El pueblo actual de Montour Falls se desarrolló en el lugar de un antiguo pueblo de los indios Séneca, Queanettquaga, conocido informalmente como Catherine’s Town en honor a una destacada residente y líder india Séneca, la reina Catharine Montour. El padre de la reina Catharine Montour (Peter Quebec) era un jefe mohawk, y su madre (Margaret Montour Hunter) la hija de un jefe oneida. Se casaría con el jefe indio seneca Thomas Htitson. La tribu seneca de la reina Catharine Montour era miembro de la Confederación Iroquesa. Durante la Guerra de la Independencia de Estados Unidos se sancionaron represalias contra las tribus de la Confederación Iroquesa que se habían aliado con Gran Bretaña. La tristemente célebre batalla de Newtown, Nueva York (agosto de 1779) y la marcha que devastó Queanettquaga (y otros cuarenta pueblos amerindios de los Finger Lakes) se conoce como la Expedición Sullivan-Clinton. Además de quemar el palacio de madera de la reina Catharine Montour, se talaron huertos, se destruyeron casas, se asesinó al ganado y se salaron las tierras de cultivo. Los residentes de Catharine’s Town se dispersaron a zonas tan lejanas como Niágara y Canadá. La reina Catharine Montour (nacida en 1710 y fallecida el 20 de febrero de 1804) está conmemorada con un túmulo situado en el sendero Catharine, que lleva su nombre, dentro de los límites del pueblo de Montour Falls.
En 1788 la zona empezó a ser colonizada por americanos europeos. En 1805 la zona se conocía como Mill’s Landing en honor al residente local George Mills. (El cercano pueblo de Millport, hasta la actualidad, también lleva el nombre de George Mills). 1802 es la fecha más temprana que se suele utilizar para marcar el inicio de la comunidad de Montour Falls: es el año en que George Mills fue nombrado director de correos. Se estima que la comunidad de 1802 consistía en veinte residentes – y sin tiendas.
A partir de 1827 y completado en 1833, el Canal Chemung fue construido a través de Mills Landing para conectar el río Chemung y su cuenca con el lago Seneca. Mills Landing, más tarde La Habana, llegaría a ser comercialmente importante dada su ubicación en la cabecera de la navegación en la ensenada del lago Séneca. En el extremo norte del lago, otro canal se conectó con el Canal Erie, que conducía tanto a los Grandes Lagos como al río Hudson y al puerto de la ciudad de Nueva York, para aumentar el comercio en la región. El pueblo permaneció sin incorporarse hasta el 13 de mayo de 1836, cuando adoptó oficialmente un nuevo nombre para convertirse en Havana, Nueva York. El pueblo de Havana fue designado como la primera sede del condado de Schuyler recién formado en 1854. En 1861 la sede del condado se trasladó a Watkins Glen.
El nombre actual de Montour Falls fue adoptado para el pueblo el 20 de marzo de 1895. El pueblo de Montour también lleva el nombre de la matriarca de la tribu de los nativos americanos del siglo XVIII, Catharine Montour.
De 1850 a 1888, la comunidad de fabricantes de cerámica de gres de la zona estaba formada por seis empresas: Savage, Parsons & Co., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman y A. O. Whittemore.
Charles Cook, hombre de negocios, político (Comisionado del Canal y Senador del Estado), filántropo y visionario, se le atribuye el establecimiento del Condado de Schuyler (1854) y de La Habana, Nueva York como su primera Sede del Condado; la Academia Cook (originalmente el Colegio del Pueblo) comenzó a construirse en 1858. En la actualidad, las mismas instalaciones albergan la Academia de Ciencias del Fuego del Estado de Nueva York. Cook también fue presidente del Chemung Canal Trust Bank, el banco más antiguo de la región que funciona de forma ininterrumpida desde 1835. El 20 de noviembre de 1886, se celebró un servicio de homenaje en la Academia Cook al que asistieron el gobernador David Hill y más de 1.000 ciudadanos, asociados y admiradores de Cook. En el servicio de homenaje se dedicó un busto de Charles Cook. Charles Cook nunca se casó.
En 1872 dos ingenieros nativos de La Habana, Nueva York, formaron una empresa de manipulación de materiales que llamaron Shepard Niles. En 1902 construyeron su primera grúa para cargas pesadas y la vendieron en todo el mundo. La empresa sigue funcionando hoy en día. De su sitio web: «Grúas y polipastos de trabajo que duran prácticamente para siempre: esto es lo que la industria espera de Shepard Niles. Nuestras grúas y polipastos de clase D y E, construidos a mano y para trabajos pesados, ayudaron a Estados Unidos a convertirse en la primera nación industrial del mundo y a impulsar a nuestro país durante dos guerras mundiales». Aunque la empresa continúa, desde su adquisición en 1989, sus operaciones principales ya no están domiciliadas en Montour Falls.
En 1934 el National Bank of Montour Falls aparece en la lista del Segundo Distrito del Banco de la Reserva Federal. El National Bank of Montour Falls (también en 1934) es el banco emisor de un billete de 10 dólares (diez dólares) de la Reserva Federal.
Montour Falls es conocido por la atracción natural de una cascada de 165 pies situada en el lado oeste del pueblo. En la base de las cataratas hay un cartel que dice «She-qua-ga», una transliteración de su nombre seneca. Un puente sobre la cascada deletrea el nombre como «Che-qua-ga». Muchos nombres históricos se han registrado con una gran variedad de grafías, sobre todo porque varios pueblos intentaron transliterarlos de una lengua a otra. Esta atracción también se conoce como «Montour Falls».
El puesto de la taberna de ladrillos, el distrito histórico de Montour Falls y la escuela de gramática Montour Falls Union están incluidos en el Registro Nacional de Lugares Históricos.