Jan Baptista van Helmont nemesi családból született Brüsszelben 1579 januárjában. A Louvaini Egyetemen tanult klasszikusokat 1594-ig, de nem fogadta el a diplomát, mert az akadémiai kitüntetéseket puszta hiúságnak tartotta. A mágia és a misztikus filozófia aspektusait is tanulmányozta a jezsuita tanárok által a nemrég alapított Louvaini iskolában tartott kurzusokon, majd olyan misztikus spirituális írók tanulmányozása felé fordult, mint Thomas à Kempis. Mindezekkel a tanulmányokkal elégedetlenül az orvostudomány felé fordult. Új vállalkozásában a vallásos buzgalom és az a vágy inspirálta, hogy a társadalom szolgálatába álljon.
A praktizálási engedély megszerzése után Van Helmontot meghívták, hogy előadásokat tartson a sebészetről a Louvaini Egyetemen. Elkapott azonban egy rühes esetet, és a kemény tisztítószerekkel végzett ortodox kezelést gyengítőnek és hatástalannak találta. Végül paracelsziás ásványi gyógymódok segítségével meggyógyult, de időközben Van Helmont, kiábrándulva az akkori orvostudományból, felhagyott orvosi pályafutásával, és 10 évig utazgatott Európában. 1609-ben feleségül vett egy gazdag nemesasszonyt, Margaret van Ranst, és egy Brüsszel melletti vilvorde-i birtokon telepedett le, hogy a kémiai filozófiának szentelje magát.
A sebek mágneses gyógyításáról szóló értekezésének kiadását követően, amely egy jezsuita ellen irányult, Van Helmont az inkvizíció figyelmébe került. Vádat emeltek ellene, és ez az ügy árnyékot vetett hátralévő életére, amely 1644. december 30-án ért véget; csak két évvel a halála után mentették fel. Ez a körülmény valószínűleg vonakodott attól, hogy életében sokat publikáljon. Fia, Franciscus Mercurius 1648-ban posztumusz adta ki dolgozatát Ortus medicinae (Az orvostudomány eredete) címmel.
Van Helmont éppen a 17. századnak abban a korszakában élt, amikor a megfigyelésen és kísérleten alapuló modern tudományos módszer kialakulóban volt, de a tudományt még nem azonosították sem egyedileg, sem kizárólagosan ezzel a megközelítéssel. Van Helmont számára a tudás Isten isteni ajándék volt: a teremtés megértéséhez nem létezett egyetlen út; az embernek minden eszközt fel kellett használnia, amit Isten adott neki, beleértve a Szentírás tanulmányozását, az imát, a meditációt, a misztikus megvilágosodást és a természet közvetlen megfigyelését. A legtöbb parakelsziánushoz hasonlóan Van Helmont is bizalmatlan volt a középkor skolasztikus filozófusai által használt dialektikus gondolkodásmóddal és a görögök természetfilozófiájával szemben. A misztikus és empirikus tapasztalat volt a megismeréshez vezető út, nem pedig a verbális érvelés.