Az 1999-es elnök- és parlamenti választásokat a nemzetközi megfigyelők szabadnak és tisztességesnek minősítették. A nők és az őslakos szavazók részvétele magasabb volt, mint a közelmúltban, bár a vidéki területeken a szavazóhelyiségek megközelíthetősége továbbra is aggodalomra adott okot.
Alfonso Portillo elsöprő győzelme és a Guatemalai Köztársasági Front (FRG) kongresszusi többsége gyors törvényhozási lépések lehetőségét sugallta. Az 1985-ös guatemalai alkotmány értelmében azonban sokféle jogszabály elfogadásához kétharmados szavazásra van szükség. Az ilyen jogszabályok elfogadása tehát nem lehetséges pusztán az FRG szavazataival.
A politikai egyensúly 2000-ben megbomlott, amikor olyan vádak merültek fel, hogy az FRG törvénytelenül módosította a jogszabályokat. Egy vizsgálatot követően a Legfelsőbb Bíróság megfosztotta az érintetteket, köztük a Kongresszus elnökét és a FRG vezetőjét, Ríos Monttot, törvényhozói mentelmi joguktól, hogy vádat emelhessenek az ügyben. Nagyjából ugyanebben az időben a PAN ellenzék belső megosztottságot szenvedett és frakciókra szakadt; ugyanez történt az ANN-ban is. Ennek eredményeképpen a béke megvalósításához elengedhetetlenül szükséges reformok a jogalkotásra várnak.
Az emberi jogi visszaélések új esetei továbbra is csökkentek, bár az emberi jogi dolgozók erőszakos zaklatása komoly kihívást jelentett a kormány tekintélye számára. Az erőszak és az önbíráskodás öröksége által súlyosbított közönséges bűnözés egy másik komoly kihívást jelent. A büntetlenség továbbra is jelentős probléma, elsősorban azért, mert a demokratikus intézmények, beleértve az igazságszolgáltatásért felelős intézményeket is, csak korlátozottan képesek megbirkózni ezzel az örökséggel. A kormány kijelentette, hogy 2002-ig el kell érnie azt a célt, hogy az adóterheket (amelyek jelenleg a GDP mintegy 10%-át teszik ki, ami a legalacsonyabb a régióban) a GDP 12%-ára növelje.
Az elnökválasztási verseny során a BRD megszervezte a később Fekete Csütörtök (Jueves negro) néven ismertté vált megmozdulást. Az FRG megszervezte partizánjait az országból, és a városba vitte őket. Az FRG szállítást, élelmet, éjszakai szállást és méteres hosszú botokat adott nekik. Ezekkel a botokkal a résztvevők végigrohantak az utcákon, és pusztítást végeztek a közintézményekben. Ezen a napon megölték a Prensa Libre (egy vezető újság) egyik újságíróját.
A média, amely hagyományosan független és szabad, nagyon magára vette a dolgot, és a következő hónapban minden címlap ezekről az eseményekről szólt, és a kormánypárt részvételéről a terror ezen a napon. A FRG tiltakozott a TSE (legfelsőbb választási bíróság) döntése ellen, amely kizárta a FRG jelöltjét, Efrain Rios Montot a versenyből. A TSE azzal érvelt, hogy mint hivatalos puccsistát, az alkotmány tiltja, hogy valaha is elnök lehessen. Az FRG azzal érvelt, hogy mivel az események, amelyekben a volt tábornok részt vett, megelőzték az alkotmányt, jogosult volt az elnöki tisztségre. A józan ész azzal érvelt, hogy ha egy ilyen záradék nem visszamenőleges hatályú a természeténél fogva, akkor nincs értelme.
Mivel 2004-ben Óscar Berger a GANA (nem egyetlen párt, hanem politikai pártok koalíciója) nyerte a választásokat, fontos megjegyezni, hogy ez volt az első olyan kormány a demokratikus Guatemala történetében, amelynek nem volt elsöprő többsége a Kongresszusban. Miután 2004 januárjában hivatalba lépett, nyilvánosságra került, hogy az FRG vadul feldúlta a kormányt, egészen odáig ment, hogy számítógépes berendezéseket és történelmi jelentőségű tárgyakat lopott el. Alfonso Portillo Mexikóba menekült a katonai alapokból, a nemzeti kórházból és az adóhivatalból ellopott tekintélyes mennyiségű pénzzel. Guatemala hivatalos kérelmet nyújtott be Portillo kitoloncolására, hogy szembenézzen a sikkasztás vádjával, Mexikó azonban soha nem vonta vissza a diplomáciai menedékjogot, ha egyszer már megadták egy személynek.
Noha az alkotmány nem mond erről semmit, az alelnök úgy vezeti a kormányt, mint egy miniszterelnök, míg az elnök a külügyekkel foglalkozik, ez rendszeresen megfigyelhető, mivel az alelnök számos olyan eseményen helyettesíti az elnököt, amelyen hagyományosan a köztársasági elnök elnököl.
