En 1781, Hahnemann aceptó un puesto de médico de pueblo en la zona minera de Mansfeld, en Sajonia. Pronto se casó con Johanna Henriette Kuchler y acabaría teniendo once hijos. Después de abandonar la práctica médica, y mientras trabajaba como traductor de libros de texto científicos y médicos, Hahnemann viajó por Sajonia durante muchos años, permaneciendo en muchas ciudades y pueblos diferentes durante diferentes períodos de tiempo, nunca viviendo lejos del río Elba y estableciéndose en diferentes momentos en Dresde, Torgau, Leipzig y Köthen (Anhalt) antes de trasladarse finalmente a París en junio de 1835.
Creación de la homeopatía
Hahnemann estaba insatisfecho con el estado de la medicina en su época, y se oponía especialmente a prácticas como la sangría. Afirmaba que la medicina que le habían enseñado a practicar a veces hacía más daño que bien al paciente:
Mi sentido del deber no me permitiría fácilmente tratar el estado patológico desconocido de mis hermanos que sufren con estas medicinas desconocidas. La idea de convertirme de esta manera en un asesino o malhechor de la vida de mis semejantes me resultaba de lo más terrible, tan terrible y perturbadora que en los primeros años de mi vida de casado abandoné por completo mi práctica y me dediqué únicamente a la química y a la escritura.
Después de abandonar su práctica alrededor de 1784, Hahnemann se ganó la vida principalmente como escritor y traductor, al tiempo que se propuso investigar las causas de los supuestos errores de la medicina. Mientras traducía el Tratado sobre la Materia Médica de William Cullen, Hahnemann se encontró con la afirmación de que la quina, la corteza de un árbol peruano, era eficaz para tratar la malaria debido a su astringencia. Hahnemann creía que otras sustancias astringentes no eran efectivas contra la malaria y comenzó a investigar el efecto de la quina en el cuerpo humano por autoaplicación. Al observar que la droga le inducía síntomas similares a los de la malaria, concluyó que lo haría en cualquier individuo sano. Esto le llevó a postular un principio de curación: «lo que puede producir un conjunto de síntomas en un individuo sano, puede tratar a un individuo enfermo que está manifestando un conjunto de síntomas similares». Este principio, lo semejante se cura con lo semejante, se convirtió en la base de un enfoque de la medicina al que dio el nombre de homeopatía. Utilizó por primera vez el término homeopatía en su ensayo Indicaciones del empleo homeopático de los medicamentos en la práctica ordinaria, publicado en el Journal de Hufeland en 1807.
Desarrollo de la homeopatía
Siguiendo el trabajo del médico vienés Anton von Störck, Hahnemann probó sustancias por los efectos que producían en un individuo sano, presuponiendo (como había afirmado von Störck) que podían curar los mismos males que causaban. Sus investigaciones le llevaron a estar de acuerdo con von Störck en que los efectos tóxicos de las sustancias ingeridas son a menudo ampliamente paralelos a ciertos estados de enfermedad, y su exploración de casos históricos de envenenamiento en la literatura médica implicó además una «ley de los similares» medicinal más generalizada. Más tarde ideó métodos para diluir los fármacos que probaba con el fin de mitigar sus efectos tóxicos. Afirmó que estas diluciones, preparadas según su técnica de «potenciación» mediante dilución y sucusión (agitación vigorosa), seguían siendo eficaces para aliviar los mismos síntomas en los enfermos. Sus experimentos más sistemáticos con la reducción de dosis comenzaron realmente alrededor de 1800-01 cuando, sobre la base de su «ley de los similares», comenzó a utilizar la Ipecacuanha para el tratamiento de la tos y la Belladona para la escarlatina.
Publicó por primera vez un artículo sobre el enfoque homeopático en una revista médica en lengua alemana en 1796. Tras una serie de ensayos adicionales, publicó en 1810 «Organon of the Rational Art of Healing», al que siguieron, a lo largo de los años, otras cuatro ediciones tituladas The Organon of the Healing Art, el primer tratado sistemático y que contiene todas sus instrucciones detalladas sobre el tema. Una 6ª edición del Organon, inédita en vida, y que data de febrero de 1842, sólo se publicó muchos años después de su muerte. Consistía en un 5º Organon con amplias anotaciones manuscritas. El Organon se considera una forma remodelada de un ensayo que publicó en 1806 llamado «La medicina de la experiencia», que había sido publicado en el Journal de Hufeland. Del Organon, Robert Ellis Dudgeon afirma que «fue una amplificación y extensión de su «Medicina de la Experiencia», elaborada con mayor cuidado, y puesta en una forma más metódica y aforística, según el modelo de los escritos hipocráticos.»
Teoría del café sobre las enfermedades
Reflejo de Samuel Hahnemann por el escultor francés David d’Angers (1837).
Alrededor de principios del siglo XIX Hahnemann desarrolló una teoría, expuesta en su ensayo de 1803 Sobre los efectos del café a partir de observaciones originales, según la cual muchas enfermedades son causadas por el café. Posteriormente, Hahnemann abandonó la teoría del café en favor de la teoría de que las enfermedades son causadas por la Psora, pero se ha observado que la lista de afecciones que Hahnemann atribuía al café era similar a su lista de afecciones causadas por la Psora.