Las elecciones presidenciales y legislativas de 1999 fueron consideradas por los observadores internacionales como libres y justas. La participación de las mujeres y de los votantes indígenas fue más alta que en el pasado reciente, aunque persistió la preocupación por la accesibilidad de los centros de votación en las zonas rurales.
La aplastante victoria de Alfonso Portillo, combinada con una mayoría del Frente Republicano Guatemalteco (FRG) en el Congreso, sugería posibilidades de una rápida acción legislativa. Sin embargo, según la Constitución guatemalteca de 1985, la aprobación de muchos tipos de legislación requiere dos tercios de los votos. Por lo tanto, la aprobación de este tipo de legislación no es posible sólo con los votos del FRG.
El equilibrio político se rompió en el año 2000 cuando surgieron acusaciones de que el FRG había alterado ilegalmente la legislación. Tras una investigación, la Corte Suprema despojó a los implicados, incluido el presidente del Congreso y jefe del FRG, Ríos Montt, de su inmunidad legislativa para hacer frente a los cargos del caso. Casi al mismo tiempo, la oposición del PAN sufrió una división interna y se dividió en facciones; lo mismo ocurrió en la RNA. Como resultado, las reformas esenciales para la implementación de la paz esperan la acción legislativa.
Los nuevos casos de abuso de los derechos humanos continuaron disminuyendo, aunque el acoso violento a los trabajadores de derechos humanos presentó un serio desafío a la autoridad gubernamental. La delincuencia común, agravada por un legado de violencia y justicia por mano propia, presenta otro serio desafío. La impunidad sigue siendo un problema importante, sobre todo porque las instituciones democráticas, incluidas las responsables de la administración de justicia, sólo han desarrollado una capacidad limitada para hacer frente a este legado. El gobierno ha declarado que necesitará hasta el año 2002 para cumplir el objetivo de aumentar su carga tributaria (en torno al 10% del PIB, actualmente la más baja de la región) hasta el 12% del PIB.
Durante la carrera presidencial, el FRG organizó lo que posteriormente se conocerá como Jueves negro. El FRG organizó a sus partisanos del campo y los trajo a la ciudad. El FRG les dio transporte, comida, un refugio para la noche y palos de un metro de largo. Con estos palos, los participantes corrieron por las calles causando estragos en la infraestructura pública. Durante esta jornada fue asesinado un periodista de Prensa Libre.
Los medios de comunicación, que tienen la tradición de ser independientes y libres, se lo tomaron muy a pecho y durante el mes siguiente, todos los titulares fueron sobre estos hechos, y la participación del partido gobernante en esta jornada de terror. El FRG protestaba por la decisión del TSE (Tribunal Supremo Electoral) de prohibir la participación del candidato del FRG, Efraín Ríos Mont, en las elecciones. El TSE argumentó que, como golpista formal, la Constitución le prohibía ser presidente. El FRG argumentó que, dado que los hechos en los que participó el ex general son anteriores a la Constitución, era elegible para el cargo presidencial. El sentido común argumentaba que si dicha cláusula no era retroactiva por naturaleza no tendría sentido.
Desde 2004 Óscar Berger de la GANA (una coalición de partidos políticos y no uno solo) ganó las elecciones, es importante señalar que este fue el primer gobierno en la historia de la Guatemala democrática que no tuvo una mayoría abrumadora en el Congreso. Tras su toma de posesión, en enero de 2004, se hizo público que el FRG había saqueado salvajemente el gobierno llegando al extremo de robar equipos informáticos y objetos de importancia histórica. Alfonso Portillo huyó a México con una cantidad impresionante de dinero robado de los fondos militares, el hospital nacional y el servicio de ingresos. Guatemala hizo una solicitud formal de deportación de Portillo para que enfrentara los cargos de malversación de fondos, sin embargo, México nunca ha revocado el asilo diplomático una vez que se le otorga a una persona.
Aunque la constitución no dice nada al respecto, el vicepresidente dirige el gobierno como un primer ministro mientras que el presidente se ocupa de los asuntos exteriores, esto se puede ver con regularidad ya que el VP sustituye al presidente en muchos eventos que tradicionalmente son presididos por el Presidente de la República.
