Jan Baptista van Helmont nació de una familia noble en Bruselas en enero de 1579. Estudió los clásicos en la Universidad de Lovaina hasta 1594, pero no aceptó un título porque consideraba los honores académicos una mera vanidad. También estudió aspectos de la magia y la filosofía mística en cursos impartidos por profesores jesuitas en su recién fundado colegio de Lovaina, y luego se dedicó al estudio de escritores espirituales místicos como Tomás de Kempis. Insatisfecho con todos estos estudios, se dedicó a la medicina. En su nueva empresa se inspiró en el celo religioso y en el deseo de servir a la sociedad.
Tras obtener su licencia para ejercer, Van Helmont fue invitado a dar clases de cirugía en la Universidad de Lovaina. Sin embargo, contrajo un caso de sarna y descubrió que el tratamiento ortodoxo con fuertes purgantes era debilitante e ineficaz. Finalmente se curó con remedios minerales paracelsianos, pero mientras tanto, desilusionado con la ciencia médica de la época, Van Helmont abandonó su carrera médica y durante 10 años viajó por Europa. En 1609 se casó con una noble adinerada, Margaret van Ranst, y se instaló en una finca en Vilvorde, cerca de Bruselas, para dedicarse a la filosofía química.
Tras la publicación de su tratado sobre la cura magnética de las heridas, dirigido contra un jesuita, Van Helmont llamó la atención de la Inquisición. Se presentaron cargos contra él, y este asunto ensombreció el resto de su vida, que terminó el 30 de diciembre de 1644; no fue absuelto hasta dos años después de su muerte. Esta circunstancia posiblemente le hizo ser reacio a publicar mucho en vida. Su hijo Franciscus Mercurius publicó sus trabajos póstumamente en 1648 bajo el título Ortus medicinae (Orígenes de la medicina).
Van Helmont vivió precisamente en esa época del siglo XVII en la que se estaba forjando el método científico moderno basado en la observación y la experimentación, pero todavía la ciencia no se identificaba ni única ni exclusivamente con este enfoque. Para Van Helmont el conocimiento era un don divino de Dios: no había una sola manera de entender la creación; el hombre debía utilizar todos los medios que Dios le había dado, incluyendo el estudio de las Escrituras, la oración, la meditación, la iluminación mística y la observación directa de la naturaleza. Como la mayoría de los paracelsianos, Van Helmont desconfiaba del modo de razonamiento dialéctico que utilizaban los filósofos escolásticos de la Edad Media y de la filosofía natural de los griegos. La experiencia, tanto mística como empírica, era la vía del conocimiento, no el razonamiento verbal.