Los hipermedios pueden desarrollarse de varias maneras. Se puede utilizar cualquier herramienta de programación para escribir programas que enlacen datos de variables internas y nodos para archivos de datos externos. El software de desarrollo multimedia, como Adobe Flash, Adobe Director, Macromedia Authorware y MatchWare Mediator, puede utilizarse para crear aplicaciones hipermedia independientes, con énfasis en el contenido de entretenimiento. Algunos programas de bases de datos, como Visual FoxPro y FileMaker Developer, pueden utilizarse para desarrollar aplicaciones hipermedia autónomas, con énfasis en la gestión de contenidos educativos y empresariales.
Las aplicaciones hipermedia pueden desarrollarse en dispositivos integrados para las industrias de móviles y de señalización digital utilizando la especificación Scalable Vector Graphics (SVG) del W3C (World Wide Web Consortium). Aplicaciones de software, como Ikivo Animator e Inkscape, simplifican el desarrollo de contenidos hipermedia basados en SVG. Los dispositivos integrados, como el iPhone, admiten de forma nativa las especificaciones SVG y pueden utilizarse para crear aplicaciones hipermedia móviles y distribuidas.
También pueden añadirse hipervínculos a los archivos de datos utilizando la mayoría de los programas informáticos empresariales a través de las limitadas funciones de scripting e hipervínculo incorporadas. Los programas de documentación, como el paquete de Microsoft Office y LibreOffice, permiten establecer enlaces de hipertexto a otros contenidos dentro del mismo archivo, a otros archivos externos y a enlaces URL a archivos en servidores de archivos externos. Para hacer más hincapié en los gráficos y el diseño de la página, se pueden añadir hipervínculos con la mayoría de las herramientas modernas de autoedición. Esto incluye programas de presentación, como Microsoft PowerPoint y LibreOffice Impress, complementos para programas de maquetación de impresión, como Quark Immedia, y herramientas para incluir hipervínculos en documentos PDF, como Adobe InDesign para la creación y Adobe Acrobat para la edición. Hyper Publish es una herramienta específicamente diseñada y optimizada para la gestión de hipermedios e hipertextos. Se puede utilizar cualquier editor de HTML para construir archivos HTML, accesibles por cualquier navegador web. Las herramientas de creación de CD/DVD, como DVD Studio Pro, pueden utilizarse para crear hipervínculos en el contenido de los DVD para reproductores de DVD o enlaces web cuando el disco se reproduce en un ordenador personal conectado a Internet.