SV40 large TAg, andere große T-Antigene von Polyomaviren, E1a-Proteine von Adenoviren und onkogene E7-Proteine von humanen Papillomaviren haben ein gemeinsames strukturelles Motiv, das für eine hochaffine pRb-Bindungsdomäne kodiert. Dieses Motiv ist gekennzeichnet durch einen Asp-, Asn- oder Thr-Rest, gefolgt von drei unveränderlichen Aminosäuren, die von nicht konservierten Aminosäuren durchsetzt sind (bezeichnet mit x, wobei x kein Lys- oder Arg-Rest sein darf). Eine negativ geladene Region folgt häufig carboxy-terminal zur pRb-Bindungsdomäne.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {negativ geladene Region}
Hydrophobe und elektrostatische Eigenschaften sind in diesem Motiv hoch konserviert. Ein lokales Hydrophobie-Maximum tritt beispielsweise in der Nähe des unveränderlichen Leu-Rests auf. Eine negative Nettoladung tritt innerhalb von 3 Resten aminoterminal zum invarianten Leu-Rest auf; darüber hinaus sind positiv geladene Aminosäuren (Lys oder Arg) weder innerhalb der Leu – x – Cys – x – Glu-Sequenz noch in den diese Sequenz unmittelbar flankierenden Positionen zu finden. Das pRb-Bindungsmotiv und der negativ geladene Bereich passen zu einem Segment von SV40 TAg, das am Rest 102 beginnt und am Rest 115 endet, wie unten gezeigt:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Funktionsstudien von TAg-Proteinen, die Mutationen innerhalb dieses Segments (Aminosäurepositionen 106 bis einschließlich 114) tragen, zeigen, dass bestimmte schädliche Mutationen die bösartige transformierende Aktivität aufheben. So hebt beispielsweise die Mutation des unveränderlichen Glu an Position 107 zu Lys-107 die Transformationsaktivität vollständig auf. Schädliche Mutationen innerhalb dieses Segments (Aminosäurepositionen 105 bis einschließlich 114) beeinträchtigen auch die Bindung der mutierten TAg-Proteinspezies an pRb, was auf einen Zusammenhang zwischen der transformierenden Aktivität und der Fähigkeit von TAg, pRb zu binden, schließen lässt. Eine detaillierte bioinformatische Computeranalyse sowie eine Röntgenkristallographie-Studie haben die biophysikalische Grundlage für die Interaktion zwischen dieser Region von TAg und pRb nachgewiesen. Die TAg-Reste 103 bis 109 bilden eine ausgedehnte Schleifenstruktur, die sich eng in eine Oberflächenrille von pRb einfügt. In der Kristallstruktur ist Leu-103 so positioniert, dass es van der Waals-Kontakte mit den hydrophoben Seitenketten von Val-714 und Leu-769 in pRb herstellt. Eine Reihe von Wasserstoffbrückenbindungen stabilisieren den TAg-pRb-Komplex ebenfalls. So bildet beispielsweise die Seitenkette von Glu-107 Wasserstoffbrücken, indem sie Wasserstoff von den Amidgruppen der Hauptkette von Phe-721 und Lys-722 in pRb annimmt. Es wird erwartet, dass die Mutation von Glu-107 zu Lys-107 zu einem Verlust dieser Wasserstoffbrücken führt. Darüber hinaus würde die Seitenkette von Lys-107 wahrscheinlich energetisch ungünstige Wechselwirkungen mit dem Amid von Phe-721 oder Lys-722 eingehen, was den Komplex destabilisieren würde.
Einschlägige experimentelle Belege bestätigen, dass positiv geladene Aminosäuren (Lys oder Arg) die Bindungswechselwirkung mit pRB erheblich schwächen, wenn sie in der Nähe der Sequenz Leu – x – Cys – x – Glu angeordnet sind. Dies ist wahrscheinlich darauf zurückzuführen, dass die Bindungsoberfläche von pRb sechs Lysinreste aufweist, die dazu neigen, positive Reste innerhalb oder flankierend zur Leu – x – Cys – x – Glu-Sequenz abzustoßen.