Clasificación En la circunscripción más amplia de las licófitas, el grupo incluye las zosterófilas extinguidas, así como las licófitas existentes (vivas) y sus parientes extinguidos más cercanos. Los nombres y rangos utilizados para este grupo varían considerablemente. Algunas fuentes utilizan los nombres «Lycopodiophyta» o el más corto «Lycophyta» para incluir a las zosterófilas, así como a las licófitas existentes y a sus parientes extintos más cercanos, mientras que otras utilizan estos nombres para excluir a las zosterófilas. El nombre «Lycopodiophytina» también se ha utilizado en el sentido inclusivo. Los nombres ingleses, como «lycophyte», «lycopodiophyte» o «lycopod», son igualmente ambiguos, y pueden referirse al grupo ampliamente definido o sólo a las licófitas existentes y a sus parientes extintos más cercanos. La clasificación de consenso elaborada por el Grupo de Filogenia de Pteridofitas en 2016 (PPG I) sitúa a todas las licopitas existentes (vivas) en la clase Lycopodiopsida. Existen entre 1.290 y 1.340 especies de este tipo. Para más información sobre la clasificación de las licófitas existentes, véase .
Filogenia Un importante estudio cladístico de las plantas terrestres fue publicado en 1997 por Kenrick y Crane. En 2004, Crane et al. publicaron algunos cladogramas simplificados, basados en una serie de figuras de Kenrick y Crane (1997). Su cladograma para las licófitas se reproduce a continuación (con algunas ramas colapsadas en «grupos basales» para reducir el tamaño del diagrama). Desde este punto de vista, las «zosterófilas» comprenden un grupo parafilético, que va desde formas como Hicklingia, con tallos desnudos, hasta formas como Sawdonia y Nothia, cuyos tallos están cubiertos de espinas o enaciones no vascularizadas. El género Renalia ilustra los problemas de clasificación de las primeras plantas terrestres. Presenta características tanto de los rinófitos no linfáticos -esporangios terminales en lugar de laterales- como de los zosterófilos -esporangios con forma de riñón que se abren a lo largo del margen distal-. Una visión bastante diferente se presenta en un análisis de 2013 de Hao y Xue. Su cladograma preferido muestra los zosterófilos y los géneros asociados basales tanto a los licopodiopsidos como a los eufilófilos, de modo que no hay un clado que corresponda al grupo ampliamente definido de licófitos utilizado por otros autores.
Algunos órdenes extintos de licófitos caen en el mismo grupo que los órdenes existentes. Diferentes fuentes utilizan diferentes números y nombres de los órdenes extintos. El siguiente filograma muestra una relación probable entre algunos de los órdenes Lycopodiopsida propuestos.
