James II empezó a preocuparse por la creciente independencia de las colonias de Nueva Inglaterra; él y otros funcionarios británicos estaban especialmente molestos por el abierto incumplimiento de las Leyes de Navegación. La continua amenaza militar que suponían los franceses y sus aliados indios en Norteamérica era una razón adicional para reforzar el control de las colonias. En 1686, toda Nueva Inglaterra se unió en una fusión administrativa, el Dominio de Nueva Inglaterra; dos años más tarde, se añadieron Nueva York y Nueva Jersey. La creación de este organismo fue considerada en Gran Bretaña como una medida reflexiva y no punitiva. La unificación de las colonias del norte con fines de defensa y control administrativo fue vista de forma diferente en América. Los colonos habían participado antes en la Confederación de Nueva Inglaterra.Joseph Dudley fue brevemente el primer presidente del Dominio, pero fue sustituido por Sir Edmund Andros. Soldado experimentado y dedicado servidor público, Andros carecía, sin embargo, del sentido común y las habilidades personales para tener éxito en su nuevo cargo. Siguió sus órdenes con asiduidad, acabando con las asambleas locales, gravando a los colonos sin el consentimiento de sus representantes e intentando enérgicamente acabar con el contrabando mediante la aplicación estricta de las Leyes de Navegación.Massachusetts no fue la única colonia en la que el Dominio causó furor. En 1687, Andros se enfadó tanto por la falta de cooperación de Connecticut con el nuevo régimen, que él y sus criados armados intentaron tomar posesión física de los estatutos de la colonia. Según la leyenda, los colonos de Connecticut escondieron el documento en la grieta de un viejo roble.* 
El Dominio tuvo poco éxito, debido en gran parte a la intransigencia colonial. Los comerciantes de Nueva Inglaterra habían hecho del contrabando una forma de vida y se resistían amargamente a los cambios que pudieran afectar a sus fuentes de ingresos. Los esfuerzos de Andros por unificar las respuestas militares coloniales nacieron muertos debido a su incapacidad de proporcionar muchos fondos y armas. El Dominio se detuvo abruptamente en 1689, cuando llegó a las colonias la noticia de la destitución de Jacobo II del trono en la Revolución Gloriosa.El fracaso del Dominio de Nueva Inglaterra cambió temporalmente la actitud de muchos funcionarios británicos hacia las colonias americanas. A finales del siglo XVII y principios del XVIII se produjo un periodo de «saludable negligencia». Algunas autoridades creían que era más acertado intentar fomentar las relaciones comerciales con las colonias que inmiscuirse en sus asuntos gubernamentales. Los colonos retomaron la cuestión de la acción unificada en el Primer Congreso Continental (1774), pero esa integración fue una decisión estadounidense, no una imposición de la madre patria.
*El «Charter Oak» se mantuvo en la finca de Wyllys en Hartford hasta que fue derribado por una tormenta de viento en 1856.