II. Jakab aggódni kezdett az új-angliai gyarmatok egyre függetlenebbé váló útjai miatt; őt és más brit tisztviselőket különösen a navigációs törvények nyílt semmibevétele bosszantotta. A franciák és indián szövetségeseik által Észak-Amerikában jelentett folyamatos katonai fenyegetés további okot szolgáltatott a gyarmatok feletti ellenőrzés szigorítására. 1686-ban egész Új-Angliát egy közigazgatási egyesülésben, az Új-Angliai Dominiumban egyesítették; két évvel később New Yorkot és mindkét New Jersey-t is hozzáadták. E hivatal létrehozását Nagy-Britanniában átgondolt lépésnek és nem büntető intézkedésnek tekintették. Az északi gyarmatok egyesítését védelmi és közigazgatási ellenőrzés céljából Amerikában másként értékelték. A gyarmatosítók már korábban is részt vettek az Új-Angliai Konföderációban. Joseph Dudley rövid ideig a Dominium első elnöke volt, de helyét Sir Edmund Andros vette át. Andros tapasztalt katona és elkötelezett közszolga volt, mindazonáltal hiányzott belőle a józan ész és a személyes készségek ahhoz, hogy új pozíciójában sikeres legyen. Szorgalmasan követte utasításait: megszüntette a helyi gyűléseket, a telepeseket képviselőik beleegyezése nélkül adóztatta meg, és a navigációs törvények szigorú betartatásával erőteljesen megpróbált véget vetni a csempészetnek.Nem Massachusetts volt az egyetlen gyarmat, ahol a Dominium felháborodást keltett. 1687-ben Androst annyira felbőszítette, hogy Connecticut nem működött együtt az új rendszerrel, hogy fegyveres csatlósaival megpróbálta fizikai birtokba venni a gyarmat chartáját. A legenda szerint a connecticuti telepesek egy öreg tölgyfa hasadékában rejtették el a dokumentumot.* 
A Dominium kevés sikert aratott, ami nagyrészt a gyarmati hajthatatlanságnak volt köszönhető. Az új-angliai kereskedők már régóta életformájukká tették a csempészetet, és elkeseredetten ellenálltak az olyan változásoknak, amelyek befolyásolhatták volna a bevételi forrásaikat. Androsnak a gyarmati katonai válaszok egységesítésére irányuló erőfeszítései halva születtek, mivel nem sok finanszírozást és fegyvert tudott biztosítani. A Dominium 1689-ben hirtelen véget ért, amikor a gyarmatokra megérkezett a hír, hogy II. Jakabot a dicsőséges forradalomban eltávolították a trónról. 1689-ben az Új-Angliai Dominium kudarca átmenetileg megváltoztatta sok brit tisztviselő hozzáállását az amerikai gyarmatokhoz. A 17. század végén és a 18. század elején az “üdvös elhanyagolás” időszaka uralkodott. Egyes illetékesek úgy vélték, hogy nagyobb bölcsesség volt a gyarmatokkal való kereskedelmi kapcsolatok ösztönzésére törekedni, mint a kormányzati ügyeikbe való beavatkozásra. Ez a jótékony mellőzés sokat tett az amerikai önkormányzatiság növekedésének elősegítéséért. 1774-ben, az első kontinentális kongresszuson a gyarmatosítók újra felvetették az egységes fellépés kérdését – de ez az integráció amerikai döntés volt, nem pedig az anyaország által kikényszerített.
*A “Charter Oak” a Hartfordban lévő Wyllys birtokon állt, amíg 1856-ban egy szélvihar ki nem döntötte.