Část vinic současné společnosti lze vysledovat až k vinařství Eshcol, což je biblický výraz pro „bujný trs hroznů“. Původní vinařství Eschol bylo postaveno na objednávku Jamese a George Goodmanových v roce 1886 skotským námořním kapitánem jménem Hamden McIntyre. Původní panství mělo rozlohu 280 akrů a 40 akrů bylo osázeno vinicemi. McIntyre ho navrhl jako gravitační systém: naviják tažený koňmi přiváděl hrozny do třetího patra třípatrové budovy k drcení; gravitace přenášela šťávu do druhého patra ke kvašení; a nakonec víno sestupovalo do prvního patra ke zrání. Vinice přežily prohibici ve Spojených státech díky produkci hroznů pro výrobu mešního vína. V roce 1940 se vinice a budova vinařství přestaly využívat. Budova Eschol utrpěla rozsáhlé statické škody při zemětřesení v jižní Napě v roce 2014. Po více než dvou letech oprav a vylepšení byla budova vinařství po poškození zemětřesením obnovena.
Po odchodu do důchodu po úspěšné kariéře ve společnosti Kaiser Industries koupil Eugene Trefethen spolu se svou ženou Katie v roce 1968 společnost Eshcol spolu se šesti přilehlými pozemky, aby vytvořili Trefethen Vineyards. V té době začala opětovná výsadba vinic a obnova historické budovy vinařství. Úsilí manželů Trefethensových o obnovu bylo v roce 1988 oceněno Ministerstvem vnitra, které vinařství zapsalo do Národního registru historických míst jako jediné dochované dřevěné vinařství z 19. století s gravitačním prouděním v okrese Napa. Vinařství je známé také díky rozsáhlé zahradě, kterou založila Katie. Ta se objevila v mnoha publikacích a od svého vzniku byla cílem mnoha zahradnických nadšenců.
Eugene Trefethen zemřel v roce 1996 a Katie Trefethenová zemřela v roce 2007.
.