Die Präsidentschafts- und Parlamentswahlen 1999 wurden von internationalen Beobachtern als frei und fair angesehen. Die Wahlbeteiligung von Frauen und indigenen Wählern war höher als in der jüngeren Vergangenheit, auch wenn die Zugänglichkeit von Wahllokalen in ländlichen Gebieten weiterhin Anlass zur Sorge gab.
Alfonso Portillos erdrutschartiger Sieg in Verbindung mit einer Mehrheit der Republikanischen Front Guatemalas (FRG) im Kongress ließ Möglichkeiten für rasche gesetzgeberische Maßnahmen erwarten. Nach der guatemaltekischen Verfassung von 1985 ist jedoch für die Verabschiedung zahlreicher Gesetze eine Zweidrittelmehrheit erforderlich. Die Verabschiedung solcher Gesetze ist daher mit den Stimmen der FRG allein nicht möglich.
Das politische Gleichgewicht wurde im Jahr 2000 gestört, als Vorwürfe aufkamen, die FRG habe Gesetze illegal geändert. Nach einer Untersuchung hob der Oberste Gerichtshof die Immunität der Beteiligten, darunter Kongresspräsident und FRG-Chef Ríos Montt, auf, um sie vor Gericht zu stellen. Etwa zur gleichen Zeit kam es zu einer internen Spaltung der PAN-Opposition, die in Fraktionen zerfiel; dasselbe geschah in der ANN. Infolgedessen warten Reformen, die für die Umsetzung des Friedens unerlässlich sind, auf gesetzgeberische Maßnahmen.
Die Zahl der neuen Fälle von Menschenrechtsverletzungen ging weiter zurück, obwohl die gewaltsame Belästigung von Menschenrechtsaktivisten eine ernsthafte Herausforderung für die Autorität der Regierung darstellt. Die allgemeine Kriminalität, die durch ein Erbe von Gewalt und Selbstjustiz noch verschärft wird, stellt eine weitere ernsthafte Herausforderung dar. Straflosigkeit ist nach wie vor ein großes Problem, vor allem weil die demokratischen Institutionen, einschließlich der für die Rechtspflege zuständigen, nur begrenzt in der Lage sind, mit diesem Erbe umzugehen. Die Regierung hat erklärt, dass sie bis zum Jahr 2002 brauchen wird, um das Ziel zu erreichen, die Steuerlast (die derzeit mit etwa 10 % des BIP die niedrigste in der Region ist) auf 12 % des BIP zu erhöhen.
Während des Präsidentschaftswahlkampfes organisierte die FRG das, was später als Schwarzer Donnerstag (Jueves negro) bekannt wurde. Die BRD organisierte ihre Partisanen auf dem Land und brachte sie in die Stadt. Die BRD stellte ihnen Transportmittel, Lebensmittel, eine Unterkunft für die Nacht und meterlange Stöcke zur Verfügung. Mit diesen Stöcken zogen die Teilnehmer durch die Straßen und verwüsteten die öffentliche Infrastruktur. An diesem Tag wurde ein Journalist der Prensa Libre (einer führenden Zeitung) getötet.
Die Medien, die traditionell unabhängig und frei sind, nahmen dies sehr persönlich, und im nächsten Monat drehte sich jede Schlagzeile um diese Ereignisse und die Beteiligung der Regierungspartei an diesem Tag des Terrors. Die BRD protestierte gegen die Entscheidung des Obersten Wahlgerichts (TSE), den BRD-Kandidaten Efrain Rios Mont aus dem Rennen zu nehmen. Der TSE argumentierte, dass er als formaler Putschist laut Verfassung nicht Präsident werden dürfe. Die BRD argumentierte, dass die Ereignisse, an denen der ehemalige General beteiligt war, vor der Verfassung liegen und er daher für das Präsidentenamt in Frage kommt. Der gesunde Menschenverstand sagte, dass eine solche Klausel keinen Sinn hätte, wenn sie nicht rückwirkend wäre.
Da 2004 Óscar Berger von der GANA (eine Koalition von politischen Parteien und nicht nur einer einzigen) die Wahlen gewann, ist es wichtig zu erwähnen, dass dies die erste Regierung in der Geschichte des demokratischen Guatemala war, die keine überwältigende Mehrheit im Kongress hatte. Nach seinem Amtsantritt im Januar 2004 wurde bekannt, dass die BRD die Regierung in großem Stil geplündert und dabei sogar Computerausrüstung und Gegenstände von historischer Bedeutung gestohlen hatte. Alfonso Portillo floh mit einer beachtlichen Menge gestohlenen Geldes aus dem Militär, dem nationalen Krankenhaus und der Steuerbehörde nach Mexiko. Guatemala stellte einen förmlichen Antrag auf Ausweisung von Portillo, um ihn wegen Veruntreuung anzuklagen. Mexiko hat jedoch nie das einmal gewährte diplomatische Asyl widerrufen.
Obwohl die Verfassung nichts darüber aussagt, leitet der Vizepräsident die Regierung wie ein Premierminister, während sich der Präsident um die auswärtigen Angelegenheiten kümmert, ist dies regelmäßig zu beobachten, da der Vizepräsident den Präsidenten bei vielen Veranstaltungen vertritt, die traditionell vom Präsidenten der Republik geleitet werden.
