Már jóval azelőtt, hogy a britek megszállták és átvették a szubkontinens irányítását, a muszlim hadseregek meghódították a letelepedett lakosságot a Hindukus hegység lábától Delhi városáig, az Indo-Gangeti síkságig és kelet felé Bengáliáig terjedő sík vidéken. A muszlim hódítók közül az utolsó és legsikeresebb a Mogul-dinasztia (1526-1857) volt, amely végül gyakorlatilag az egész szubkontinensre kiterjesztette hatalmát. A brit fölény egybeesett a mogulok hanyatlásával, és az európai sikerek és a mogulok csatatéren elszenvedett kudarcai után a britek vetettek véget a mogulok hatalmának. Az utolsó mogul császárt az 1857-58-as sikertelen indiai lázadást követően száműzték.
A felkelés után kevesebb mint három évtizeddel megalakult az Indiai Nemzeti Kongresszus, hogy politikai képviseletet biztosítson Brit-India őslakosainak. Bár a kongresszusi tagság mindenki számára nyitott volt, a hindu résztvevők túlsúlyba kerültek a muszlim tagok között. Az 1906-ban megszervezett Összindiai Muszlim Liga célja az volt, hogy hangot adjon a muszlimoknak, hogy ellensúlyozza az akkoriban a hinduk növekvő befolyását a brit uralom alatt. Mohammed Ali Dzsinnah, aki korábban a Kongresszus prominens muszlim tagja volt, Mohandas K. Gandhi kongresszusi vezetővel való szakítását követően vette át a liga vezetését. Az angolszász jogállamiság szilárd híveként és Iqbal közeli munkatársaként Dzsinnah megkérdőjelezte a muszlim kisebbség biztonságát egy olyan Indiában, amelyet alapvetően hindu hatalom ural. Kijelentve, hogy az iszlámot veszélyezteti az újjáéledő hindu önérvényesülés, Jinnah és a liga a “két nemzet elméletét” állította fel, amely szerint az indiai muszlimoknak joguk van – és ezért szükségük is van – egy különálló, önkormányzati államra az újjáalakuló szubkontinensen.
A britek szándéka, hogy a brit parlamentáris demokrácia mintájára önigazgatást biztosítsanak Indiának, az 1935-ös indiai kormányzati törvényből kitűnik. Addig a kérdés, hogy a hinduk és a muszlimok osztozzanak India kormányzásában, általánosan elfogadott volt, bár azt is elismerték, hogy a hinduk jobban alkalmazkodtak a brit szokásokhoz és a gyarmati közigazgatási módhoz, mint a muszlimok. Ráadásul a sikertelen indiai lázadást követően a hinduk szívesebben vették át a brit magatartásformákat és eszméket, míg az indiai muszlimok viselték a britek haragjának súlyát. A Mogul Birodalom 1858-ban hivatalosan is megszűnt, és utolsó uralkodóját száműzték a szubkontinensről. India muszlim lakossága, mivel úgy vélte, hogy büntetésre ítélték őket, vonakodott átvenni a brit szokásokat vagy kihasználni az angol oktatási lehetőségeket. Ezen eltérő álláspontok következtében a hinduk a brit uralom alatt muszlim társaik rovására haladtak előre, és amikor Nagy-Britannia megnyitotta a közszolgálatot az őslakosok előtt, a hinduk gyakorlatilag monopolizálták a beosztásokat. Bár az olyan befolyásos muszlimok, mint Sayyid Ahmad Khan felismerték a növekvő hatalmi egyenlőtlenséget, és arra bátorították a muszlimokat, hogy törekedjenek az európai oktatásra és a gyarmati közszolgálatba való belépésre, azt is felismerték, hogy a haladóbb és előnyösebb helyzetben lévő hindukhoz való felzárkózás lehetetlen feladat.
