Na místě Wat Arun existoval buddhistický chrám již od dob Ayutthayského království. Tehdy byl znám jako Wat Makok podle vesnice Bang Makok, v níž byl postaven. (Makok je thajský název pro rostlinu Spondias pinnata.) Podle historika prince Damronga Rajanubhaba byl chrám zobrazen na francouzských mapách za vlády krále Naraie (1656-1688). Chrám přejmenoval na Wat Chaeng král Taksin, když po pádu Ayutthayi založil poblíž chrámu své nové hlavní město Thonburi. Předpokládá se, že Taksin přísahal, že chrám obnoví poté, co kolem něj prošel za úsvitu. Chrám ukrýval obraz Smaragdového Buddhy, než byl v roce 1785 přenesen do chrámu Wat Phra Kaew na východním břehu řeky. Chrám se nacházel v areálu královského paláce za Taksinovy vlády, než jeho nástupce Ráma I. přestěhoval palác na druhou stranu řeky. Chrám byl opuštěn až do vlády krále Rámy II (1809-1824), který nechal chrám obnovit a hlavní pagodu zvýšit na 70 m. Práce byly dokončeny za vlády krále Rámy III (1824-1851).
Chrám prošel rozsáhlou rekonstrukcí za vlády krále Čulalongkorna (Ráma V, 1868-1910) a v roce 1980, před oslavami dvoustého výročí založení Bangkoku. Nejrozsáhlejší restaurátorské práce na prangu proběhly v letech 2013-2017, během nichž bylo vyměněno značné množství rozbitých dlaždic a k nové povrchové úpravě mnoha ploch byla použita vápenná omítka (která nahradila cement použitý při dřívějších opravách). Když se práce v roce 2017 chýlily ke konci, fotografie jejich výsledků vyvolaly kritiku za nový vzhled chrámu, který v porovnání s předchozím stavem působil běloskvoucím dojmem. Odbor výtvarného umění práce obhajoval s tím, že byly pečlivě provedeny tak, aby odrážely původní vzhled chrámu.
.