1883 márciusában Delaware állam törvényhozása törvényt fogadott el a Wilmingtoni Parkbizottság létrehozásáról. A testületbe tíz fizetés nélküli férfit neveztek ki, akiknek feladata a wilmingtoni parkok tervezése és építése volt. Végül erőfeszítéseik eredményeként jöttek létre a Brandywine, Rockford és Canby parkok.
A biztosok felbérelték Frederick Law Olmstedet, a híres tájépítészt, hogy találja meg a legjobb helyeket ezeknek a parkoknak. Ő javasolta, hogy a város vásároljon földeket a Brandywine folyó mindkét partján.
A folyó túloldalán, ahol a jelenlegi állatkert található, élt egy Archibald Rowan nevű ír. Ő készítette az első nyomtatott szövetet Delaware-ben. Azon a földterületen, ahol most az állatkert áll, egy nyilvános amfiteátrum állt, ahová az emberek elmentek, hogy meghallgassák koruk híres szónokait. Köztük volt Daniel Webster, John C. Calhoun és Henry Clay. Azt is mondják, hogy George Washington az amerikai forradalom idején az állatkert fölött, a Washington utcai híd közelében lévő mezőn gyűjtötte össze csapatait. 1904-ben Dr. James H. Morgan azzal az ötlettel fordult a Parkbizottsághoz, hogy Wilmingtonban állatkertet alapítsanak. Képes volt néhány állatot adományozni, ha a bizottság fizetné az óvóhelyeket és a kerítéseket. Az állatkert határai nagyon eltérőek voltak a maitól. Az állatkert fő területe a régi medvebarlang (a jelenlegi andoki kondor kiállítással szemben) és az egzotikus állatok háza volt, és a folyó mentén húzódott. Kacsák és libák, belga nyulak, egy tengeri teknős és egy sirály szerepeltek az eredeti gyűjteményben.
Az állatkert mögötti lakónegyedet Washington Heightsnak tekintették, és annak polgári társulása segített az állatkert igazgatásában. A szervezet 1905-ben a nevét Wilmington Free Zoológiai Egyesületre változtatta, és megszületett a Wilmingtoni Állatkert.
Az állatkerti családból sok állat jött és ment. 1921 és 1928 között az állatkertnek tizenegy elefánt, három bölény, két sas, öt majom, kecskék, két fekete medve, kacsák, papagájok, két mosómedve, egy mormota és három aligátor volt az adománya. 1928-ban a régi medvebocsot feltöltötték, és három új medvebocsot építettek. Ezek ma is állnak a főállatkertben, az igazgatósági épület mellett. Ebben az időben a komfortállomást (Egzotikus Állatok Háza) majomházzá alakították át, nagy drótketrecekkel, amelyekben többek között mangabeusokat, makákókat és mókusmajmokat tartottak.
A következő nagy változás 1950-ben történt, amikor az egyesület úgy döntött, hogy gyermekállatkertet épít. A gyermekrészleg mesekönyvi témára épült volna, akváriumokkal, kis házikókkal és madármenedékházzal. R.R. Carpenter a Philadelphia Phillies profi baseball-meccs családi estjének bevételét adományozva gyűjtötte össze az alapokat.
A földet 1952-ben törték fel. A Wilmingtoni Lions Club is jelentős adománygyűjtő volt a projektben. Tizenegy kis épület állt, mindegyiknek a középpontjában egy másik Mother Goose karakter állt. Minden kiállítási tárgyat élénk színűre festettek, és a környékbeli gazdák által minden tavasszal adományozott haszonállatoknak adtak otthont. Ez a terület az állatkert távoli részén helyezkedett el, ahol most a vízidisznókat és vidrákat tartják. A gyermekállatkert első évében 46 000 látogató volt. A tematikus részleg az 1970-es évek végéig maradt fenn eredeti formájában.
1963-ra a fő állatkert leromlott, és kénytelen volt bezárni, míg a Gyermekállatkert nyitva maradt. 1971-ben New Castle megye átvette az állatkertet, és Hans Rosenberget alkalmazta állatkerti felügyelőként. Ő bővítette az állatkert gyűjteményét, de a Majomházat zárva tartotta a közönség előtt, bár az állatok továbbra is ott voltak elhelyezve.
1979-ben Tom Skeldon vette át Hans Rosenberg helyét, és létrehozta a Delaware Zoológiai Társaságot. Ez idő alatt épült meg az adminisztrációs épület irodákkal és konyhával. A tigris kiállítás egy régi kacsa tó helyén épült.
Nancy Falasco lett az állatkert igazgatója 1981-ben. Eredetileg 1978-ban csatlakozott az állatkert személyzetéhez, mint állatkerti kurátor. Közel 37 évet töltött a Brandywine Állatkertben, egészen 2013 áprilisában történt nyugdíjba vonulásáig.
Egy új főtervet dolgoztak ki és valósítottak meg. A régi gyermekállatkert homlokzatát lebontották, és új kiállítási tárgyakat alakítottak ki. Észak- és dél-amerikai, valamint mérsékelt ázsiai témát fogadtak el. A tőkefejlesztések folytatódtak a folyami vidra kiállítás, egy új állatkórház, a tigris kiállítás bővítése, új bejárat és új mosdók építésével. A fejlesztések folytatódtak.
A Brandywine Állatkert 2005-ben ünnepelte fennállásának 100. évfordulóját. A regionális közösség számos generációja ünnepelte ezt azzal, hogy újra meglátogatta az állatkertet, és megosztotta velük az állatok iránti szeretetét, valamint azt, hogy a Brandywine Állatkert fontos szerepet játszott a gyermekkorukban abban, hogy megismertette velük az emberek szerepét a fajok fennmaradásában és a környezetvédelemben
.