Mit einem einzigartigen, auf Vermessung basierenden Ansatz, bei dem die modernste technische Ausrüstung zum Einsatz kommt, konnten Franck Goddio und sein Team in Zusammenarbeit mit dem ägyptischen Obersten Rat für Altertümer Teile der Stadt Thonis-Herakleion lokalisieren, kartieren und ausgraben, die 6,5 Kilometer vor der heutigen Küstenlinie liegt. Die Stadt liegt in einem 11 mal 15 Kilometer großen Forschungsgebiet im westlichen Teil der Bucht von Aboukir in einer Tiefe von ca. 10 Metern. Die Forschungen begannen im Jahr 1996. Es dauerte Jahre, das gesamte Gebiet zu kartieren. Die ersten Entdeckungen konnten im Jahr 2000 gemacht werden. Franck Goddio hat wichtige Informationen über die antiken Sehenswürdigkeiten von Thonis-Herakleion gefunden, wie den großen Tempel des Amun und seines Sohnes Khonsou (Herakles für die Griechen), die Häfen, die einst den gesamten Handel nach Ägypten kontrollierten, und das tägliche Leben der Bewohner. Er hat auch ein historisches Rätsel gelöst, das die Ägyptologen seit Jahren beschäftigt: das archäologische Material hat gezeigt, dass Herakleion und Thonis in Wirklichkeit ein und dieselbe Stadt mit zwei Namen waren; Herakleion war der Name der Stadt für die Griechen und Thonis für die Ägypter.
Wie die Stadt aussah
Die bei den Ausgrabungen geborgenen Gegenstände veranschaulichen die Schönheit und den Glanz der Städte, die Pracht ihrer großen Tempel und die Fülle historischer Zeugnisse: kolossale Statuen, Inschriften und architektonische Elemente, Schmuck und Münzen, rituelle Gegenstände und Keramik – eine in der Zeit eingefrorene Zivilisation.
Die Quantität und Qualität des archäologischen Materials, das an der Stätte von Thonis-Herakleion ausgegraben wurde, zeigen, dass diese Stadt eine Zeit der Opulenz und einen Höhepunkt ihrer Besiedlung zwischen dem 6. und 4. Jh. v. Chr., was durch die große Anzahl von Münzen und Keramik aus dieser Zeit belegt wird. Der Hafen von Thonis-Herakleion verfügte über zahlreiche große Becken und fungierte als Drehscheibe des internationalen Handels. Die rege Tätigkeit im Hafen förderte den Wohlstand der Stadt. Mehr als siebenhundert antike Anker verschiedener Formen und über 70 Wracks aus dem 6. bis 2. Jahrhundert v. Chr. sind ebenfalls ein beredtes Zeugnis für die Intensität der maritimen Aktivitäten hier.
Die Stadt erstreckte sich rund um den Tempel, und ein Netz von Kanälen in und um die Stadt muss ihr das Aussehen einer Pfahlbausiedlung gegeben haben. Auf den Inseln und Inselchen befanden sich Wohnhäuser und Nebenheiligtümer. Bei Ausgrabungen wurden schöne archäologische Funde wie Bronzestatuetten gefunden. Auf der Nordseite des Herakles-Tempels durchzog ein großer Kanal die Stadt von Osten nach Westen und verband die Hafenbecken mit einem See im Westen.
Die unterwasserarchäologische Forschung in Thonis-Herakleion dauert bis heute an. Franck Goddio schätzt, dass bisher nur 5 Prozent der Stadt entdeckt worden sind.