James II. war besorgt über die zunehmende Unabhängigkeit der Neuengland-Kolonien; er und andere britische Beamte waren besonders verärgert über die offene Missachtung der Navigationsgesetze. Die anhaltende militärische Bedrohung durch die Franzosen und ihre indianischen Verbündeten in Nordamerika war ein weiterer Grund, die Kontrolle über die Kolonien zu verstärken. Im Jahr 1686 wurde ganz Neuengland in einem Verwaltungszusammenschluss, dem Dominion of New England, zusammengefasst; zwei Jahre später kamen New York und die beiden New Jerseys hinzu. Die Einrichtung dieser Behörde wurde in Großbritannien als wohlüberlegter Schritt und nicht als Strafmaßnahme angesehen. Die Vereinigung der nördlichen Kolonien zum Zwecke der Verteidigung und der administrativen Kontrolle wurde in Amerika anders gesehen. Die Kolonisten hatten sich zuvor an der Neuengland-Konföderation beteiligt. Joseph Dudley diente kurzzeitig als erster Präsident des Dominion, wurde aber durch Sir Edmund Andros ersetzt. Andros war zwar ein erfahrener Soldat und engagierter Staatsdiener, doch fehlte es ihm an gesundem Menschenverstand und persönlichen Fähigkeiten, um in seinem neuen Amt erfolgreich zu sein. Er befolgte seine Befehle gewissenhaft, indem er lokale Versammlungen auflöste, die Kolonisten ohne die Zustimmung ihrer Vertreter besteuerte und mit Nachdruck versuchte, den Schmuggel durch die strikte Durchsetzung der Navigationsgesetze zu beenden. Im Jahr 1687 war Andros über die Weigerung von Connecticut, mit dem neuen Regime zusammenzuarbeiten, so verärgert, dass er mit bewaffneten Gefolgsleuten versuchte, die Charta der Kolonie in Besitz zu nehmen. Der Legende nach versteckten die Kolonisten von Connecticut das Dokument in einer Spalte einer alten Eiche.* 
Das Dominion hatte wenig Erfolg, was vor allem auf die Unnachgiebigkeit der Kolonien zurückzuführen war. Die Kaufleute Neuenglands hatten den Schmuggel schon lange zu ihrer Lebensweise gemacht und wehrten sich erbittert gegen Veränderungen, die ihre Einkommensquellen beeinträchtigen könnten. Andros‘ Bemühungen, die kolonialen Streitkräfte zu vereinheitlichen, scheiterten daran, dass er keine ausreichenden Mittel und Waffen zur Verfügung stellte. Das Dominion kam 1689 zu einem abrupten Ende, als in den Kolonien die Nachricht eintraf, dass Jakob II. in der Glorreichen Revolution vom Thron gestürzt worden war. 1689 änderte das Scheitern des Dominion of New England vorübergehend die Haltung vieler britischer Beamter gegenüber den amerikanischen Kolonien. Im späten 17. und frühen 18. Jahrhundert herrschte eine Zeit der „heilsamen Vernachlässigung“. Einige Verantwortliche waren der Meinung, dass es klüger sei, die Handelsbeziehungen mit den Kolonien zu fördern, als sich in ihre Regierungsangelegenheiten einzumischen. Diese wohltuende Vernachlässigung trug viel zur Entwicklung der Selbstverwaltung in Amerika bei. 1774 griffen die Kolonisten auf dem Ersten Kontinentalkongress die Frage des einheitlichen Vorgehens wieder auf – aber diese Integration war eine amerikanische Entscheidung, keine vom Mutterland aufgezwungene.
*Die „Charter Oak“ stand auf dem Anwesen der Wyllys in Hartford, bis sie 1856 von einem Sturm gefällt wurde.