A mai Montour Falls falu egy korábbi szeneca indián falu, Queanettquaga helyén alakult ki, amelyet informálisan Catherine’s Town néven ismertek egy kiemelkedő szeneca indián lakos és vezető, Catharine Montour királynő után. Catharine Montour királynő apja (Peter Quebec) mohawk törzsfőnök volt, anyja (Margaret Montour Hunter) pedig egy oneida törzsfőnök lánya. A nő feleségül ment Thomas Htitson szeneca indián törzsfőnökhöz. Catharine Montour királynő szeneca törzse az Irokéz Konföderáció tagja volt. Az amerikai függetlenségi háború idején megtorlást rendeltek el az Irokéz Konföderáció azon törzsei ellen, amelyek Nagy-Britanniával szövetkeztek. A hírhedt közeli Newtown, New York-i csata (1779. augusztus) és a Queanettquaga (és negyven másik indián falu az Ujj-tavak vidékén) feldúlt menetelése a Sullivan-Clinton-expedíció néven ismert. Amellett, hogy felgyújtották Catharine Montour királynő rönkházát, gyümölcsösöket vágtak ki, házakat pusztítottak el, állatokat gyilkoltak le és szántóföldeket sóztak be. Catharine’s Town lakói szétszéledtek olyan messzi területekre, mint Niagara és Kanada. Catharine Montour királynőnek (sz. 1710, meghalt 1804. február 20-án) egy sírhalom állít emléket, amely a névadó Catharine Trail-en található Montour Falls falu határában.
1788-ra a területet európai amerikaiak kezdték betelepíteni. A terület 1805-ben a helyi lakos George Mills után Mill’s Landing néven vált ismertté. (A közeli Millport falu a mai napig szintén George Millsről kapta a nevét). 1802 a legkorábbi dátum, amelyet általában Montour Falls közösség kezdetének jelölésére használnak – ez az az év, amikor George Mills-t kinevezték postamesternek. Becslések szerint az 1802-es közösség húsz lakosból állt – és nem voltak üzletei.
Az 1827-ben kezdődő és 1833-ban befejezett Chemung-csatorna Mills Landingen keresztül épült, hogy összekösse a Chemung folyót és annak vízgyűjtőjét a Seneca-tóval. Mills Landing, a későbbi Havana, a Seneca-tó beömlésénél lévő hajózási ponton való elhelyezkedése miatt kereskedelmi szempontból jelentős lett. A tó északi végén egy másik csatorna csatlakozott az Erie-csatornához, amely mind a Nagy-tavakhoz, mind a Hudson folyóhoz és New York kikötőjéhez vezetett, hogy növelje a régió kereskedelmét és kereskedelmét. A falu 1836. május 13-ig, amikor is hivatalosan új nevet vett fel, és Havana, New York lett. Havana települést 1854-ben az újonnan alakult Schuyler megye első megyeszékhelyévé nevezték ki. A megyeszékhely 1861-re Watkins Glenbe költözött.
A jelenlegi Montour Falls nevet 1895. március 20-án fogadták el a településnek. Montour városa a 18. századi indián szeneca törzs matriarchájáról, Catharine Montourról is kapta a nevét.
1850 és 1888 között a terület havannai fazekas kőedénygyártó közössége hat cégből állt: Savage, Parsons & Co, Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman és A. O. Whittemore.
Charles Cook üzletember, politikus (csatornaügyi biztos és állami szenátor), filantróp és látnok, akinek tulajdonítják Schuyler megye (1854) és a New York-i Havanna mint első megyeszékhely létrehozását; a Cook Academy (eredetileg People’s College) építése 1858-ban kezdődött. Ma ugyanez a létesítmény ad otthont a New York Állami Tűzoltó Akadémiának. Cook a Chemung Canal Trust Bank – a régió legrégebbi, 1835-ben alapított, folyamatosan működő bankja – elnökeként is tevékenykedett. 1886. november 20-án a Cook Akadémián tartott tiszteletadáson David Hill kormányzó és több mint 1000 polgár, munkatárs és Cook tisztelője vett részt. A tiszteletadáson felavatták Charles Cook mellszobrát. Charles Cook sohasem nősült meg.
1872-ben a New York állambeli Havana két szülött mérnöke anyagmozgató vállalatot alapított, amelyet Shepard Nilesnak neveztek el. 1902-ben megépítették az első nagy teherbírású darut, amelyet világszerte értékesítettek. A vállalat még ma is működik. A weboldalukról: “Munkagép daruk és emelők, amelyek gyakorlatilag örökké tartanak – ezt várja az ipar a Shepard Niles-tól. Egyedi kézzel gyártott, nagy teherbírású, D és E osztályú daruink és emelőink segítettek Amerikának a világ vezető ipari nemzetévé válni, és két világháborút is átvészeltek országunkkal”. Bár a vállalat folyamatosan működik, 1989-es felvásárlása óta az elsődleges tevékenysége már nem Montour Fallsban van.
1934-ben a Montour Falls-i Nemzeti Bankot a Szövetségi Tartalékbank második kerületi névsorában jegyzik. A National Bank of Montour Falls (szintén 1934) a kibocsátó bank a 10,00 (tíz dolláros) amerikai dolláros Federal Reserve bankjegyen.
Montour Falls a falu nyugati oldalán található 165 láb magas vízesés természeti látványosságáról ismert. A vízesés tövében egy “She-qua-ga” feliratú tábla található, amely a szeneca név átírása. A vízesés feletti híd a nevet “Che-qua-ga”-nak írja. Sok történelmi nevet sokféle írásmóddal jegyeztek fel, különösen azért, mert a különböző népek megpróbálták átírni őket egyik nyelvről a másikra. Ezt a látványosságot “Montour Falls” néven is ismerik.
A Brick Tavern Stand, a Montour Falls Historic District és a Montour Falls Union Grammar School szerepelnek a National Register of Historic Places listáján.