El Fuerte Churchill del condado de Lyon fue fundado en julio de 1860 durante el periodo crítico de conflicto entre los nativos americanos y los colonos recién llegados. El capitán Joseph Stewart, recién llegado de Fort Alcatraz, había dirigido las fuerzas de California para luchar en la segunda fase de la Guerra del Lago Pirámide. Entonces recibió órdenes de establecer un fuerte para proteger las rutas transcontinentales de comercio y transporte que se extendían a través de la Gran Cuenca occidental. Posteriormente, Stewart fundó Fort Churchill en la orilla norte del río Carson, para proteger una de las líneas de comunicación más importantes. El emplazamiento estaba a poca distancia de Carson City, Dayton y el recién desarrollado distrito minero de Comstock. Aunque la guarnición tuvo poca acción, proporcionó una presencia federal durante un período crítico que incluyó la Guerra Civil.
La instalación recibió el nombre del General Sylvester Churchill, Inspector General del Ejército de los Estados Unidos. Fort Churchill fue la primera instalación militar federal en la zona que se convertiría en Nevada, y fue la más elaborada de su tipo en el estado durante el siglo XIX. El número de soldados fluctuó a lo largo de la década de 1860, pero no solían ser más de doscientos. El complejo constaba de más de veinte edificios. El artista afroamericano Grafton Brown publicó una de las únicas imágenes tempranas del fuerte, una vista de pájaro que data de 1863. El ejército estadounidense abandonó el fuerte en 1869.
Debido a que los edificios de Fort Churchill eran de adobe, eran vulnerables a la erosión tras el desmantelamiento. A principios del siglo XX, el complejo estaba en mal estado. El Capítulo Sagebrush de las Hijas de la Revolución Americana obtuvo el fuerte en 1925 y comenzó una restauración limitada. El Civilian Conservation Corps, un programa del New Deal durante la Gran Depresión, llevó a cabo un importante programa de restauración entre 1935 y 1936.
Desde 1957, Fort Churchill es un parque estatal. Se necesitan reparaciones constantes para preservar las ruinas en pie. El Servicio de Parques Nacionales reconoce el lugar como un monumento histórico nacional.