A bűnözés elképesztő méreteket ölt: havonta körülbelül 200 gyilkosság történik, és ez kezd kihatni a gazdaságra is, mivel sok vállalat inkább elhagyja az országot, minthogy szembenézzen a növekvő korrupcióval és bizonytalansággal. Az egyik jelentős probléma az M18 (Mara Dieciocho) és az MS (Mara Salvatrucha) között folyó bandaháború. Ez a két rivális utcai banda lazán összekapcsolt nemzetközi franchise-szervezetekből áll, amelyek az 1930-as évek amerikai maffiájához hasonló hatalmat gyakorolnak, és egyelőre a törvények hatalma felett állnak. Az ellenőrzésük alatt tartott területeket tartják, és “adókat” (la renta) zsarolnak ki belőlük.
Egyelőre nem vesznek részt magas szintű szervezett kereskedelemben. Ez az iparág a szervezett bűnözés más osztályába tartozik Guatemalában, ahol mexikói csempészek és magas rangú guatemalai rendőrtisztviselők rendszeresen a címlapokra kerülnek, amikor több száz kilogramm kokainnal kapják el őket.
A mara-jelenség az 1980-as években az Egyesült Államokban, pontosabban Los Angelesben, az El Salvadorban és Guatemalában dúló polgárháborúk elől menekülő menekültek körében alakult ki. Később a marák sok tagját kitoloncolták az Egyesült Államokból a származási országukba, és az 1990-es években ez elősegítette a két banda elterjedését az Egyesült Államokban, Mexikóban, El Salvadorban, Guatemalában, Hondurasban, sőt Olaszországban és Spanyolországban is. Guatemalavárosnak van egy olyan zónája, az “El Gallito”, amely elismerten kívül esik a kormány ellenőrzésén, az ott élő drogbáróké. Barrio “El Gallito” a 3. zónában található, 2 mérföldre a Nemzeti Palotától, ahol a kormányhivatalok találhatók.
A kábítószer-kereskedelem elképesztő méreteket öltött Guatemalában, a korrupció a kormány számos ágának legmagasabb pozícióira is kiterjedt. Különböző kábítószer-maffiák versengenek a Petén távoli északi dzsungelrégióinak ellenőrzéséért, ahol a kábítószer, a fegyverek és az emberek mind átjutnak a határon Mexikóba, többnyire az Egyesült Államokba. A kábítószer-kereskedelem kétségtelenül a legnagyobb fenyegetést jelenti ma Guatemalában a politikai szabadságra nézve.
Guatemalát lincselések sújtják, amelyek súlyosan rontják az ország emberi jogi rekordját, mivel sértik a tisztességes eljárást.
A Berger-kormányt egyes körökben a decentralizáció terén végzett munkájáért üdvözölték. Guatemala mindig is erősen centralizált állam volt, és a kormányzat arra törekedett, hogy megállítsa a főváros növekvő elsőbbségét. A kormányzat például mozgó kabineteket hozott létre, ahol az elnök és az összes minisztere beutazza az országot, és időnként megváltoztatja a hatalom székhelyét, hogy “közelebb legyen az emberekhez”.
A kormányzat egyre nagyobb pénzügyi nehézségekkel küzd, ami részben valószínűleg annak köszönhető, hogy a lakosság 60%-a “szegénynek” minősül, és ezért nem jogosult az adózásra. A SAT (Tributáris Adminisztráció Felügyelete), az adóhivatal ezért köteles megadóztatni a középosztályt, amely kezd szenvedni a terhek alatt. A SAT szigorúan alkalmazza a törvényt, és az adócsalásért a teljes börtönbüntetést kéri.
2006 szeptemberében a PNC (polgári nemzeti rendőrség) a nemzeti hadsereggel közös akcióban lerohanta a Pavon fogolytábort, egy 1500 elítélttel rendelkező börtönt, amelyet addig a napig 10 éve nem rekviráltak, és amely a bűnözés egyik központja volt. Néhány rab, a börtönt vezető maffiózó főnökének őre és maga a vezető AK-47-esekkel és kézifegyverekkel ellenállt a rendfenntartó erők támadásának, őket lemészárolták. Az akcióban mintegy 3000 gyalogos és 4 tank vett részt. Ez mérföldkő volt Guatemala történetében, és országos címlapokra került.
2006-ban a GANA feldarabolódott a 2007-es választásokra való tekintettel. Több pártra szakadt szét, ami károsította a kormány azon képességét, hogy törvényeket juttasson át a kongresszuson.
A 2007. novemberi, második fordulóban tartott elnökválasztáson Álvaro Colomot, az UNE képviselőjét választották elnökké, legyőzve Otto Perez Molina volt tábornokot, a PP képviselőjét. 2011-ben pedig a Hazafias Párt nyugalmazott tábornoka, Otto Pérez Molina nyerte az elnökválasztást a LIDER párt populista Manuel Baldizónnal szemben. Pérez Molina 2012. január 14-én lépett hivatalba, alelnöke pedig Roxana Baldetti.