Lange bevor die Briten einmarschierten und die Kontrolle über den Subkontinent übernahmen, hatten muslimische Armeen die sesshafte Bevölkerung in dem hügeligen, flachen Land erobert, das sich von den Ausläufern des Hindukusch bis zur Stadt Delhi und der Indogangesischen Ebene und im Osten bis Bengalen erstreckte. Der letzte und erfolgreichste muslimische Eroberer war die Mogul-Dynastie (1526-1857), die ihre Herrschaft schließlich über fast den gesamten Subkontinent ausdehnte. Die britische Überlegenheit fiel mit dem Niedergang der Moguln zusammen, und nach einer Periode europäischer Erfolge und mogulischer Misserfolge auf dem Schlachtfeld setzten die Briten der Macht der Moguln ein Ende. Der letzte Mogulkaiser wurde nach der gescheiterten indischen Meuterei von 1857-58 ins Exil geschickt.
Nicht einmal drei Jahrzehnte nach diesem Aufstand wurde der Indische Nationalkongress gegründet, um der einheimischen Bevölkerung von Britisch-Indien eine politische Vertretung zu geben. Obwohl die Mitgliedschaft im Kongress allen offenstand, überwogen die hinduistischen Teilnehmer die muslimischen Mitglieder. Die 1906 gegründete All India Muslim League wollte den Muslimen eine Stimme geben, um dem damals als wachsend empfundenen Einfluss der Hindus unter britischer Herrschaft entgegenzuwirken. Mohammed Ali Jinnah, zuvor ein prominentes muslimisches Mitglied des Kongresses, übernahm die Führung der Liga nach seinem Bruch mit dem Kongressführer Mohandas K. Gandhi. Als überzeugter Anhänger des angelsächsischen Rechtsstaates und enger Mitarbeiter von Iqbal stellte Jinnah die Sicherheit der muslimischen Minderheit in einem im Wesentlichen von Hindus beherrschten Indien in Frage. Jinnah und die Liga vertraten eine „Zwei-Nationen-Theorie“, die besagte, dass die indischen Muslime ein Recht auf einen separaten, selbstverwalteten Staat in einem wiederhergestellten Subkontinent hätten – und diesen daher auch benötigten – und erklärten, dass der Islam durch ein wiedererstarktes hinduistisches Selbstbewusstsein gefährdet sei.
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Die britische Absicht, Indien eine Selbstverwaltung nach dem Vorbild der britischen parlamentarischen Demokratie zu gewähren, wird im Government of India Act von 1935 deutlich. Bis zu diesem Zeitpunkt war die Frage der Teilhabe von Hindus und Muslimen an der Verwaltung Indiens allgemein akzeptiert worden, wenngleich auch eingeräumt wurde, dass sich die Hindus mehr als die Muslime an die britischen Sitten und die koloniale Art der Verwaltung angepasst hatten. Außerdem waren die Hindus nach der gescheiterten indischen Meuterei eher bereit, britische Verhaltensweisen und Ideen zu übernehmen, während die indischen Muslime die Hauptlast des britischen Zorns zu tragen hatten. Das Mogulreich wurde 1858 formell aufgelöst, und sein letzter Herrscher wurde vom Subkontinent verbannt. Die muslimische Bevölkerung Indiens war der Meinung, dass sie zur Bestrafung ausgewählt worden war, und zögerte, britische Sitten anzunehmen oder die englischen Bildungsangebote zu nutzen. Als Folge dieser unterschiedlichen Positionen stiegen die Hindus unter britischer Herrschaft auf Kosten ihrer muslimischen Kollegen auf, und als Großbritannien den öffentlichen Dienst für die einheimische Bevölkerung öffnete, monopolisierten die Hindus praktisch die Stellen. Obwohl einflussreiche Muslime wie Sayyid Ahmad Khan das wachsende Machtungleichgewicht erkannten und die Muslime ermutigten, eine europäische Ausbildung anzustreben und in den kolonialen Staatsdienst einzutreten, erkannten sie auch, dass es eine unmögliche Aufgabe war, zu den fortschrittlicheren und besser gestellten Hindus aufzuschließen.
