V roce 1781 přijal Hahnemann místo venkovského lékaře v saském Mansfeldu, kde se těžila měď. Brzy se oženil s Johannou Henriette Kuchlerovou a nakonec s ní měl jedenáct dětí. Poté, co Hahnemann zanechal lékařské praxe a pracoval jako překladatel vědeckých a lékařských učebnic, cestoval mnoho let po Sasku, pobýval různě dlouhou dobu v mnoha různých městech a vesnicích, nikdy nežil daleko od Labe a usadil se v různých obdobích v Drážďanech, Torgau, Lipsku a Köthenu (Anhaltsko), než se nakonec v červnu 1835 přestěhoval do Paříže.
Vytvoření homeopatie
Můj smysl pro povinnost by mi nedovolil snadno léčit neznámý patologický stav mých trpících bratří těmito neznámými léky. Myšlenka, že bych se tímto způsobem stal vrahem nebo zlovolným činitelem vůči životu svých bližních, byla pro mne nanejvýš strašná, tak strašná a znepokojující, že jsem se v prvních letech svého manželského života zcela vzdal své praxe a zabýval se výhradně chemií a psaním.
Po zanechání praxe kolem roku 1784 se Hahnemann živil především jako spisovatel a překladatel, přičemž se rozhodl také zkoumat příčiny údajných chyb medicíny. Při překladu knihy Williama Cullena A Treatise on the Materia Medica se Hahnemann setkal s tvrzením, že chinovník, kůra peruánského stromu, je díky své trpkosti účinný při léčbě malárie. Hahnemann se domníval, že jiné adstringentní látky nejsou proti malárii účinné, a začal zkoumat účinek chinovníku na lidský organismus vlastní aplikací. Když si všiml, že droga u něj samotného vyvolává příznaky podobné malárii, dospěl k závěru, že tak bude činit u každého zdravého jedince. To ho vedlo k postulování léčebného principu: „to, co dokáže vyvolat soubor příznaků u zdravého jedince, může léčit nemocného jedince, u něhož se projevuje podobný soubor příznaků“. Tento princip, že podobné léčí podobné, se stal základem přístupu k medicíně, kterému dal název homeopatie. Poprvé použil termín homeopatie ve svém spise Indications of the Homeopathic Employment of Medicines in Ordinary Practice, publikovaném v Hufeland’s Journal v roce 1807.
Vývoj homeopatie
V návaznosti na práci vídeňského lékaře Antona von Störcka Hahnemann testoval látky na účinky, které vyvolávají u zdravého jedince, přičemž předpokládal (jak tvrdil von Störck), že mohou léčit stejné nemoci, které způsobují. Jeho výzkumy ho vedly ke shodě s von Störckem, že toxické účinky požitých látek jsou často v širokém smyslu paralelní s určitými chorobnými stavy, a jeho zkoumání historických případů otrav v lékařské literatuře dále naznačovalo obecnější medicínský „zákon podobnosti“. Později vymyslel metody ředění zkoumaných léků, aby zmírnil jejich toxické účinky. Tvrdil, že tato ředění, připravená podle jeho techniky „potenciace“ pomocí ředění a succussion (silného protřepání), byla stále účinná při zmírňování stejných příznaků u nemocných. Jeho systematičtější pokusy se snižováním dávek skutečně začaly kolem roku 1800-01, kdy na základě svého „zákona podobnosti“ začal používat Ipecacuanhu k léčbě kašle a Belladonnu ke spále.
Poprvé publikoval článek o homeopatickém přístupu v německy psaném lékařském časopise v roce 1796. Po sérii dalších esejů vydal v roce 1810 „Organon racionálního umění léčení“, po němž v průběhu let následovala další čtyři vydání pod názvem Organon léčebného umění, první systematické pojednání a obsahující všechny jeho podrobné návody na toto téma. Šesté vydání Organonu, za jeho života nepublikované a datované únorem 1842, vyšlo až mnoho let po jeho smrti. Skládalo se z 5. Organonu obsahujícího rozsáhlé rukopisné poznámky. Organon je všeobecně považován za přepracovanou formu eseje, kterou publikoval v roce 1806 pod názvem „Lékařství zkušenosti“ a která vyšla v Hufelandově časopise. Robert Ellis Dudgeon o Organonu uvádí, že „byl zesílením a rozšířením jeho „Medicíny zkušenosti“, zpracovaným s větší pečlivostí a převedeným do metodičtější a aforističtější formy podle vzoru Hippokratových spisů.“
Kávová teorie nemocí
Busta Samuela Hahnemanna od francouzského sochaře Davida d’Angers (1837).
Přibližně na počátku devatenáctého století Hahnemann vypracoval teorii, kterou předložil ve svém spise O účincích kávy na základě původních pozorování v roce 1803, že mnoho nemocí je způsobeno kávou. Hahnemann později kávovou teorii opustil ve prospěch teorie, že nemoci způsobuje Psora, ale bylo zaznamenáno, že seznam stavů, které Hahnemann připisoval kávě, byl podobný jeho seznamu stavů způsobených Psorou.