Die Kriminalität hat schwindelerregende Ausmaße angenommen: etwa 200 Morde pro Monat, und sie beginnt sich auf die Wirtschaft auszuwirken, da viele Unternehmen es vorziehen, das Land zu verlassen, als sich der wachsenden Korruption und Unsicherheit zu stellen. Ein großes Problem ist der anhaltende Bandenkrieg zwischen der M18 (Mara Dieciocho) und der MS (Mara Salvatrucha). Dabei handelt es sich um zwei rivalisierende Straßenbanden, die sich aus lose miteinander verbundenen internationalen Franchise-Organisationen zusammensetzen, die eine ähnliche Macht wie die US-Mafia in den 1930er Jahren ausüben und sich derzeit dem Zugriff des Gesetzes entziehen. Sie halten ein Gebiet unter ihrer Kontrolle und erpressen von diesem „Steuern“ (la renta).
Sie sind noch nicht in den organisierten Handel auf hohem Niveau verwickelt. Diese Branche gehört zu einer anderen Klasse des organisierten Verbrechens in Guatemala, wobei mexikanische Schmuggler und hochrangige guatemaltekische Polizeibeamte regelmäßig Schlagzeilen machen, wenn sie mit Hunderten von Kilogramm Kokain erwischt werden.
Das Mara-Phänomen entstand in den 1980er Jahren in den Vereinigten Staaten, insbesondere in Los Angeles, unter Flüchtlingen, die vor den Bürgerkriegen in El Salvador und Guatemala flohen. Später wurden viele Mitglieder der Maras aus den Vereinigten Staaten in ihre Herkunftsländer abgeschoben, was in den 1990er Jahren zur Ausbreitung der beiden Banden in den Vereinigten Staaten, Mexiko, El Salvador, Guatemala, Honduras und sogar Italien und Spanien beigetragen hat. In Guatemala-Stadt gibt es ein Viertel, „El Gallito“, das sich anerkanntermaßen außerhalb der Kontrolle der Regierung befindet und den dort ansässigen Drogenbossen gehört. Das Barrio „El Gallito“ liegt in der Zone 3, zwei Meilen vom Nationalpalast entfernt, in dem sich die Regierungsbüros befinden.
Der Drogenhandel hat in Guatemala schwindelerregende Ausmaße angenommen, und die Korruption reicht bis in die Spitzenpositionen vieler Regierungszweige. Verschiedene Narco-Mafias wetteifern um die Kontrolle über die abgelegenen nördlichen Dschungelregionen des Petén, wo Drogen, Waffen und Menschen die Grenze nach Mexiko überqueren, meist auf dem Weg in die Vereinigten Staaten. Der Drogenhandel ist heute zweifellos die größte Bedrohung für die politische Freiheit in Guatemala.
Guatemala wird von Lynchmorden geplagt, die die Menschenrechtsbilanz des Landes als Verstoß gegen ein ordentliches Gerichtsverfahren schwer belasten.
Die Regierung Berger wurde in einigen Kreisen für ihre Arbeit im Bereich der Dezentralisierung gelobt. Guatemala war schon immer ein stark zentralisierter Staat, und die Regierung versuchte, der wachsenden Vormachtstellung der Hauptstadt Einhalt zu gebieten. So hat die Regierung beispielsweise mobile Kabinette eingesetzt, in denen der Präsident und alle seine Minister das Land bereisen und den Sitz der Macht immer wieder wechseln, um „näher am Volk“ zu sein.
Die Verwaltung sieht sich mit wachsenden finanziellen Schwierigkeiten konfrontiert, die möglicherweise zum Teil darauf zurückzuführen sind, dass 60 % der Bevölkerung als „arm“ gelten und daher nicht besteuert werden können. Die SAT (superintendence of tributary administration), die Steuerbehörde, ist daher verpflichtet, die Mittelschicht zu besteuern, die unter der Last zu leiden beginnt. Die SAT wendet das Gesetz mit aller Härte an und fordert die volle Strafe für Steuerhinterziehung.
Im September 2006 stürmte die PNC (Nationale Zivilpolizei) in einer gemeinsamen Aktion mit dem Militär das Gefängnis von Pavon, ein Gefängnis mit 1.500 Insassen, das bis zu diesem Zeitpunkt seit 10 Jahren nicht mehr beschlagnahmt worden war und ein Zentrum krimineller Aktivitäten darstellte. Einige Insassen, die Wache des Chefs der Mafia, die das Gefängnis leitete, und der Anführer selbst widersetzten sich dem Ansturm der Ordnungskräfte mit AK-47 und Handfeuerwaffen, sie wurden massakriert. Rund 3.000 Infanteristen und 4 Panzer waren an der Aktion beteiligt. Dies war ein Meilenstein in der Geschichte Guatemalas und machte landesweit Schlagzeilen.
2006 zerfiel die GANA im Hinblick auf die Wahlen 2007. Sie zersplitterte in viele Parteien, was die Fähigkeit der Regierung, Gesetze durch den Kongress zu bringen, beeinträchtigte.
In der zweiten Runde der Präsidentschaftswahlen im November 2007 wurde Álvaro Colom von der UNE zum Präsidenten gewählt und besiegte damit Ex-General Otto Perez Molina von der PP. Und 2011 gewann General a. D. Otto Pérez Molina von der Patriotischen Partei die Präsidentschaftswahlen in einer Stichwahl gegen den Populisten Manuel Baldizón von der Partei LIDER. Pérez Molina trat sein Amt am 14. Januar 2012 an, seine Vizepräsidentin ist Roxana Baldetti.