En Estados Unidos, la presidencia de O’Mahony sobre la Hermandad Feniana era cada vez más cuestionada por William R. Roberts. Ambas facciones fenianas recaudaron dinero mediante la emisión de bonos en nombre de la «República Irlandesa», que fueron comprados por los fieles con la expectativa de que fueran honrados cuando Irlanda volviera a ser «una nación». Estos bonos debían ser reembolsados «seis meses después del reconocimiento de la independencia de Irlanda». Cientos de miles de inmigrantes irlandeses se suscribieron.
Se compraron grandes cantidades de armas, y la facción de Roberts hizo abiertamente los preparativos para una serie coordinada de incursiones en Canadá, que el gobierno de los Estados Unidos no tomó ninguna medida importante para evitar. Muchos en la administración de los Estados Unidos no estaban indispuestos al movimiento debido a la falta de apoyo de Gran Bretaña a la Unión durante la guerra civil. El «Secretario de Guerra» de Roberts era el general T. W. Sweeny, que fue eliminado de la lista del ejército estadounidense desde enero de 1866 hasta noviembre de 1866 para permitirle organizar las incursiones. El objetivo de estas incursiones era apoderarse de la red de transporte de Canadá, con la idea de que esto obligaría a los británicos a intercambiar la libertad de Irlanda por la posesión de su provincia de Canadá. Antes de la invasión, los fenianos habían recibido cierta información de partidarios afines dentro de Canadá, pero no recibieron el apoyo de todos los católicos irlandeses de ese país, que veían las invasiones como una amenaza a la incipiente soberanía canadiense.
En abril de 1866, bajo el mando de John O’Mahony, una banda de más de 700 miembros de la Hermandad Feniana llegó a la costa de Maine, frente a la isla, con la intención de arrebatar Campobello a los británicos. Los buques de guerra británicos de Halifax, Nueva Escocia, acudieron rápidamente al lugar y una fuerza militar dispersó a los fenianos. Esta acción sirvió para reforzar la idea de la protección de Nuevo Brunswick al unirse con las colonias norteamericanas británicas de Nueva Escocia, Canadá Este y Canadá Oeste en la Confederación para formar el Dominio de Canadá.
El mando de la expedición en Buffalo, Nueva York, fue confiado por Roberts al coronel John O’Neill, quien cruzó el río Niágara (el Niágara es la frontera internacional) a la cabeza de al menos 800 (cifra de O’Neill; normalmente se informa de hasta 1.500 en fuentes canadienses) hombres en la noche y la mañana del 31 de mayo al 1 de junio de 1866, y capturó brevemente Fort Erie, derrotando a una fuerza canadiense en Ridgeway. Muchos de estos hombres, incluido O’Neill, eran veteranos curtidos en la Guerra Civil estadounidense. Al final, la invasión se vio interrumpida por la posterior interrupción de las líneas de suministro fenianas a través del río Niágara por parte de las autoridades estadounidenses y la detención de los refuerzos fenianos que intentaban cruzar el río hacia Canadá. Es poco probable que con una fuerza tan pequeña hubieran logrado su objetivo.
Otros intentos fenianos de invasión ocurrieron a lo largo de la semana siguiente en el valle del San Lorenzo. Como muchas de las armas habían sido confiscadas por el ejército estadounidense, relativamente pocos de estos hombres se involucraron en la lucha. Incluso hubo una pequeña incursión feniana en un edificio de almacenamiento que consiguió recuperar algunas armas que habían sido confiscadas por el ejército estadounidense. Muchas fueron devueltas de todos modos por oficiales simpatizantes.
Para sacar a los fenianos de la zona, tanto en el San Lorenzo como en Búfalo, el gobierno estadounidense compró billetes de tren para que los fenianos regresaran a sus hogares si los individuos implicados prometían no invadir más países desde los Estados Unidos. Muchas de las armas fueron devueltas más tarde si la persona que las reclamaba podía depositar una fianza de que no iban a ser utilizadas para invadir de nuevo Canadá, aunque algunas fueron posiblemente utilizadas en las incursiones que siguieron.
En diciembre de 1867, O’Neill se convirtió en presidente de la facción Roberts de la Hermandad Feniana, que al año siguiente celebró una gran convención en Filadelfia a la que asistieron más de 400 delegados debidamente acreditados, mientras 6.000 soldados fenianos, armados y uniformados, desfilaban por las calles. En esta convención se concibió la segunda invasión de Canadá. La noticia de la explosión de Clerkenwell fue un fuerte incentivo para una política vigorosa. Henri Le Caron, que, mientras actuaba como agente secreto del gobierno británico, ocupaba el cargo de «Inspector General del Ejército Republicano Irlandés», afirma que distribuyó quince mil puestos de armas y casi tres millones de cartuchos al cuidado de los numerosos hombres de confianza apostados entre Ogdensburg, Nueva York, y St. Albans, Vermont, para preparar la incursión prevista. Tuvo lugar en abril de 1870 y resultó un fracaso tan rápido y completo como el intento de 1866. Los fenianos bajo el mando de O’Neill cruzaron la frontera canadiense cerca de Franklin, Vermont, pero fueron dispersados por una sola descarga de voluntarios canadienses. El propio O’Neill fue rápidamente arrestado por las autoridades estadounidenses que actuaban bajo las órdenes del presidente Ulysses S. Grant.
Después de dimitir como presidente de la Hermandad Feniana, John O’Neill intentó sin éxito una incursión no sancionada en 1871, uniendo las fuerzas de sus partidarios fenianos restantes con miembros exiliados de la Rebelión del Río Rojo. El grupo de asaltantes cruzó la frontera con Manitoba en Pembina, territorio de Dakota, y tomó posesión del puesto comercial de la Hudson’s Bay Company en el lado canadiense. Los soldados estadounidenses del fuerte de Pembina, con el permiso del oficial canadiense Gilbert McMicken, cruzaron la frontera con Canadá y arrestaron a los asaltantes fenianos sin oponer resistencia.
La amenaza feniana provocó llamamientos a la confederación canadiense. La Confederación se había estado gestando durante años, pero no se llevó a cabo hasta 1867, el año siguiente a las primeras incursiones. En 1868, un simpatizante feniano asesinó al político irlandés-canadiense Thomas D’Arcy McGee en Ottawa por su condena de las incursiones.
El temor a un ataque feniano asoló el Lower Mainland de la Columbia Británica durante la década de 1880, ya que la Hermandad Feniana se organizaba activamente en Washington y Oregón, pero las incursiones nunca llegaron a materializarse. En la inauguración de la línea principal del ferrocarril Canadian Pacific en 1885, las fotos tomadas para la ocasión muestran tres grandes buques de guerra británicos sentados en el puerto, justo al lado de la cabecera del ferrocarril y sus muelles. Su presencia se debía explícitamente a la amenaza de un ataque feniano o de terrorismo, al igual que el gran número de tropas del primer tren.