Numerosas iglesias y grupos se desarrollaron dentro del movimiento del Nuevo Pensamiento. Emma Curtis Hopkins es llamada la «Maestra de Maestros» por el número de personas a las que enseñó y que pasaron a fundar grupos dentro del movimiento del Nuevo Pensamiento. Después de aprender de Hopkins, Annie Rix Militz pasó a fundar el Hogar de la Verdad. Otra estudiante, Malinda E. Cramer, se convirtió en cofundadora de la Ciencia Divina, junto con la Sra. Bingham, que más tarde enseñó a Nona L. Brooks, quien cofundó la Ciencia Divina con Cramer. Charles y Myrtle Fillmore, que fueron juntos a Hopkins, fundaron después la Escuela de Unidad del Cristianismo. También aprendieron de Hopkins autores como la Dra. H. Emilie Cady, escritora del libro de texto de Unity Lessons in Truth; Ella Wheeler Wilcox, poeta del Nuevo Pensamiento; y Elizabeth Towne. Mucho más tarde, Ernest Holmes, que estableció la Ciencia Religiosa y fundó los Centros Unidos para la Vida Espiritual.
La Iglesia de la Unidad es la mayor iglesia del Nuevo Pensamiento en la actualidad, con miles de miembros en todo el mundo. Fue formada por los Fillmore en 1891. La Ciencia Divina también fue fundada a finales del siglo XIX por Melinda Cramer y Nona Brooks. Los Centros Unidos para la Vida Espiritual fueron fundados por Ernest Holmes en 1927. Una organización similar, la Sociedad para la Ciencia Judía, originalmente concebida por el rabino Alfred G. Moses a principios del siglo XX, el movimiento se institucionalizó en 1922 con el rabino Morris Lichtenstein. El movimiento del Nuevo Pensamiento se extiende por todo el mundo. La mayor denominación fuera de Estados Unidos, Seicho-no-Ie, fue fundada en 1930 por Masaharu Taniguchi en Japón. Hoy en día, tiene misiones en todo el mundo, incluyendo los EE.UU. Iglesias más pequeñas, incluyendo el Hogar de la Verdad fundado en 1899 en Alameda, California, continúan con éxito, al igual que el Centro Espiritual Internacional Agape, una mega-iglesia dirigida por el Rev. Dr. Michael Beckwith en el área de Los Ángeles.
Una variedad de organizaciones paraguas del Nuevo Pensamiento han existido, incluyendo la Alianza Internacional del Nuevo Pensamiento, que existió en alguna forma ya en 1899. La Red Afiliada del Nuevo Pensamiento se formó en 1992 para proporcionar una organización global del Nuevo Pensamiento. Desde 1974, la Fundación Universal para una Vida Mejor reúne a las congregaciones cristianas del Nuevo Pensamiento de todo el mundo. En la ciudad de Nueva York, los líderes del Nuevo Pensamiento crearon una organización paraguas llamada League for the Larger Life. Duró desde 1916 hasta la década de 1950.
Ha habido muchas escuelas del Nuevo Pensamiento. La más famosa puede ser la Unity School of Christianity en Missouri, fundada a principios del siglo XX. El Instituto Teológico Emerson funciona desde 1992. A finales del siglo XX, Horatio Dresser dirigía una organización llamada Escuela de Metafísica Aplicada.
Psychiana era una denominación de venta por correo operada por Frank B. Robinson que enseñaba y difundía el Nuevo Pensamiento a través del Servicio Postal de Estados Unidos.