Secuencia del genoma completo de Staphylococcus hominis, un patógeno oportunista

ANUNCIO DEL GENOMA

Staphylococcus hominis es un miembro de los estafilococos coagulasa-negativos (CoNS). Entre los CoNS, S. hominis es una especie común encontrada en las muestras clínicas, generalmente aislada de las axilas y la piel glabra de los brazos, las piernas y el tronco de los seres humanos (3, 7). Al igual que otros CoNS, S. hominis no suele causar enfermedad en el ser humano, pero se reconoce cada vez más como un patógeno potencialmente oportunista y nosocomial y puede causar ocasionalmente infecciones en pacientes con sistemas inmunitarios anormalmente débiles (12). Se ha informado de que causa algunas infecciones potencialmente mortales, como la endocarditis infecciosa (6). También se ha comunicado un caso de endoftalmitis por S. hominis asociado a un hipopión capsular (4). La creciente importancia de S. hominis para la salud humana nos impulsó a determinar la secuencia genómica de S. hominis ZBW5, una cepa multirresistente aislada de una muestra de piel humana normal en nuestro hospital.

La secuenciación de todo el genoma por escopetazo se realizó con un sistema de alto rendimiento Illumina Hiseq 2000 (Illumina, Inc.) y produjo 3279 Mb de secuencia bruta de alta calidad, lo que corresponde a una cobertura del genoma de más de 1.400 veces. Un total de 47 contigs (de 500 a 375.603 bases) fueron ensamblados de novo utilizando Velvet (14) con un valor N50 de 211.593 pb. La secuencia del genoma ensamblado se analizó mediante BLAST para determinar la identidad de la secuencia. La anotación se realizó utilizando Glimmer versión 3.02 (2), los genes de ARNt se identificaron mediante tRNAscan-SE (9), los genes de ARNr se predijeron mediante RNAmmer (8) y Tandem Repeats Finder 4.04 (1) para encontrar 78 repeticiones en tándem en todos los contigs. Además, los contigs se buscaron en las bases de datos de proteínas KEGG (5), COG (13) y NCBI NR para su anotación.

El cromosoma de ZBW5 tenía una longitud de 2.335.704 bases, con un contenido de G+C del 31,4%. El genoma contiene 2.304 marcos de lectura abiertos (ORF) predichos que codifican proteínas y que representan el 86% del genoma, con una longitud media de 872 pb. El genoma codifica 39 genes de ARNt, un locus de ARNr y cuatro copias de operones 16S-23S-5S. Aproximadamente el 71,5% de todas las secuencias codificantes (CDSs) (un total de 1.894) fueron asignadas a grupos de ortólogos (COGs), y 1.282 CDSs pueden ser anotados en el sistema de ortología KEGG 1109 utilizando KAAS (10).

S. hominis ZBW5 portaba algunos genes predichos de codificación de proteínas implicadas en la resistencia a los antibióticos (como la meticilina, la eritromicina y la tetraciclina) y bombas multidroga, que probablemente sean capaces de modular el potencial de virulencia, en consonancia con otros CoNS (11). Se encontró una amplia gama de genes relacionados con supuestos factores de virulencia, adhesión e invasión, en consonancia con la identidad de S. hominis como patógeno oportunista. En la actualidad se está llevando a cabo una exploración más profunda de la secuencia del genoma de S. hominis, que proporcionará la base para dilucidar los principios moleculares de la colonización del hospedador y la comprensión del trasfondo genético de la patogénesis de este organismo.