GENOME ANNOUNCEMENT
Staphylococcus hominis ist ein Mitglied der koagulase-negativen Staphylokokken (CoNS). Unter den CoNS ist S. hominis eine in klinischen Proben häufig anzutreffende Spezies, die in der Regel aus den Achselhöhlen und der kahlen Haut von Armen, Beinen und Rumpf des Menschen isoliert wird (3, 7). Wie andere CoNS verursacht auch S. hominis in der Regel keine Krankheiten beim Menschen, wird aber zunehmend als potenziell opportunistischer und nosokomialer Erreger erkannt und kann gelegentlich Infektionen bei Patienten mit abnorm geschwächtem Immunsystem verursachen (12). Es wurde berichtet, dass er einige potenziell lebensbedrohliche Infektionen, wie infektiöse Endokarditis, verursachen kann (6). Es wurde auch über einen Fall von S. hominis-Endophthalmitis in Verbindung mit einem Kapselhypopyon berichtet (4). Die zunehmende Bedeutung von S. hominis für die menschliche Gesundheit veranlasste uns, die Genomsequenz von S. hominis ZBW5 zu bestimmen, einem multiresistenten Stamm, der aus einer normalen menschlichen Hautprobe in unserem Krankenhaus isoliert wurde.
Die Shotgun-Sequenzierung des gesamten Genoms wurde mit einem Illumina Hiseq 2000 System (Illumina, Inc.) mit hohem Durchsatz durchgeführt und ergab 3279 Mb hochwertiger Rohsequenz, was einer mehr als 1.400-fachen Genomabdeckung entspricht. Insgesamt 47 Contigs (500 bis 375.603 Basen) wurden mit Velvet (14) de novo assembliert, wobei der N50-Wert 211.593 bp betrug. Die assemblierte Genomsequenz wurde mit BLAST analysiert, um die Identität der Sequenz zu bestimmen. Die Annotation wurde mit Glimmer Version 3.02 (2) durchgeführt, tRNA-Gene wurden mit tRNAscan-SE (9) identifiziert, rRNA-Gene wurden mit RNAmmer (8) und Tandem Repeats Finder 4.04 (1) vorhergesagt, um 78 Tandem-Repeats in allen Contigs zu finden. Außerdem wurden die Contigs mit den KEGG- (5), COG- (13) und NCBI-NR-Protein-Datenbanken abgeglichen, um sie zu annotieren.
Das Chromosom von ZBW5 war 2.335.704 Basen lang und hatte einen G+C-Gehalt von 31,4%. Das Genom enthält 2.304 vorhergesagte proteinkodierende offene Leserahmen (ORFs), die 86 % des Genoms ausmachen, mit einer durchschnittlichen Länge von 872 bp. Das Genom kodiert für 39 tRNA-Gene, einen rRNA-Locus und vier Kopien von 16S-23S-5S-Operonen. Etwa 71,5 % aller kodierenden Sequenzen (CDSs) (insgesamt 1.894) wurden Clustern orthologer Gruppen (COGs) zugeordnet, und 1.282 CDSs können mit Hilfe von KAAS (10) in das 1109 KEGG-Orthologiesystem annotiert werden.
S. hominis ZBW5 trug einige vorhergesagte proteinkodierende Gene, die an der Antibiotikaresistenz (z. B. Methicillin, Erythromycin und Tetracyclin) und an Multidrug-Pumps beteiligt sind, die wahrscheinlich in der Lage sind, das Virulenzpotenzial zu modulieren, was mit anderen CoNS übereinstimmt (11). Es wurde eine breite Palette von Genen gefunden, die mit mutmaßlichen Virulenzfaktoren, Adhäsion und Invasion zusammenhängen, was mit der Identität von S. hominis als opportunistisches Pathogen übereinstimmt. Eine weitere und tiefgreifende Erforschung der Genomsequenz von S. hominis ist nun im Gange, die die Grundlage für die Aufklärung der molekularen Prinzipien der Wirtskolonisierung und Einblicke in den genetischen Hintergrund der Pathogenese dieses Organismus liefern wird.
Nukleotidsequenz-ZugangsnummernDieses Whole Genome Shotgun-Projekt wurde bei DDBJ/EMBL/GenBank unter der Zugangsnummer. AKGC00000000 HINTERLEGT. Die in dieser Arbeit beschriebene Version ist die erste Version, AKGC01000000.