Mucho antes de que los británicos invadieran y se hicieran con el control del subcontinente, los ejércitos musulmanes habían conquistado las poblaciones asentadas en las onduladas tierras llanas que se extendían desde las estribaciones del Hindu Kush hasta la ciudad de Delhi y la llanura indogangética y hacia el este hasta Bengala. El último y más exitoso de los conquistadores musulmanes fue la dinastía mogol (1526-1857), que acabó extendiendo su autoridad por prácticamente todo el subcontinente. La superioridad británica coincidió con el declive mogol y, tras un periodo de éxitos europeos y fracasos mogoles en el campo de batalla, los británicos pusieron fin al poder mogol. El último emperador mogol fue exiliado tras el fallido motín indio de 1857-58.
Menos de tres décadas después de esa revuelta, se formó el Congreso Nacional Indio para dar representación política a los indígenas de la India británica. Aunque la participación en el Congreso estaba abierta a todos, los participantes hindúes abrumaban a los miembros musulmanes. La Liga Musulmana de toda la India, organizada en 1906, pretendía dar voz a los musulmanes para contrarrestar lo que entonces se percibía como la creciente influencia de los hindúes bajo el dominio británico. Mohammed Ali Jinnah, anteriormente un destacado miembro musulmán del Congreso, asumió el liderazgo de la liga tras su ruptura con el líder del Congreso, Mohandas K. Gandhi. Firme creyente en el estado de derecho anglosajón y estrecho colaborador de Iqbal, Jinnah cuestionó la seguridad de la minoría musulmana en una India dominada por una autoridad esencialmente hindú. Declarando que el islam estaba en peligro por la reafirmación hindú, Jinnah y la liga plantearon una «teoría de las dos naciones» que sostenía que los musulmanes indios tenían derecho -y, por tanto, necesitaban- a un estado separado y autónomo en un subcontinente reconstituido.
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La intención británica de conceder el autogobierno a la India siguiendo las pautas de la democracia parlamentaria británica queda patente en la Ley del Gobierno de la India de 1935. Hasta ese momento, la cuestión de que hindúes y musulmanes compartieran el gobierno de la India era generalmente aceptable, aunque también se reconocía que los hindúes, más que los musulmanes, se habían acomodado a las costumbres británicas y a la forma de administración colonial. Además, tras el fallido motín indio, los hindúes estaban más dispuestos a adoptar los comportamientos y las ideas británicas, mientras que los musulmanes indios eran los más castigados por la ira británica. El Imperio Mogol se disolvió formalmente en 1858 y su último gobernante fue desterrado del subcontinente. La población musulmana de la India, que creía haber sido elegida para ser castigada, era reacia a adoptar las costumbres británicas o a aprovechar las oportunidades educativas inglesas. Como consecuencia de estas diferentes posiciones, los hindúes avanzaron bajo el dominio británico a expensas de sus homólogos musulmanes, y cuando Gran Bretaña abrió la administración pública a la población nativa, los hindúes prácticamente monopolizaron los puestos. Aunque musulmanes influyentes como Sayyid Ahmad Khan reconocieron el creciente desequilibrio de poder y animaron a los musulmanes a buscar una educación europea y a entrar en la administración pública colonial, también se dieron cuenta de que alcanzar a los hindúes, más progresistas y aventajados, era una tarea imposible.
La Liga Musulmana de Toda la India abordó esta yuxtaposición de un sentimiento emergente de superioridad hindú y un sentimiento sostenido de inferioridad entre los musulmanes en su pretensión de representar a los musulmanes de la India. A diferencia de otros movimientos musulmanes de la época, la Liga Musulmana articulaba los sentimientos de los elementos atentos y al mismo tiempo más moderados de la población musulmana de la India. La Liga Musulmana, con Jinnah como portavoz, era también la organización preferida desde el punto de vista de la autoridad británica. A diferencia de las prácticas de desobediencia civil de Gandhi, el abogado Jinnah (que estaba colegiado en Lincoln’s Inn, Londres) se inclinaba más por promover el imperio de la ley al buscar la separación del dominio imperial. Por lo tanto, Jinnah estaba más abierto a un acuerdo negociado y, de hecho, su primer instinto era preservar la unidad de la India, aunque con salvaguardias adecuadas para la comunidad musulmana. Para Jinnah, la Resolución de Lahore (más tarde Pakistán) de 1940, que pedía un estado o estados musulmanes independientes en la India, no implicaba en principio la ruptura de la unión india.
La Segunda Guerra Mundial (1939-45) resultó ser el catalizador de un cambio imprevisto en el poder político. Bajo la presión de una serie de movimientos nacionales populares -sobre todo los organizados por el Congreso y liderados por Gandhi- los británicos, debilitados por la guerra, se vieron obligados a considerar el abandono de la India. En respuesta a la campaña del Congreso para que Gran Bretaña abandonara la India, Londres envió una misión encabezada por Sir Richard Stafford Cripps (la Misión Cripps) a Nueva Delhi a principios de 1942 con la promesa de que la cooperación del Congreso en el esfuerzo bélico se vería recompensada con un mayor autogobierno y posiblemente incluso con la independencia cuando terminara la guerra. Sin embargo, Gandhi y los demás líderes del Congreso no pudieron ser apaciguados, y su insistencia en que Gran Bretaña permitiera un traspaso de poder mientras durara la guerra produjo un impasse y el fracaso de la misión.
Durante ese período, la Liga Musulmana dirigida por Jinnah fue sustancialmente menos agresiva en la búsqueda de una retirada británica inmediata. Las diferencias entre los dos grupos no pasaron desapercibidas para Gran Bretaña, y la eventual derrota de Alemania y Japón preparó el escenario para el drama que resultó en la partición de la India británica y la independencia de Pakistán. El nuevo gobierno del Partido Laborista de Clement Attlee de la posguerra, que sucedió al gobierno conservador de Winston Churchill, estaba decidido a poner fin a su autoridad en la India. En 1946 se envió una misión del gabinete dirigida por William Pethick-Lawrence para debatir y posiblemente organizar los mecanismos para el traspaso de poder a manos indígenas. A lo largo de las deliberaciones, los británicos tuvieron que enfrentarse a dos actores destacados: Gandhi y el Congreso y Jinnah y la Liga Musulmana. Jinnah se esforzó por encontrar una fórmula adecuada que respondiera a las necesidades mutuas y diferentes de las dos principales comunidades del subcontinente. Cuando la misión de Pethick-Lawrence demostró no estar a la altura de la tarea de reconciliar a las partes, se perdió la última oportunidad de alcanzar una solución de compromiso. Cada uno de los principales actores culpó al otro de la ruptura de las negociaciones, y Jinnah insistió en la realización de la «teoría de las dos naciones». El objetivo ahora era nada menos que la creación de un Pakistán soberano e independiente.