veřejnou infrastrukturu. Během tohoto dne byl zabit novinář Prensa Libre (předních novin).
Média, která mají tradici nezávislosti a svobody, si to vzala velmi osobně a následující měsíc se každý titulek věnoval těmto událostem a účasti vládnoucí strany na tomto dni teroru. FRG protestovala proti rozhodnutí TSE (nejvyššího volebního soudu) o zákazu kandidáta FRG Efraina Riosa Monta kandidovat. TSE argumentoval tím, že jako formálnímu pučistovi mu ústava zakazuje, aby se kdy stal prezidentem. FRG tvrdila, že vzhledem k tomu, že události, jichž se bývalý generál účastnil, se odehrály před ústavou, může se o prezidentský úřad ucházet. Zdravý rozum tvrdil, že pokud by taková klauzule nebyla ze své podstaty retroaktivní, neměla by smysl.
Protože v roce 2004 zvítězil ve volbách Óscar Berger z GANA (koalice politických stran, nikoliv jedné), je důležité poznamenat, že to byla první vláda v historii demokratické Guatemaly, která neměla v Kongresu nadpoloviční většinu. Po jeho nástupu do funkce v lednu 2004 bylo zveřejněno, že FRG divoce rabovala ve vládě a zašla až do krádeží počítačového vybavení a předmětů historického významu. Alfonso Portillo uprchl do Mexika s úctyhodným množstvím peněz ukradených z vojenských fondů, státní nemocnice a finanční správy. Guatemala podala oficiální žádost o vyhoštění Portilla, aby mohl čelit obvinění ze zpronevěry, nicméně Mexiko nikdy neodvolalo diplomatický azyl, jakmile byl určité osobě udělen.
Ačkoli ústava o tom nic neříká, viceprezident řídí vládu jako předseda vlády, zatímco prezident se zabývá zahraničními záležitostmi, což lze pozorovat pravidelně, protože viceprezident zastupuje prezidenta při mnoha akcích, kterým tradičně předsedá prezident republiky.
Zločinnost dosáhla závratných rozměrů: asi 200 vražd měsíčně a začíná mít vliv na ekonomiku, protože mnoho firem raději opustí zemi, než aby čelily rostoucí korupci a nejistotě. Významným problémem je pokračující válka gangů M18 (Mara Dieciocho) a MS (Mara Salvatrucha). Jedná se o dva soupeřící pouliční gangy tvořené volně propojenými mezinárodními franšízovými organizacemi, které disponují mocí podobnou moci americké mafie z 30. let 20. století a prozatím stojí mimo dosah zákona. Drží území pod svou kontrolou a vymáhají z něj „daně“ (la renta).
Na organizovaném obchodu na vysoké úrovni se zatím nepodílejí. Toto odvětví patří v Guatemale k jiné třídě organizovaného zločinu – mexičtí pašeráci a vysoce postavení guatemalští policejní úředníci se pravidelně dostávají na titulní stránky novin, když jsou chyceni se stovkami kilogramů kokainu.
Fenomén mara vznikl ve Spojených státech v 80. letech, konkrétně v Los Angeles, mezi uprchlíky, kteří utekli před občanskými válkami v Salvadoru a Guatemale. Později bylo mnoho členů mar deportováno ze Spojených států do zemí svého původu, což v 90. letech 20. století přispělo k rozšíření obou gangů po celých Spojených státech, Mexiku, Salvadoru, Guatemale, Hondurasu a dokonce i v Itálii a Španělsku. V Guatemale existuje zóna „El Gallito“, která je uznána jako oblast mimo vládní kontrolu, patří drogovým baronům, kteří ji obývají. Barrio „El Gallito“ se nachází v zóně 3, dvě míle od Národního paláce, kde sídlí vládní úřady.
Prodej drog dosáhl v Guatemale závratných rozměrů, korupce sahá až na nejvyšší místa mnoha složek státní správy. Různé narkomafie soupeří o kontrolu nad odlehlými oblastmi severní džungle v Peténu, odkud drogy, zbraně a lidé překračují hranice do Mexika, většinou směřují do Spojených států. Obchod s drogami je dnes nepochybně největší hrozbou pro politickou svobodu v Guatemale.
Guatemalu sužují lynče, které vážně poškozují lidská práva v zemi jako porušení řádného soudního procesu.
Bergerova vláda byla v některých kruzích vyzdvihována za svou práci v oblasti decentralizace. Guatemala byla vždy silně centralizovaným státem a administrativa se snažila zastavit rostoucí převahu hlavního města. Administrativa se například zapojila do mobilních kabinetů, kdy prezident a všichni jeho ministři budou každou chvíli vyjíždět na venkov a měnit sídlo moci, aby byli „blíže lidu“.
Administrativa se potýká s rostoucími finančními potížemi, které mohou být částečně způsobeny tím, že 60 % obyvatelstva je považováno za „chudé“, a tudíž nemá nárok na zdanění. SAT (superintendence of tributary administration), finanční úřad, je proto povinen zdanit střední třídu, která začíná trpět pod touto zátěží. SAT začala přísně uplatňovat zákony a za daňové úniky požaduje plný trest odnětí svobody.
V září 2006 vzala PNC (civilní národní policie) při společné akci s národní armádou útokem vazební věznici Pavon, věznici s 1 500 vězni, která do té doby nebyla 10 let zrekvírována a která byla centrem trestné činnosti. Několik vězňů, strážce šéfa mafie, která věznici řídila, a sám vůdce se postavili na odpor náporu sil zákona s AK-47 a pistolemi, byli zmasakrováni. Akce se zúčastnilo asi 3 000 pěšáků a 4 tanky. Jednalo se o milník v dějinách Guatemaly, který se dostal na titulní stránky celostátních novin.
V roce 2006 došlo k rozpadu GANA v souvislosti s volbami v roce 2007. Rozpadla se na mnoho stran, což poškodilo schopnost vlády prosadit zákony v Kongresu.
V druhém kole prezidentských voleb v listopadu 2007 byl prezidentem zvolen Álvaro Colom z UNE, který porazil bývalého generála Otto Pereze Molinu z PP. A v roce 2011 zvítězil v prezidentských volbách ve druhém kole generál ve výslužbě Otto Pérez Molina z Vlastenecké strany nad populistou Manuelem Baldizónem ze strany LIDER. Pérez Molina se ujal úřadu 14. ledna 2012 a jeho viceprezidentkou je Roxana Baldettiová.