La delincuencia ha alcanzado proporciones asombrosas: unos 200 asesinatos al mes y está empezando a afectar a la economía, ya que muchas empresas prefieren abandonar el país antes que enfrentarse a la creciente corrupción e inseguridad. Un problema importante es la actual guerra de bandas entre la M18 (Mara Dieciocho) y la MS (Mara Salvatrucha). Se trata de dos bandas callejeras rivales formadas por organizaciones internacionales de franquicia poco vinculadas, que ejercen un poder parecido al de la mafia estadounidense de los años 30 y que, por el momento, están por encima de la ley. Mantienen el territorio bajo su control y extorsionan con «impuestos» (la renta).
Todavía no están involucrados en el tráfico organizado de alto nivel. Esa industria pertenece a otra clase de crimen organizado en Guatemala, con contrabandistas mexicanos y oficiales de alto rango de la policía guatemalteca que regularmente aparecen en los titulares al ser atrapados con cientos de kilogramos de cocaína.
El fenómeno de las maras se originó en Estados Unidos en la década de 1980, específicamente en Los Ángeles, entre los refugiados que huían de las guerras civiles en El Salvador y Guatemala. Más tarde, muchos miembros de las maras fueron deportados de Estados Unidos a sus países de origen, y durante la década de los 90 esto ha contribuido a alimentar la expansión de las dos bandas por Estados Unidos, México, El Salvador, Guatemala, Honduras e incluso Italia y España. Hay una zona de la ciudad de Guatemala, «El Gallito», que se reconoce como fuera del control del Gobierno, pertenece a los narcotraficantes que la habitan. El Barrio «El Gallito» está ubicado en la Zona 3, a 3 kilómetros del Palacio Nacional donde se encuentran las oficinas del Gobierno.
El narcotráfico ha alcanzado proporciones asombrosas en Guatemala, con una corrupción que se extiende a los altos cargos de muchas ramas del gobierno. Varias narcomafias se disputan el control de las remotas regiones selváticas del norte de Petén, por donde cruzan la frontera con México drogas, armas y personas, en su mayoría con destino a Estados Unidos. El narcotráfico es, sin duda, la mayor amenaza para la libertad política en Guatemala hoy en día.
Guatemala está plagada de linchamientos que manchan gravemente el historial de derechos humanos del país como una violación del debido proceso legal.
La administración de Berger ha sido aclamada en algunos círculos por su trabajo en la devolución. Guatemala siempre ha sido un Estado fuertemente centralizado y la administración buscó frenar la creciente preeminencia de la Capital. Por ejemplo, la administración se ha embarcado en gabinetes móviles en los que el Presidente y todos sus ministros se desplazan por el país y cambian la sede del poder cada cierto tiempo, para estar «más cerca de la gente».
La administración se enfrenta a crecientes dificultades financieras, potencialmente en parte debido a que el 60% de la población es considerada «pobre» y, por lo tanto, no puede tributar. La SAT (superintendencia de administración tributaria), el servicio de ingresos, está por tanto obligada a gravar a la clase media, que empieza a sufrir la carga. La SAT se ha vuelto estricta en la aplicación de la ley, buscando las penas completas de encarcelamiento por evasión de impuestos.
En septiembre de 2006 la PNC (policía nacional civil), en una acción conjunta con el ejército nacional tomó por asalto el centro de detención Pavón, una prisión con 1.500 reclusos que hasta esa fecha no había sido requisada desde hacía 10 años y que era un centro de actividad criminal. Algunos internos, el guardia del jefe de la mafia que dirigía la prisión y el propio líder resistieron la embestida de las fuerzas del orden con AK-47 y pistolas, fueron masacrados. En la acción participaron alrededor de 3.000 infantes y 4 tanques. Este hecho marcó un hito en la historia de Guatemala y fue noticia a nivel nacional.
En 2006 se produjo el desmembramiento de la GANA de cara a las elecciones de 2007. Se fracturó en muchos partidos, lo que perjudicó la capacidad del gobierno de conseguir legislación en el Congreso.
En las elecciones presidenciales de noviembre de 2007, en segunda vuelta, Álvaro Colom, de la UNE, fue elegido presidente, derrotando al ex general Otto Pérez Molina, del PP. Y en 2011, el general retirado Otto Pérez Molina, del Partido Patriota, ganó las elecciones presidenciales en una segunda vuelta contra el populista Manuel Baldizón, del partido LIDER. Pérez Molina asumió el cargo el 14 de enero de 2012, y su vicepresidenta es Roxana Baldetti.