A transzatlanti kábel sikeres lefektetése után Thomson két mérnöki tanácsadó cég partnere lett, amelyek jelentős szerepet játszottak a tenger alatti kábelek tervezésében és építésében a távíró-kommunikáció globális hálózatát eredményező, őrült terjeszkedés korszakában. Thomson gazdag ember lett, aki megengedhetett magának egy 126 tonnás jachtot és egy bárói birtokot.
Thomson tudományos érdeklődése az elektromosság, a mágnesesség, a termodinamika és a hidrodinamika mellett az árapályokkal, a Föld alakjával, a légköri elektromossággal, a talaj termikus vizsgálatával, a Föld forgásával és a geomágnesességgel kapcsolatos geofizikai kérdésekre is kiterjedt. Ő is bekapcsolódott a Charles Darwin evolúciós elméletével kapcsolatos vitába. Thomson ellenezte Darwint, és “az angyalok oldalán maradt.”
Thomson megkérdőjelezte a korai uniformisták – köztük Darwin – geológiai és biológiai változásokkal kapcsolatos nézeteit, akik azt állították, hogy a Föld és az élővilág megszámlálhatatlanul sok év alatt alakult ki, amely alatt a természet erői mindig úgy működtek, mint jelenleg. A termodinamikai elmélet és Fourier tanulmányai alapján Thomson 1862-ben úgy becsülte, hogy több mint egymillió évvel ezelőtt a Nap hőjének és a Föld hőmérsékletének lényegesen nagyobbnak kellett lennie, és hogy ezek a körülmények heves viharokat és áradásokat, valamint teljesen másfajta növényzetet eredményeztek. Az 1868-ban közzétett nézetei különösen feldühítették Darwin támogatóit. Thomas Henry Huxley a Londoni Földtani Társaság elnökének 1869-es évfordulós beszédében válaszolt Thomsonra. Thomson spekulációi a Föld és a Nap korára vonatkozóan pontatlanok voltak, de sikeresen érvényre juttatta azt az állítását, hogy a biológiai és geológiai elméleteknek meg kell felelniük a fizika jól bevált elméleteinek.
A Johns Hopkins Egyetemen 1884-ben a tudományos ismeretek állásáról tartott előadássorozatában Thomson hangosan elgondolkodott azon, hogy a fény hullámelméletének nem sikerült megmagyaráznia bizonyos jelenségeket. A tenger iránti érdeklődése, amelyet a Lalla Rookh nevű jachtja fedélzetén ébresztett fel, számos szabadalmat eredményezett: egy iránytűt, amelyet a brit admiralitás elfogadott; egyfajta analóg számítógépet a kikötői árapály mérésére és az árapály-táblázatok kiszámítására bármely órára, múltra vagy jövőre vonatkozóan; valamint hanglokátorokat. Vállalatot alapított e tárgyak és számos elektromos mérőeszköz gyártására. Apjához hasonlóan ő is kiadott egy tankönyvet, a Taittal közösen írt Treatise on Natural Philosophy (1867) című fizikai művet, amely hozzájárult egy fizikusgeneráció gondolkodásának formálásához.
Thomson állítólag több betűt kapott a neve után, mint bármely más férfi a Nemzetközösségben. A világ egyetemeitől tiszteletbeli diplomákat kapott, és a mérnöki társaságok és tudományos szervezetek dicsérték. 1851-ben a Royal Society tagjává választották, és 1890 és 1895 között a Royal Society elnöke volt. Több mint 600 tanulmányt publikált, és több tucatnyi szabadalmat kapott. Skóciai birtokán halt meg, és a londoni Westminster apátságban temették el.