La clonorquiasis es una enfermedad parasitaria de gran importancia para la salud pública en muchos países del sudeste asiático y está causada por el chirrido hepático chino Clonorchis sinensis. Sin embargo, la estructura genética y la historia demográfica de sus poblaciones no han sido suficientemente estudiadas en todo el rango geográfico de la especie y los datos disponibles se basan principalmente en la secuenciación parcial de genes. En este estudio, exploramos la diversidad genética de la secuencia completa del gen de la subunidad 1 de la citocromo c oxidasa (cox1), de 1560 pb, para poblaciones de C. sinensis aisladas geográficamente en Rusia y Vietnam, según nuestros conocimientos por primera vez. Los resultados demostraron una baja diferenciación de nucleótidos y una alta diferenciación de haplotipos dentro y entre las dos regiones comparadas y un claro vector geográfico para la distribución de los patrones de diversidad genética entre las poblaciones estudiadas. Estos resultados sugieren una profunda adaptación local del parásito a su entorno, incluidos los hospedadores intermedios, y la existencia de un flujo genético a lo largo del área de distribución de la especie. Además, hemos predicho una sustitución de aminoácidos en el sitio funcional de la proteína COX1 entre las poblaciones vietnamitas, de las que se informó que eran difíciles de tratar con praziquantel. Las redes de haplotipos consistían en varios linajes filogenéticos específicos de la región, cuya formación podría haber ocurrido durante las penúltimas glaciaciones más extensas de la época del Pleistoceno. Los patrones de diversidad genética y demografía son coherentes con el crecimiento de la población de la lombriz hepática en el Pleistoceno tardío tras el Último Máximo Glacial, lo que indica la ausencia de un cuello de botella poblacional durante el pasado reciente en la historia de la especie. Los datos obtenidos tienen importantes implicaciones para entender la filogeografía de C. sinensis, sus interacciones huésped-parásito, la capacidad de este parásito para evolucionar la resistencia a los medicamentos y la epidemiología de la clonorquiasis bajo el cambio climático global.
