Jan Baptista van Helmont wurde im Januar 1579 als Sohn einer Adelsfamilie in Brüssel geboren. Er studierte bis 1594 an der Universität Löwen die klassischen Fächer, nahm aber keinen Abschluss an, weil er akademische Ehren als bloße Eitelkeit betrachtete. Er studierte auch Aspekte der Magie und der mystischen Philosophie in Kursen, die von jesuitischen Lehrern an ihrer neu gegründeten Schule in Löwen abgehalten wurden, und wandte sich dann dem Studium mystischer geistlicher Schriftsteller wie Thomas à Kempis zu. Unzufrieden mit all diesen Studien, wendet er sich der Medizin zu. Bei seinem neuen Vorhaben ist er von religiösem Eifer und dem Wunsch beseelt, der Gesellschaft zu dienen.
Nach seiner Approbation wird Van Helmont eingeladen, an der Universität von Löwen Vorlesungen über Chirurgie zu halten. Er erkrankte jedoch an Krätze und empfand die orthodoxe Behandlung mit scharfen Abführmitteln als lähmend und unwirksam. Er wurde schließlich durch paracelsische Mineralien geheilt, aber in der Zwischenzeit gab Van Helmont, desillusioniert von der damaligen medizinischen Wissenschaft, seine medizinische Karriere auf und reiste 10 Jahre lang durch Europa. Er heiratete 1609 eine wohlhabende Adlige, Margaret van Ranst, und ließ sich auf einem Landgut in Vilvorde bei Brüssel nieder, um sich der chemischen Philosophie zu widmen.
Nach der Veröffentlichung seiner Abhandlung über die magnetische Wundheilung, die sich gegen einen Jesuiten richtete, wurde die Inquisition auf Van Helmont aufmerksam. Eine Anklage wurde gegen ihn erhoben, und diese Affäre warf einen Schatten auf den Rest seines Lebens, das am 30. Dezember 1644 endete; er wurde erst zwei Jahre nach seinem Tod freigesprochen. Dieser Umstand hat ihn möglicherweise dazu veranlasst, zu Lebzeiten nicht viel zu veröffentlichen. Sein Sohn Franciscus Mercurius veröffentlichte seine Schriften posthum 1648 unter dem Titel Ortus medicinae (Ursprünge der Medizin).
Van Helmont lebte genau in jener Zeit des 17. Jahrhunderts, als die moderne wissenschaftliche Methode, die auf Beobachtung und Experiment basierte, geschmiedet wurde, aber noch wurde die Wissenschaft weder eindeutig noch ausschließlich mit diesem Ansatz identifiziert. Für Van Helmont war Wissen ein göttliches Geschenk: Es gab keinen einzigen Weg, die Schöpfung zu verstehen; der Mensch musste alle Mittel nutzen, die Gott ihm gegeben hatte, einschließlich des Studiums der Heiligen Schrift, des Gebets, der Meditation, der mystischen Erleuchtung und der direkten Beobachtung der Natur. Wie die meisten Paracelsier misstraute Van Helmont der dialektischen Argumentationsweise der scholastischen Philosophen des Mittelalters und der Naturphilosophie der Griechen. Die Erfahrung, sowohl die mystische als auch die empirische, war der Weg zur Erkenntnis, nicht die verbale Argumentation.