Bonsaj neoznačuje konkrétní druh stromu, ale spíše umění pěstování stromů v mělkých květináčích a manipulaci s jejich větvemi do estetických tvarů pomocí drátů a dalších nástrojů. Jedná se o japonský termín, který v doslovném překladu znamená „strom ve vaničce“, a tato umělecká forma je s touto zemí již dlouho spojována. Podle časopisu Bonsai Boy of New York se však odborníci shodují, že toto umění vzniklo v Číně. Původně se jím zabývali buddhističtí mniši a staré rukopisy a malby potvrzují, že vzniklo již v roce 600 n. l., ale existuje mnoho vědců, kteří se domnívají, že kořeny tohoto umění sahají až do doby 500 nebo dokonce 1 000 let před naším letopočtem. Později se spolu se zenovým buddhismem přesunulo na východ a v Japonsku se poprvé objevilo ve 12. století.
Podle časopisu Bonsai Outlet byla kolébkou pěstování bonsají v Japonsku oblast Kanto, ale v roce 1923 ji zpustošilo strašlivé zemětřesení o síle 8,3 stupně Richterovy škály a bonsajisté přesunuli své aktivity do oblasti Omiya nedaleko Tokia. Odvětví zde zapustilo kořeny a bonsajovému umění se zde daří dodnes. Ačkoli, jak uvádí Bonsai Empire, se toto umění zpopularizovalo a rozvinulo i v jiných zemích, například v Itálii, Nizozemsku a Spojených státech, bonsaj je stále těsněji spjata s Japonskem a mnozí stále považují japonské bonsaje za nejkvalitnější.