A hindu felsőbbrendűség kialakulóban lévő érzésének és a muszlimok körében tartósan fennálló kisebbrendűségi érzésnek ezt az ellentétezését kezelte az Összindiai Muszlim Liga azzal az igényével, hogy India muszlimjait képviselje. A korszak más muszlim mozgalmaitól eltérően a Muzulmán Liga az indiai muszlim lakosság figyelmesebb és ugyanakkor mérsékeltebb elemeinek érzéseit artikulálta. A Muzulmán Liga, melynek szóvivője Dzsinnah volt, a brit hatalom szempontjából is a preferált szervezet volt. Ellentétben Gandhi polgári engedetlenségi gyakorlatával, az ügyvéd Dzsinnah (akit a londoni Lincoln’s Inn ügyvédi irodájába hívtak) inkább a jogállamiságot támogatta, amikor a birodalmi uralomtól való elszakadásra törekedett. Dzsinnah ezért nyitottabb volt a tárgyalásos rendezésre, és valóban az volt az első ösztöne, hogy megőrizze India egységét, bár a muszlim közösség számára megfelelő biztosítékokkal. Dzsinnah számára az 1940-es lahori (később pakisztáni) határozat, amely független muszlim államot vagy államokat követelt Indiában, eleinte nem jelentette az indiai unió felbomlását.
A második világháború (1939-45) a politikai hatalom nem várt változásának katalizátorának bizonyult. A különböző népi nemzeti mozgalmak – elsősorban a Kongresszus által szervezett és Gandhi által vezetett mozgalmak – nyomására a háborúban meggyengült britek kénytelenek voltak megfontolni India elhagyását. A Kongresszus azon kampányára válaszul, hogy Nagy-Britannia lépjen ki Indiából, London 1942 elején Sir Richard Stafford Cripps vezetésével küldöttséget (a Cripps-küldöttséget) küldött Újdelhibe azzal az ígérettel, hogy a Kongresszus háborús erőfeszítésekben való együttműködését a háború befejeztével nagyobb önrendelkezéssel, sőt esetleg függetlenséggel jutalmazzák. Gandhit és a többi kongresszusi vezetőt azonban nem lehetett megnyugtatni, és ragaszkodásuk ahhoz, hogy Nagy-Britannia engedélyezze a hatalom átadását, amíg a háború dúlt, zsákutcába vezetett, és a misszió kudarcot vallott.
Ebben az időszakban a Dzsinnah vezette Muszlim Liga lényegesen kevésbé volt agresszív az azonnali brit kivonulás követelésében. A két csoport közötti különbségek nem maradtak ki Nagy-Britannia számára, és Németország és Japán végső veresége megalapozta azt a drámát, amely Brit India felosztásához és Pakisztán függetlenségéhez vezetett. A háború utáni új, Clement Attlee vezette Munkáspárti kormány, amely Winston Churchill konzervatív kormányát követte, eltökélte, hogy megszünteti hatalmát Indiában. A William Pethick-Lawrence vezette kabinet küldöttséget küldött ki 1946-ban, hogy megvitassa és esetleg megszervezze a hatalomnak a bennszülöttek kezébe történő átadásának mechanizmusait. A tanácskozások során a briteknek két kiemelkedő szereplővel kellett megküzdeniük: Gandhi és a Kongresszus, valamint Dzsinnah és a Muszlim Liga. Dzsinnah azon fáradozott, hogy olyan megfelelő formulát találjon, amely megfelel a szubkontinens két nagy közösségének kölcsönös és eltérő igényeinek. Amikor Pethick-Lawrence küldetése alkalmatlannak bizonyult a felek kibékítésére, a kompromisszumos megoldás utolsó esélye is elveszett. Mindegyik főszereplő a másikat hibáztatta a tárgyalások megszakadásáért, Dzsinnah pedig ragaszkodott a “két nemzet elméletének” megvalósításához. A cél most már nem volt más, mint egy szuverén, független Pakisztán megteremtése.