Es war dieses Nebeneinander eines aufkommenden Gefühls der Überlegenheit der Hindus und eines anhaltenden Gefühls der Unterlegenheit unter den Muslimen, das die All India Muslim League in ihrem Anspruch aufgriff, die Muslime Indiens zu vertreten. Im Gegensatz zu anderen muslimischen Bewegungen jener Zeit artikulierte die Muslimliga die Gefühle der aufmerksamen und gleichzeitig gemäßigteren Elemente unter der muslimischen Bevölkerung Indiens. Die Muslimliga mit Jinnah als ihrem Sprecher war auch die bevorzugte Organisation aus Sicht der britischen Behörden. Im Gegensatz zu Gandhis Praktiken des zivilen Ungehorsams war der Rechtsanwalt Jinnah (der als Anwalt am Lincoln’s Inn in London zugelassen war) eher geneigt, die Rechtsstaatlichkeit zu fördern, um sich von der kaiserlichen Herrschaft zu lösen. Jinnah war daher offener für eine Verhandlungslösung, und in der Tat war sein erster Instinkt, die Einheit Indiens zu bewahren, wenn auch mit angemessenen Schutzmaßnahmen für die muslimische Gemeinschaft. Für Jinnah bedeutete die Lahore-Resolution (später Pakistan) von 1940, in der ein unabhängiger muslimischer Staat oder unabhängige muslimische Staaten in Indien gefordert wurden, zunächst nicht die Auflösung der indischen Union.
Der Zweite Weltkrieg (1939-45) erwies sich als Katalysator für eine unerwartete Veränderung der politischen Machtverhältnisse. Unter dem Druck verschiedener nationaler Volksbewegungen – insbesondere der vom Kongress organisierten und von Gandhi angeführten – sahen sich die kriegsgeschwächten Briten gezwungen, den Rückzug aus Indien in Betracht zu ziehen. Als Reaktion auf die Kampagne des Kongresses für einen Rückzug Großbritanniens aus Indien entsandte London Anfang 1942 eine Mission unter der Leitung von Sir Richard Stafford Cripps (die Cripps-Mission) nach Neu-Delhi mit dem Versprechen, dass die Zusammenarbeit des Kongresses bei den Kriegsanstrengungen mit einer größeren Selbstverwaltung und möglicherweise sogar mit der Unabhängigkeit nach Kriegsende belohnt werden würde. Gandhi und die anderen Führer des Kongresses ließen sich jedoch nicht beschwichtigen, und ihr Beharren darauf, dass Großbritannien eine Machtübergabe zulassen sollte, während der Krieg noch tobte, führte zu einer Sackgasse und zum Scheitern der Mission.
In dieser Zeit war die von Jinnah geführte Muslim-Liga wesentlich weniger aggressiv in ihren Bemühungen um einen sofortigen britischen Rückzug. Die Differenzen zwischen den beiden Gruppen blieben Großbritannien nicht verborgen, und die schließliche Niederlage Deutschlands und Japans bereitete den Boden für das Drama, das zur Teilung Britisch-Indiens und zur Unabhängigkeit Pakistans führte. Die neue Nachkriegsregierung der Labour Party unter Clement Attlee, die auf die konservative Regierung Winston Churchills folgte, war entschlossen, ihre Autorität in Indien zu beenden. Eine von William Pethick-Lawrence geleitete Kabinettsdelegation wurde 1946 entsandt, um die Mechanismen für die Übertragung der Macht in einheimische Hände zu erörtern und möglicherweise zu regeln. Während der gesamten Beratungen sahen sich die Briten mit zwei prominenten Akteuren konfrontiert: Gandhi und dem Kongress sowie Jinnah und der Muslimliga. Jinnah bemühte sich, eine geeignete Formel zu finden, die den gegenseitigen und unterschiedlichen Bedürfnissen der beiden großen Gemeinschaften des Subkontinents gerecht wurde. Als sich die Mission von Pethick-Lawrence als unzureichend erwies, um die Parteien zu versöhnen, war die letzte Chance auf eine Kompromisslösung vertan. Jeder der Hauptakteure machte den anderen für das Scheitern der Verhandlungen verantwortlich, wobei Jinnah auf der Verwirklichung der „Zwei-Nationen-Theorie“ bestand. Das Ziel war nun nichts weniger als die Schaffung eines souveränen, unabhängigen Pakistans.