Die Clonorchiasis ist eine parasitäre Krankheit, die in vielen Ländern Südostasiens von großer Bedeutung für die öffentliche Gesundheit ist und durch den Chinesischen Leberegel Clonorchis sinensis verursacht wird. Die genetische Struktur und die demografische Geschichte der Populationen sind jedoch nicht ausreichend für das gesamte geografische Verbreitungsgebiet der Art untersucht worden, und die verfügbaren Daten beruhen hauptsächlich auf partiellen Gensequenzierungen. In dieser Studie untersuchten wir die genetische Vielfalt der vollständigen 1560 bp Cytochrom c Oxidase Untereinheit 1 (cox1) Gensequenz für geografisch isolierte C. sinensis Populationen in Russland und Vietnam, unseres Wissens zum ersten Mal. Die Ergebnisse zeigten eine geringe Nukleotid- und hohe Haplotypendifferenzierung innerhalb und zwischen den beiden verglichenen Regionen sowie einen klaren geografischen Vektor für die Verteilung der genetischen Diversitätsmuster zwischen den untersuchten Populationen. Diese Ergebnisse deuten auf eine tiefgreifende lokale Anpassung des Parasiten an seine Umwelt, einschließlich der Zwischenwirte, und auf einen Genfluss im gesamten Verbreitungsgebiet der Art hin. Darüber hinaus haben wir eine Aminosäuresubstitution im Funktionsbereich des COX1-Proteins in den vietnamesischen Populationen vorausgesagt, die Berichten zufolge schwer mit Praziquantel zu behandeln sind. Die Haplotypennetzwerke bestanden aus mehreren regionsspezifischen phylogenetischen Linien, deren Bildung während der ausgedehntesten vorletzten Vergletscherungen im Pleistozän stattgefunden haben könnte. Die Muster der genetischen Vielfalt und der Demografie stehen im Einklang mit dem Populationswachstum des Leberegels im späten Pleistozän nach dem letzten glazialen Maximum, was darauf hindeutet, dass es in der jüngsten Vergangenheit in der Geschichte der Art keinen Populationsengpass gab. Die gewonnenen Daten haben wichtige Auswirkungen auf das Verständnis der Phylogeographie von C. sinensis, seiner Wirt-Parasit-Interaktionen, der Fähigkeit dieses Parasiten, Arzneimittelresistenzen zu entwickeln, und der Epidemiologie der Clonorchiasis unter dem globalen Klimawandel.