A 20. század nagy részében Panama alkotmányos demokrácia volt. Egy 1968-as puccs azonban a katonaságot juttatta hatalomra. Az 1980-as években Manuel Noriega panamai tábornok vette át a kormány irányítását. Miután diplomáciai és gazdasági nyomásgyakorlással nem sikerült Noriegát eltávolítani, George Bush amerikai elnök 1991-ben amerikai csapatokkal eltávolította a diktátort a hatalomból és helyreállította a demokráciát az “Igaz Ügy” néven ismert katonai műveletben.
Panama ma már alkotmányos képviseleti demokrácia. A kormány 3 ágra oszlik: végrehajtó, törvényhozó és bírói hatalom. A végrehajtó hatalmat egy választott elnök vezeti, aki egyben államfő és kormányfő is. Az elnököt 5 évre választják, és ő nevezi ki a nemzeti kabinetet. Emellett 2 választott alelnök is van, akik szintén 5 éves megbízatással rendelkeznek. A törvényhozó hatalmi ágat egy 1 kamarás törvényhozás alkotja. Ennek 71 tagja van, akiket 5 éves ciklusra választanak. Az igazságszolgáltatási ág egy nemzeti legfelsőbb bíróságból, 5 felsőbb bíróságból és 3 fellebbviteli bíróságból áll. Az igazságszolgáltatási rendszert a korrupció és a hatékonyság hiánya sújtja.
Panama legnagyobb politikai pártja a Demokratikus Forradalmi Párt (PRD). A PRD gazdasági kérdésekben konzervatív, és elsősorban az ország fiataljait és a városi szegényeket szólítja meg. Az Arnulfista Párt (PA) az ország jelenlegi elnökének pártja, és bázisa a panamai vidéki lakosság körében van. A Népi Blokk a korábbi kereszténydemokraták és üzletbarát csoportok koalíciója, akárcsak a Nemzeti Liberális Köztársasági Mozgalom és a Demokratikus Változás. Ezek a pártok a közép- és felsőbb rétegeket szólítják meg, és általában erős kapcsolatokat ápolnak az üzleti szférával.
1997-ben a kormány költségvetése 2,4 milliárd dollár volt, bevételei pedig 2,4 milliárd dollár. A kormányzati kiadások az ország GDP-jének mintegy 30 százalékát teszik ki. 1999-ben Panama hivatalos külföldi adóssága meghaladta a 7 milliárd dollárt. Jelenleg több mint 50 különböző adóforma létezik, de folyamatban vannak olyan reformtervek, amelyek célja, hogy ezt a számot 10-re csökkentsék. E reformok célja az adótörvénykönyv egyszerűsítése a hatékonyság növelése érdekében, valamint az adórendszer vállalkozásbarátabbá tétele a társasági adó egyes formáinak csökkentésével. A személyi jövedelemadó maximális mértéke 33 százalék, a társasági adó maximális mértéke pedig 30 százalék. A kormány adóbeszedési rendszere nagyon alacsony hatékonyságú, és az adók egyes formáinak beszedési aránya 50 százalék alá esik.
A kormányzatba való katonai beavatkozás története miatt a nemzet 1994-ben alkotmánymódosítást fogadott el, amely eltörölte a hadsereget. A biztonság most a nemzeti rendőrség, a parti őrség és a nemzeti légi szolgálat kezében van. 1997-ben a kormány az ország GDP-jének 1,9 százalékát, azaz mintegy 132 millió dollárt költött biztonságra. Körülbelül 150 000 ember dolgozik a kormánynak valamilyen minőségben.
Az 1990-es években a kormány számos programmal foglalkozott a gazdaság liberalizálása érdekében. Reformokat vezetett be a bankszektor, a munkaügyi szabályozás és az adók terén. 1996-ban a kormány elfogadta az első monopóliumellenes törvényeket. Ez a jogszabály 4 speciális kereskedelmi bíróságot hozott létre a szabadalmi, védjegy- és trösztellenes ügyek tárgyalására. Létrehozott egy fogyasztóvédelmi ügynökséget is, a Szabad Verseny és Fogyasztóvédelmi Bizottságot. Az új törvények bírságokat vetnek ki azokra a vállalatokra, amelyek a fogyasztókra nézve káros gyakorlatot folytatnak, beleértve a lejárt szavatosságú termékek értékesítését és az árrögzítést. A panamai üzleti jogban azonban továbbra is számos probléma van. Például nincs olyan csődtörvény, amely lehetővé tenné a vállalatok számára, hogy inkább átszervezzék magukat, mintsem hogy megszűnjenek.
Számos, korábban állami tulajdonban lévő vállalkozást privatizáltak. Ezek közé tartozik Cristobal és Balboa kikötője; az ország távközlési vállalata, az INTEL; energiatermelő létesítmények; és egy cementgyártó vállalat. Ezen kívül a kormány privatizálta az ország 17 kaszinóját és nyerőgépgyártó vállalatát. Az elektromos és vízszolgáltató vállalatok privatizálásának tervét az új kormány 1999-ben leállította. Mivel a nemzet az amerikai dollárt használja, nem tudja ellenőrizni a monetáris politikáját.