Los Guyots muestran evidencias de haber estado alguna vez por encima de la superficie, con un hundimiento gradual a través de etapas que van desde una montaña con arrecifes, un atolón de coral y, finalmente, una montaña sumergida de cima plana. Los montes submarinos se forman por la extrusión de lavas que ascienden por etapas desde las fuentes del manto terrestre, normalmente puntos calientes, hasta los respiraderos del fondo marino. El vulcanismo cesa invariablemente al cabo de un tiempo, y dominan otros procesos. Cuando un volcán submarino crece lo suficiente como para estar cerca de la superficie del océano o para traspasarla, la acción de las olas y/o el crecimiento de los arrecifes de coral tienden a crear un edificio de cima plana. Sin embargo, toda la corteza oceánica y los guyots se forman a partir de magma y/o roca caliente, que se enfría con el tiempo. A medida que la litosfera sobre la que cabalga el futuro guyot se enfría lentamente, se vuelve más densa y se hunde más en el manto terrestre, a través del proceso de isostasia. Además, los efectos erosivos de las olas y las corrientes se encuentran sobre todo cerca de la superficie: las cimas de los guyots suelen estar por debajo de esta zona de mayor erosión.
Este es el mismo proceso que da lugar a una topografía más elevada del fondo marino en las dorsales oceánicas, como la Dorsal Mesoatlántica en el Océano Atlántico, y a un océano más profundo en las llanuras abisales y las fosas oceánicas, como la Fosa de las Marianas. Así, la isla o el banco que acabará convirtiéndose en un guyot se va hundiendo lentamente a lo largo de millones de años. En las regiones climáticas adecuadas, el crecimiento de los corales puede a veces seguir el ritmo del hundimiento, dando lugar a la formación de atolones de coral, pero finalmente los corales se hunden demasiado para crecer y la isla se convierte en un guyot. Cuanto más tiempo pasa, más profundos se vuelven los guyots.
Los montes submarinos proporcionan datos sobre los movimientos de las placas tectónicas sobre las que se asientan y sobre la reología de la litosfera subyacente. La tendencia de una cadena de montes submarinos traza la dirección del movimiento de la placa litosférica sobre una fuente de calor más o menos fija en la astenosfera subyacente, la parte del manto terrestre que se encuentra bajo la litosfera. Se calcula que hay hasta 50.000 montes submarinos en la cuenca del Pacífico. La cadena de montes submarinos Hawái-Emperador es un excelente ejemplo de una cadena volcánica completa que experimenta este proceso, desde el vulcanismo activo, el crecimiento de los arrecifes de coral, la formación de atolones, el hundimiento de las islas y la conversión en guyots.