La teoría del ejemplar suele contrastarse con la teoría del prototipo, que propone otro método de categorización. Utilizamos tanto el método de los ejemplares como el de los prototipos a la hora de hacer juicios de categoría, y a menudo funcionan en tándem para producir la conclusión más precisa. Recientemente, la adopción de representaciones y categorización basadas tanto en prototipos como en ejemplares se ha implementado en un sistema artificial de inspiración cognitiva llamado DUAL PECCS (Dual Prototypes and Exemplars based Conceptual Categorization System) que, debido a esta integración, ha ampliado las capacidades de categorización de los modelos clásicos de categorización. Las dos teorías se parecen en que hacen hincapié en la importancia de la similitud en la categorización: sólo si se asemeja a un prototipo o ejemplar puede colocarse un nuevo estímulo en una categoría. Además, ambas se basan en el mismo proceso cognitivo general: experimentamos un nuevo estímulo, se activa un concepto en la memoria, hacemos un juicio de semejanza y sacamos una conclusión de categorización. Sin embargo, los aspectos específicos de las dos teorías son diferentes. La teoría del prototipo sugiere que un nuevo estímulo se compara con un único prototipo de una categoría, mientras que la teoría del ejemplar sugiere que un nuevo estímulo se compara con múltiples ejemplares conocidos de una categoría. Mientras que un prototipo es una media abstracta de los miembros de una categoría, un ejemplar es un miembro real de una categoría, extraído de la memoria. Mientras que los prototipos son económicos -lo que significa que son más propicios para los juicios rápidos-, los ejemplares lo son menos. Por otra parte, los prototipos son menos flexibles que los ejemplares: los ejemplares pueden dar cuenta más fácilmente de los miembros atípicos de la categoría, como que un pingüino forme parte de la categoría «pájaros», porque un ejemplar no promedia las características de una categoría como lo hace un prototipo. Los ejemplares pueden dar sentido a las categorías variables -aquellas con características menos distinguidas- como «juegos», mucho más que los prototipos, que se basan en las características típicas para determinar la pertenencia. Otra diferencia, sugerida por la investigación, es que es más probable que se utilicen los ejemplares que los prototipos después de una larga experiencia con un concepto.
El proceso de categorización para identificar qué tipo de animal es un perro puede servir de ejemplo para el uso de la teoría de los ejemplares. Todos los rasgos del perro se tendrían en cuenta y se compararían, por separado, con los de otros animales que el individuo ha encontrado antes. El individuo llegaría a la conclusión de que el animal es un perro, ya que tiene todos los rasgos previamente asociados a un ejemplo de perro. El individuo podría llegar a esta conclusión utilizando la teoría del prototipo si el perro tuviera un aspecto normal, pero ¿qué ocurre si el perro sólo tiene tres patas y no ladra? En este caso, la teoría del prototipo no permitiría al individuo llegar a la conclusión de que el animal es un perro porque no tiene rasgos prototípicos, pero la teoría del ejemplar tendría en cuenta ejemplos anteriores de perros que no ladran o de perros que tienen lesiones y, por tanto, les faltan extremidades. Los enfoques de categorización basados en el ejemplar repasan cuidadosamente todos los ejemplos encontrados en una categoría determinada para permitir una categorización precisa.
Se han hecho declaraciones contradictorias sobre la precisión de la teoría del ejemplar para la categorización cuando se compara con la teoría del prototipo. Por ejemplo, un estudio realizado en la Universidad Estatal de Arizona concluyó que la teoría del ejemplar es más precisa con un mínimo de experiencia en categorías y que, a medida que se desarrolla la experiencia, la teoría del prototipo es más precisa. Otro estudio, sin embargo, muestra pruebas de que el enfoque basado en el ejemplar es más preciso a medida que se familiariza con una categoría porque el conocimiento de los miembros es mayor que el que puede representar un solo prototipo. Está claro que hay algunas situaciones en las que el enfoque basado en ejemplos es más preciso y otras en las que puede no serlo. Dicho esto, es evidente que el cerebro utiliza de forma natural una combinación de enfoques de categorización en la vida cotidiana.
Un estudio realizado en la Universidad de Oregón descubrió que es más probable que se olviden las medias prototípicas que muchos ejemplos específicos. Confiar sólo en los prototipos no permite una consideración adecuada, mientras que confiar sólo en los ejemplos puede ser ineficiente. La teoría de los ejemplos es más flexible que la de los prototipos, pero menos económica; una combinación de ambas equilibra la flexibilidad con la eficacia. La experiencia con varios ejemplos se traduce en un prototipo siempre cambiante y más preciso: no es que la teoría de los ejemplos y la teoría de los prototipos compitan entre sí, sino que trabajan juntas, en tándem.