Hugh wurde im Schloss von Avalon an der Grenze zwischen der Dauphiné und Savoyen als Sohn von Guillaume, dem Seigneur von Avalon, geboren. Seine Mutter Anne de Theys starb, als er acht Jahre alt war, und da sein Vater Soldat war, wurde er in einem Internat unterrichtet. Guillaume zog sich in das Augustinerkloster Villard-Benoît in der Nähe von Grenoble zurück und nahm seinen Sohn Hugh mit.
Im Alter von fünfzehn Jahren wurde Hugh zum Ordensnovizen und mit neunzehn Jahren zum Diakon geweiht. Um 1159 wurde er zum Prior des nahe gelegenen Klosters Saint-Maximin gesandt, vermutlich war er bereits Priester. Von dieser Gemeinschaft aus verließ er den Benediktinerorden und trat in die Grande Chartreuse ein, die damals wegen der strengen Regeln und der aufrichtigen Frömmigkeit ihrer Mitglieder auf dem Höhepunkt ihres Rufs stand. Dort stieg er zum Prokurator seines neuen Ordens auf und übte dieses Amt aus, bis er 1179 zum Prior der Kartause von Witham in Somerset, dem ersten Kartäuserhaus in England, ernannt wurde.
Henry II. von England hatte als Teil seiner Buße für die Ermordung von Thomas Becket, anstatt auf Kreuzzug zu gehen, wie er es in seiner ersten Reue versprochen hatte, einige Zeit zuvor eine Kartause gegründet, die mit Mönchen aus der Grande Chartreuse besetzt wurde. Es gab jedoch Schwierigkeiten, die Bauarbeiten voranzutreiben, so dass der erste Prior in den Ruhestand versetzt wurde und ein zweiter bald darauf starb. Auf besonderen Wunsch des englischen Königs wurde der heilige Hugh, der durch einen der Adligen von Maurienne bekannt geworden war, zum Prior ernannt.
Hugh fand die Mönche in arger Bedrängnis vor, sie lebten in Holzhütten und hatten noch keine Pläne für einen dauerhaften Klosterbau. Hugh bat den König um königliche Schirmherrschaft, und schließlich, wahrscheinlich am 6. Januar 1182, erließ Heinrich eine Gründungs- und Schenkungsurkunde für Witham Charterhouse. Seine erste Aufmerksamkeit galt dem Bau der Kartause. Er bereitete seine Pläne vor und reichte sie zur königlichen Genehmigung ein, wobei er vom König eine vollständige Entschädigung für alle Pächter des königlichen Anwesens verlangte, die für den Bau des Gebäudes vertrieben werden mussten. Hugh leitete das neue Haus bis 1186 und zog viele Menschen in die Gemeinde. Zu den häufigen Besuchern gehörte König Heinrich, denn die Kartause lag in der Nähe der königlichen Jagdgründe im Selwood Forest, einem beliebten Jagdgebiet. Hugh ermahnte Heinrich, die Bistümer unbesetzt zu lassen, um ihre Einnahmen für die königliche Kanzlei zu behalten.
Im Mai 1186 berief Heinrich ein Konzil von Bischöfen und Baronen in die Abtei Eynsham ein, um über den Zustand der Kirche und die Besetzung unbesetzter Bistümer, darunter Lincoln, zu beraten. Am 25. Mai 1186 wurde das Domkapitel von Lincoln angewiesen, einen neuen Bischof zu wählen, und Hugh wurde gewählt. Hugh bestand auf einer zweiten, privaten Wahl durch die Domherren, die sicher in ihrem Kapitelsaal in Lincoln und nicht in der Kapelle des Königs stattfand. Seine Wahl wurde durch das Ergebnis bestätigt.
Hugh wurde am 21. September 1186 in Westminster zum Bischof von Lincoln geweiht. Fast sofort bewies er seine Unabhängigkeit vom König, indem er einen königlichen Förster exkommunizierte und sich weigerte, einen von Heinrichs höfischen Kandidaten als Präbendarsteller von Lincoln einzusetzen; er milderte den Zorn des Königs durch seine diplomatische Ansprache und seinen taktvollen Charme. Nach den Exkommunikationen traf er den König auf der Jagd an und wurde mit mürrischem Schweigen empfangen. Er wartete mehrere Minuten und der König rief nach einer Nadel, um einen Lederverband an seinem Finger zu nähen. Schließlich sagte Hugh mit leichtem Spott: „Wie sehr du mich doch an deine Cousins aus Falaise erinnerst“ (woher die Mutter Wilhelms I., Herleva, eine Gerbertochter, stammte). Daraufhin brach Heinrich in Gelächter aus und war wieder versöhnt. Als Bischof war er vorbildlich, er hielt sich ständig in seiner Diözese auf oder war auf Reisen, er war großzügig in seiner Nächstenliebe und gewissenhaft bei seinen Ernennungen. Er steigerte die Qualität der Ausbildung an der Domschule. Hugh setzte sich auch für den Schutz der Juden ein, die in großer Zahl in Lincoln lebten, als sie zu Beginn der Herrschaft von Richard I. verfolgt wurden, und er schlug die Gewalt des Volkes gegen sie – wie später nach dem Tod des kleinen Heiligen Hugh von Lincoln – an mehreren Orten nieder.
Die Kathedrale von Lincoln war 1185 durch ein Erdbeben schwer beschädigt worden, und Hugh machte sich daran, sie im neuen gotischen Stil wieder aufzubauen und stark zu vergrößern; er erlebte jedoch nur noch den Beginn des Chors. Im Jahr 1194 erweiterte er die St. Mary Magdalen’s Church in Oxford. Zusammen mit Bischof Herbert von Salisbury widersetzte sich Hugh der Forderung des Königs nach 300 Rittern für ein Jahr Dienst in seinen französischen Kriegen; die gesamten Einkünfte der Ämter beider Männer wurden daraufhin von königlichen Agenten beschlagnahmt.
Als einer der führenden Bischöfe des Königreichs England nahm Hugh mehr als einmal die Rolle des Diplomaten in Frankreich für Richard und dann für König John im Jahr 1199 an, eine Reise, die seine Gesundheit ruinierte. Im Jahr 1200 weihte er die St. Giles‘ Church in Oxford ein. In die westliche Säule des Turms ist ein Kreuz aus ineinander verschlungenen Kreisen eingemeißelt, das an diese Weihe erinnern soll. Ebenfalls zum Gedenken an die Weihe wurde die St. Giles‘ Fair ins Leben gerufen, die bis heute jeden September stattfindet. Einige Monate später erkrankte er an einer nicht näher bezeichneten Krankheit, als er an einem nationalen Konzil in London teilnahm, und starb zwei Monate später am 16. November 1200. Er wurde in der Kathedrale von Lincoln beigesetzt.
Bischof Hugh war verantwortlich für den Bau des ersten (hölzernen) Bischofspalastes in Buckden in Cambridgeshire, auf halbem Weg zwischen Lincoln und London. Spätere Erweiterungen des Palastes waren umfangreicher und 1475 wurde ein hoher Backsteinturm hinzugefügt, der von Mauern und einem Wassergraben geschützt und von einer äußeren Vorburg umgeben war. Er wurde bis 1842 von den Bischöfen genutzt. Der Palast, der heute unter dem Namen Buckden Towers bekannt ist, befindet sich im Besitz der Claretiner und wird als Rückzugs- und Konferenzzentrum genutzt. Auf dem Gelände befindet sich eine katholische Kirche, die dem Heiligen Hugh geweiht ist.