El TAg grande del SV40, otros antígenos T grandes de poliomavirus, las proteínas E1a del adenovirus y las proteínas E7 oncogénicas del virus del papiloma humano comparten un motivo estructural que codifica un dominio de unión a pRb de alta afinidad. Este motivo se caracteriza por un residuo Asp, Asn o Thr seguido de tres aminoácidos invariables, intercalados con aminoácidos no conservados (designados por x, donde x no puede ser un residuo Lys o Arg). Una región cargada negativamente sigue frecuentemente al carboxi-terminal del dominio de unión a pRb.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {región con carga negativa}
Las propiedades hidrofóbicas y electrostáticas están muy conservadas en este motivo. Por ejemplo, se produce un máximo de hidrofobicidad local en las proximidades del residuo invariable Leu. Se produce una carga negativa neta dentro de los 3 residuos aminoterminales al residuo invariante Leu; además, no se encuentran aminoácidos cargados positivamente (Lys o Arg) dentro de la secuencia Leu – x – Cys – x – Glu, ni en las posiciones que flanquean inmediatamente esta secuencia. El motivo de unión a pRb y la región cargada negativamente coinciden con un segmento del TAg de SV40 que comienza en el residuo 102 y termina en el 115, como se muestra a continuación:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Asp – Asp – Glu –
Los estudios funcionales de las proteínas TAg que presentan mutaciones dentro de este segmento (posiciones de aminoácidos 106 a 114, inclusive) demuestran que ciertas mutaciones deletéreas suprimen la actividad transformadora maligna. Por ejemplo, la mutación del Glu invariante en la posición 107 a Lys-107 suprime completamente la actividad transformadora. Las mutaciones deletéreas dentro de este segmento (posiciones de aminoácidos 105 a 114, inclusive) también perjudican la unión de la especie proteica TAg mutante a pRb, lo que implica una correlación entre la actividad transformante y la capacidad de TAg de unirse a pRb. Un análisis bioinformático detallado, así como un estudio de cristalografía de rayos X, han demostrado la base biofísica de la interacción entre esta región de TAg y pRb. Los residuos 103 a 109 del TAg forman una estructura de bucle extendido que se une estrechamente en un surco superficial de la pRb. En la estructura cristalina, Leu-103 está posicionado de manera que hace contactos van der Waals con las cadenas laterales hidrofóbicas de Val-714 y Leu-769 en pRb. Una serie de enlaces de hidrógeno también estabilizan el complejo TAg-pRb. Por ejemplo, la cadena lateral de Glu-107 forma enlaces de hidrógeno aceptando hidrógenos de los grupos amida de la cadena principal de Phe-721 y Lys-722 en pRb. Se espera que la mutación de Glu-107 a Lys-107 provoque la pérdida de estos enlaces de hidrógeno. Además, la cadena lateral de Lys-107 probablemente tendría interacciones energéticamente desfavorables con la amida de Phe-721 o Lys-722, desestabilizando el complejo.
La fuerte evidencia experimental confirma que los aminoácidos cargados positivamente (Lys o Arg) debilitan significativamente la interacción de unión con la pRB cuando se posicionan en la vecindad de la secuencia Leu – x – Cys – x – Glu. Esto se debe probablemente al hecho de que la superficie de unión de la pRb presenta seis residuos de lisina, que tenderán a repeler los residuos positivos dentro de la secuencia Leu – x – Cys – x – Glu o que la flanquean.